曾国藩身在湖南，但心系江西军营，湘军是他与朝廷博弈的唯一本钱，朝廷也离不开曾国藩，为了让曾国藩安心守制，咸丰皇帝在上谕中明确传递给曾国藩三个信息：一是准假三个月；二是承认湘军为曾家军，这就意味着曾国藩手中紧握了一把尚方宝剑；三是保证湘军饷源供应。朝廷的承诺，让曾国藩悬着的心终于落到了实处。

曾国藩忙里偷闲，在湖南度假三月，快到销假期了，朝廷却把曾国藩凉在一边，不闻不问，曾国藩急了，为了投石问路，曾国藩上了《恳请终制折》，终制即居家守制三年。咸丰帝迅速做出回应，明确表示不同意曾国藩终制，让曾国藩署理兵部侍郎，并饬令曾国藩迅速赶赴江西前线，督办军务。朝廷的回应让曾国藩感到失望，他没有捞到足够的实权。曾国藩顶着抗旨的罪名向朝廷先后上两折。上折为《恭谢天恩并吁请开缺》，在折中他向朝廷陈述了开缺的理由，同时他向朝廷表明心迹，他不会拥兵自重。上折其实为下折张本，下折为《沥陈办事艰难仍吁恳在籍守制》，他向朝廷陈明了他办事的二大障碍：一是没有人事任免权；二是没有干预地方事务权。究竟什么样的官衔才与曾国藩的职务相匹配，曾国藩向朝廷摊牌了，朝廷至少应给他一个实授巡抚，否则，处处寄人篱下，他带领湘军如何杀出重围。曾国藩的部下李续宜、胡林翼也建议朝廷应该给他实权。

命运再次开了曾国藩的玩笑，把他推向尴尬的台面。曾国藩的自我推荐和部下的鼓动反而加重了朝廷对曾国藩的疑惧，更重要的是太平天国的内讧把西征推向失败的边缘，与此相反，清军东征胜局已定。咸丰皇帝顺水推舟，开了曾国藩的缺，答应他守终制。曾国藩弄巧成拙，欲擒故纵之计彻底失算。

受到朝廷的冷遇，曾国藩的心情是失落的，为了排遣郁闷的时光，他索性过上了隐居生活，闭门读书，反躬自省，前后一年又三个月，不过，他还是山中卧龙，等待着天下时局的变化。

咸丰八年﹙1858年﹚，太平军翼王石达开率二十万精锐入浙江，下江山，进逼衢州，克开化，扼浙、皖、赣三省枢纽。东南告急，浙江乃大清朝东南财赋重地。朝廷匆忙集结军队入浙作战。然而朝廷无法统帅湘军，咸丰帝只好发布上谕召曾国藩出山统领湘军入浙参战。

为了力挽困顿中的太平天国，天王洪秀全在人事上进行了大力整顿，先是封洪仁赏酰谭崾戛v1860年﹚，又起用年轻将领，封陈玉成为英王，封李秀成为忠王，还宣布京内之事问干王，京外之事问英王。洪秀全正确的人事安排似乎使太平天国迎来了中兴气象。

江北大营，江南大营，被太平军击溃后，朝廷趁太平天国内讧之际，以和春、张国梁为正副统帅，重组江南大营，太平军在陈玉成、李秀成的率领下，集中优势兵力，分兵突击，各个击破的战术，再次击溃江南大营，主帅和春畏罪自杀，副帅张国梁落水而死。两江总督何桂清败走常熟。放眼东南半壁已无主。户部尚书肃顺力荐曾国藩出任两江总督。朝廷已没的选择，正率领湘军围困安庆的曾国藩顺利的被朝廷委任为兵部尚书，署理两江总督，两个月后，改为实授。

两江指江苏、江西、安徽三省，曾国藩任两江总督，对于朝廷无疑是正确的选择，对于曾国藩无疑是政治生涯的拐点。从此以后，曾国藩有了自己独立经营的地盘。上任伊始，就制订了战略方针：一是在军事上提出三省联防的概念，湖北、湖南、江西、三省联防，作为东征的根据地；二是以西线为主战场，从西向东，直捣南京；三是继续围困安庆。在政治上整顿官场，广纳贤才，左宗棠、李鸿章、沈葆桢先后入曾幕。此外，重理财政，开辟饷源。曾国藩在两江逐步站住了脚跟。

皖南是联系江苏、江西、浙江的战略要冲，曾国藩率湘军主力进驻皖南祁门。太平军展开二次西征，以解安庆之围。宁国、徽州相继失守，太平军三路出击，合围祁门，祁门已是一座孤城。幸亏湘军张运兰、刘松山部在羊栈岭击败太平军刘官芳部，左宗棠在景德镇、德兴频频得手，打开了祁门通道，曾国藩调动九千兵力，分两路由休宁直取徽州，无奈景德镇再度失守，粮道又被切断，祁门再度被围。曾国藩喟然长叹，作遗书，准备杀身成仁。天佑曾国藩，左宗棠再克景德镇，粮道通畅，祁门之围被彻底解除。湘军陷入祁门之围实际上是曾国藩指挥上的失误，左宗棠、李鸿章曾建议，祁门地形如釜底，兵家谓之绝地，不如早移军，可进退自如。曾国藩不予理睬。有人据此评价在军事上曾国藩不如左宗棠，左宗棠可为帅，也可为将。曾国藩是一个优秀的战略家，又是一个拙劣的战术家。

就在祁门被围的时候，湘军加速了对安庆的包围。太平军若守住安庆，上可以进击武汉，下可以护卫南京。不取安庆，胡林翼的陆师不敢进入皖北，湘军水师也无法深入到长江下游。争夺安庆，成了太平军与湘军的生死较量。

祁门被围长达一年又三个月，湘军援苏援浙的计划双双落空，然而在战略上却牵制了长江南岸救援安庆的各路太平军。前面已提到过，曾国藩在两江的军事部署中的第二条就是继续围困安庆，他把围困安庆的大任交给他的九弟曾国荃。即便是祁门被围最艰难的时刻，曾国藩给曾国荃写信，对他陈明大局，要他死守安庆的决心不动摇，后来，围困安庆的湘军又增加了多隆阿、李续宜两部。

就在安庆被围的时候，英王陈玉成率太平军冒充清军，奇袭湖北黄州，兵锋直指武汉，太平军窜入两湖，湘军后院失火，湖北巡抚胡林翼抽调李续宜部，回援武昌，安庆之围出现重大转机，陈玉成必定火速迂回解安庆之围。然而，陈玉成据黄州按兵不动，放弃进攻近在咫尺的武汉。其原因主要有三：一是汉口的英国参赞为保护英国的商务公然阻止太平军入汉；二是忠王李秀成延迟了与陈玉成的会师日期；三是陈玉成只是想诱湘军回援武昌以减轻安庆的军事压力，而没有进攻武汉的初衷。历史阴错阳差的给了围困安庆的湘军喘息的千载良机，没有了后顾之忧，湘军加紧了安庆之围。

安庆频频亮红灯，太平天国从天京速调洪仁⒘稚荑啊⑽馊缧⒉浚鲈睬欤螅掠癯煞直酵蛄羰睾被浦荨⒌掳玻蚀缶北及睬臁Ｈ欢婢靼芰死醋蕴教旃炀┓矫娴脑稚荑安俊Ｍ弊笞谔慕庠蠲胖В沟迷靡蕴诔鍪掷矗榈鞅砍墼ЮО睬斓南婢�

曾国荃为了困死安庆太平军，在安庆城墙周围挖深沟以防太平军突围，又在湘军的阵地前沿挖筑深达数丈的壕墙，用来对付陈玉成的援军。这场争夺战空前惨烈，湘军在付出巨大代价后，歼灭了陈玉成的四千精锐，太平军将领刘瑲琳被湘军残忍的肢解。安庆已俨然一座孤城，城内军民出现粮荒，导致了争食人肉的惨状。