当然，来自朱元璋方面的压力并不是真正决定刘基出山的最大思想动因，除了对元王朝的绝望及对于应天政权的巨大希望之外，儒家历来所倡导的“圣人革命”理论尤其是“华夷之辨”—— 像朱元璋后来喊出的“驱逐胡虏，恢复中华”的口号，其实也是刘基长久已来的心声。
值得我们注意的是，朱元璋的革命成功在很大程度上是与民族问题紧密相连的，他所领导的这场改朝换代的战争也有民族战争的性质。像名士朱升，他也推崇的是中华正统，而强烈反对蒙元入主中国。
当刘基等人前往应天面见朱老大时，朱老大欣喜之余，一面命赐坐，一面道：“咱为天下屈四先生，今天下纷争，何时定乎？”
章溢说完，早已对天下大势洞若观火的刘基当即献上了自己的“时务十八策”，并且他着重指出：“明公因天下之乱，崛起草昧间，尺土一民，无所凭借，名号甚光明，行事甚顺应，此王师也。我有两敌，陈友谅居西，张士诚居东。友谅包饶、信，跨荆、襄，几天下半，而士诚仅有边海地，南不过会稽，北不过淮扬，首鼠窜伏，阴欲背元，阳则附之，此守虏耳，无能为也。友谅劫君而胁其下，下皆乖怨；性剽悍轻死，不难以其国尝人之锋，然实数战民疲；下乖则不欢，民疲则不傅，故汉易取也。夫攫兽先猛，擒贼先强，今日之计，莫若先伐汉。汉地广大，得汉，天下之形成矣。”
正是刘基率先提出了先打强敌（陈友谅）的战略大计，对此朱老大深表赞同，于是又大悦道：“先生如果还有什么想法，请尽管直言，千万不要吝惜言语。”事后他不仅将刘基留在自己身边做参谋，而且还设立了一座礼贤馆来专门安置刘基等人，以示宠礼。
对于朱老大遥奉小明王之举，刘基是不以为然的，他道：“小明王不过一个放牛娃而已，我们何必尊奉他的年号？”他急于促成朱元璋的王霸之业，当朱老大再次向他征询天下大计时，他高屋建瓴道：“士诚自守虏，不足虑。友谅劫主胁下，名号不正，地据上流，其心无日忘我，宜先图之。陈氏灭，张氏势孤，一举可定。然后北向中原，王业可成也。”
至此，朱元璋平定天下的整个战略规划算是正式形成了，它的总体指导思想即是“先南后北，先西后东”。
刘基自从来到朱老大麾下效力的情形，我们前面已经详细交代过了。
当刘基在家进行长达为期一年的“丁忧”时，方国珍因为一向忌惮刘基的威名，所以特意致书吊唁；老刘给他写了回信，并极力宣示朱老大的威德，由此方国珍才决定向应天入贡。
朱老大仍不时写信向他访求军国大计，言辞十分剀切，并盼望刘参谋能早日再回应天。
在家丁忧完毕回归应天时，老刘还曾协助李文忠一起击退了张士诚部的进攻。当时他途经浙江建德，正遇上张家军一部孤军深入攻打建德，文忠打算奋起迎战。可老刘认为正面应战代价太高，而对方孤军独进，后援将难以为继，数天之后自然会撤退的，到时再反击不迟。三天后，敌方旌旗如故，但老刘已然看出这是敌人掩护撤退的假象，于是建议文忠出兵出击，终于将这股敌人全歼。
刘基“虬髯，貌修伟，慷慨有大节，论天下安危，义形于色”，朱老大“察其至诚，任以心膂”，他每次召刘参谋来议事，总是把身边的所有人都打发走，这样一来大家也就无从得知二人的密语了。
在刘基本人看来，朱老大对于他的知遇之恩是极其难能可贵的，所以他也是铭感在心，因而知无不言。刘基“遇急难，勇气奋发，计画立定，人莫能测”，闲暇时就向朱老大进讲王道，又总拿孔子之言开导之，朱老大每每洗耳恭听，常呼为“老先生”而不名，还说：“这是咱的张子房啊！”
朱元璋于至正二十五年七月置太史监，此时已消灭陈友谅。不久，他便以刘基为太史令。虽然太史令一职主要负责天文占侯之事，但老刘实质上仍参与戎机，以备朱老大顾问。
最后，需要我们注意的是，虽然人们常把刘基看成是张良、诸葛亮一类的人物，可是比之道家倾向的张良，刘基是一个彻头彻尾的儒家；比之儒法兼顾的诸葛亮，刘基更儒家，也更理想化。
刘基既勇于担当天下，也汲汲于澄清天下，所以百折不挠的他更容易在社会中碰壁。刘基虽有器识，但他为人过于刚直，嫉恶如仇，并无宰辅之度量，所以在大明开国后他基本退居了幕后。
大明开国后刘基不过得了一个小小的伯爵，甚至食禄不及汪广洋，为此很多人都想不通。对此，有人专门分析了三种原因：
第一，朱皇帝的乡土观念很重，公爵、侯爵之类他只会授予那些淮右系功臣。
第二，朱皇帝“累欲进基爵，基固辞不受。”就像张良当年专门挑选土地贫瘠的留地作为自己的封地一样，刘基也深恐遗祸子孙。当时朱皇帝已经追封了他的先人，所以老刘道：“陛下乃天授，臣何敢贪天之功。圣恩深厚，荣显先人足矣。”
第三，大明开国后朱、刘二人的关系已不再亲密。刘基多次触犯帝尊，以至令朱元璋对他渐生了嫌恶之心，所以有一次老刘祈雨不验皇帝即生恼怒。
但是无论如何，刘基的功勋都是不能磨灭的，对此，睿智的朱皇帝自然心中有数，所以当老刘说到“处州青田县山多田少，百姓多于山上垒石作田耕种，农事甚难”时，朱皇帝方道：“刘基有功于我国家，本县田亩止是一等起科五合，使百姓知刘基之心。”从而减免了青田的赋税，也算是给了老刘天大的颜面。
后世对于刘基的推崇也可谓无以复加，认为他超迈于张良、房玄龄等人，因为“子房不见词章，玄龄仅办符檄”，无点墨留下，而老刘“勋业造邦，文章传世，可谓千古人豪。”
4、祸不单行的日子
终于又要说回朱老大的事了，不过比之从前的顺风顺水，这一次他老兄就该倒点霉了。
前面也说过了，朱老大的事业此时已经进入了一个非常关键的时期，是一个量变就要形成质变的时期。同时，很多问题一直积攒下来尚有待解决，到此时也就不免来了一次集中性爆发。不过，如此震荡一番，也可谓是一番调整，算是提前适应将来吧。
老刘在之前就提醒过朱老大，让他对于江西和浙江的事上点心，可是仍旧没有引起朱老大的足够重视，终于浙江方面先出了大事。
至正二十二年（1362）二月，驻扎于金华地区的苗军元帅蒋英、刘震、李福等突然发动了叛乱，杀守臣参政胡大海及郎中王恺、总管高子玉等。
当初，胡大海拿下严州时，刘震等人来降，胡大海喜其骁勇，便将他们留置麾下，待之不疑。等到这帮人开始谋乱时，刘震还算有点良心，他觉得胡大海对自己恩厚，不忍心痛下杀手。
可是那李福却对大家说道：“胡参政的确待我辈信厚，可是掌兵的大权在主将手里，如果不杀掉主将，那么事情就很难成功。咱们如今要举大事，怎么能够顾及到私恩呢？”大伙觉得他说的有道理，于是便下定了决心，又通知了衢州、处州的苗帅李佑之等，并约定到二月七日这天一同举兵。
到了约定好的这一天，蒋英等先是假装着请胡大海到八咏楼下观弩。待到观看完出来时，老胡将要上马，不想灾祸却临头了——这时，蒋英暗令其党徒钟矮子突然跪倒在老胡的马前，然后假装可怜地诉说道：“蒋英等欲杀我！”老胡于是转身想问问蒋英这到底是怎么回事，只见蒋英从袖中拿出一柄铁锤，好象要砸钟矮子的样子，可是没想到他小子是醉翁之意不在酒——他趁老胡不防，一锤就猛砸到了老胡头上；老胡受伤倒地，而蒋英立即上前，没费多少力气就取下了老胡的首级。
可怜如此大将之才，没死在战场上，却可悲地死在了小人的手上里，真是无尽叹惋。