泰勒上台后，重新就合并事宜和德克萨斯共和国谈判，达成协议后于1844年6月提交参议院表决，但没有拿到三分之二的支持票数。波尔克在竞选时支持合并，美国民众也希望合并，波尔克当选后马上推动合并事宜，可是这件事泰勒是交给亲信厄普舍和吉尔摩来办，两人一起在普林斯顿号上被炸死，其他人无从接手。

波尔克一想干脆谁干的让谁收拾去，让斯托克顿指挥普林斯顿号南下，经墨西哥湾到德克萨斯，携带总统给德克萨斯共和国领导人的关于德克萨斯加入美国的条件的信，就算戴罪立功了。斯托克顿到了德克萨斯，办好了这件事后回到华府，直接向波尔克汇报：准备打仗吧。

墨西哥战争开始后，斯托克顿受命指挥国会号前往太平洋沿岸，接替约翰 斯洛特出任太平洋舰队准将司令，给他的任务是拿下加利福尼亚。

波尔克的海军部长任命大出意料，美国第17位海军部长乔治 班克罗夫特是位历史学家，1844年代表民主党竞选马塞诸塞州长失利，在1844年大选中出了大力，因此出任海军部长。

班克罗夫特虽然没有任何海上经验，但他有洞察时局的感觉，上任后就意识到战争不可避免，立即下了两道命令。戴维 康纳准将指挥的国防舰队开往韦拉克鲁斯，约翰 斯洛特准将指挥的太平洋舰队开往加州，等到战争开始时，美国海军早就做好了准备而且已经在墨西哥湾和加州占据了主动。此外，教授出身的班克罗夫特意识到教育的重要性，建立了海军学院。班克罗夫特在海军建设上重质量而非数量，尽管进入战争，美国海军依然是他的前任约 •梅森在任时的三分之一，鉴于墨西哥湾的情况，他反对建造大军舰，而是购买了一些小军舰，后来在战争中起到巨大的作用。但是班克罗夫特反对主动进攻墨西哥，因此1846年9月，波尔特重新任命泰勒的海军部长梅森出任海军部长。

当年从华盛顿到加州路途遥远，无论走海路还是走陆路都得好几个月。华府写了一道指令，给负责海军的斯洛特、驻蒙特雷领事托马斯 拉尔金和在加州进行第三次探险队约翰 佛雷蒙特。佛雷蒙特是开拓西部大英雄，他是华盛顿家族的后人，岳父是民主党大佬、差点在普林斯顿号上被炸死的参议员本顿。这道命令与1845年10月份写成，如果派船绕过霍恩角再到加利福尼亚的话要九个月，恐怕来不及了，波尔克决定走陆路。

被选择执行这个任务的是海军陆战队上尉阿奇博尔德 吉莱斯皮，路线是从墨西哥湾上岸，穿过墨西哥到加利福尼亚，因为这是一条最近的路线，而且墨西哥正好发生政变，时局很乱。吉莱斯皮先把命令背下来，然后安全地穿过墨西哥，与六个月后到了蒙特雷，把命令口述给拉尔金和斯洛特，然后骑马找到在俄勒冈的佛雷蒙特。

佛雷蒙特带着60个人在探险，他算是美国陆军荣誉上尉，吉莱斯皮除了口述国务卿詹姆斯•布肯南的信外，还口述了佛雷蒙特岳父本顿的信，佛雷蒙特一听信里的语气是话里有话呀，晚上不睡觉了，和几位手下反复琢磨岳父信里的意思，最后认定是岳父要他拿下加利福尼亚。好吧，回加利福尼亚，现在睡觉。

结果这样一来疏于防备，当夜遭到印第安人袭击，被杀死三个人伤了好几位，耽搁了好几天才启程，吉莱斯皮便担任佛雷蒙特的副手。

太平洋舰队司令斯洛特已经65岁了，1812年战争中先在迪凯特指挥的美国号上，然后晋升为马其顿人号上尉，1828年晋升少校。他焦急地观望着，政府给他两道指令，班克罗夫特的指令是书写的，布肯南的指令是口述的，两道命令措辞不同，班克罗夫特那道是说如果墨西哥对美国开战的话再采取行动，布肯南这道是要主动行动。斯洛特犹豫了一阵，直到听说海军已经在封锁墨西哥湾了，才下令封锁旧金山等加利福尼亚港口。

当时在加利福尼亚，有美国海军和英国海军，墨西哥方面在忙着打内战，佛雷蒙特开始动手，斯洛克直到7月7日才派海军陆战队上岸，宣布加利福尼亚属于美国，他出任第一任军管总督。

华盛顿那边知道斯洛特不堪大用，与1845年10月派斯托克顿指挥国会号，带着那份指令前往加利福尼亚，绕过霍恩角，斯托克顿于1846年7月16日来到蒙特雷湾，发现皇家海军科林伍德号停泊在那里。难道英国人也来抢加利福尼亚？斯托克斯下令全舰进入战斗状态。

科林伍德号是因为听说加利福尼亚出现动乱而赶来打听消息的，到了蒙特雷湾后发现美国海军太平洋舰队在封港，还没有搞清楚情况后发现国会号也到了，看来美国人准备充分，7月23日科林伍德号离开蒙特雷港，斯托克顿把那份指令交给斯洛克，斯洛克随即将指挥权交给斯托克顿，坐船回纽约。

经过了梦想和挫折，历史又给了斯托克顿一个机会，不仅指挥太平洋舰队，而且出任加利福尼亚军管总督，下一步是征服整个加利福尼亚。