第二节黄巢变董卓
孙可望大踏步进军川黔的同时，永历政府正在以惊人的速度失去两广。
1649年（永历四年，顺治七年）十一月初四日，尚可喜、耿继茂部攻占广州；次日，清定南王孔有德部占领桂林，两广地盘土崩瓦解，永历朝廷的文官武将除了少数慷慨就义以外，叛变投降的比比皆是，演出了一幕大散场的悲剧。
驻于梧州的永历帝一天之内接到东西两省省会失陷的消息，惊恐万状。在大学士文安之、严起恒等拥簇下于十一月初十日逃往浔州。浔州守将庆国公陈邦傅眼看大厦将倾，决意降清，阴谋劫持永历帝献给清方作贽见礼。
朱由榔得到密报，不顾倾盆大雨，仓皇窜往南宁，皇帝的卤簿和随驾官员都被陈邦傅叛军搜劫一空。陈邦傅没有抓到永历帝，竟把宣国公焦琏（他是瞿式耜的亲军）杀害，向孔有德投降。
十二月初三日，永历在南宁见情况紧急，无兵无将，辖地全失，已经走投无路了，把眼光投向了大西军和原大顺军。
二十一日首席大学士文安之自请往四川督师，以太子太保兼吏、兵二部尚书，赐尚方剑节制以原大顺军为主体的川中诸将。
但此时大顺军余部明哲保身，抱团自守，且远离南宁，远水解不了近渴，永历朝可以指望的唯有大西军。
从这一时期开始，永历朝与大西军的关系进入了一个新的阶段：朝廷对孙可望的需求越来越大，孙可望的野心也越来越大，朝廷对孙可望成为董卓的担忧日益增长，防范与反防范，制约于反制约的斗争不断升级。
1651年，内阁大臣朱天麟鉴于形势，建议改封孙可望为冀王，这一建议极具合理性。按明朝制度，一字王为亲王，二字王为郡王，冀王作为一字王，地位崇高，接近秦王。明初朱元璋的次子朱樉受封秦王，位居诸藩之首，传世二百多年，无法再封孙可望为秦王，因此，这几乎是朝廷所能作出的最大让步了。
朝臣经过商议同意批准了这个建议，并派出使者赴云南册封孙可望，并要求其出兵护卫朝廷。
孙可望却因为用秦王名义发号施令已久，不愿拆穿早已誊黄公布的“伪敕”，拒不接受。杨畏知劝他接受冀王封号，认为“假王不如真王”，孙可望置之不理。
1651年2月，孙可望派遣贺九仪、张明志领劲兵五千赶赴南宁护卫永历皇帝，同时也借此机会逼迫朝廷承认伪敕封秦的合法性（胁改秦封）。
阁臣严起恒、杨鼎和，给事中刘尧珍、吴霖等人坚决反对改封秦王，贺九仪、张明志等暗杀杨鼎和、刘尧珍，并将首辅严起恒逼得投河自尽。过了几天，曾经擅自封孙可望为秦王的胡执恭来到南宁，再次劝说永历认清形势，封孙可望为秦王。
3月，孙可望上疏称自己是秦人，不是冀人，不愿作冀王，永历不得不再次作出妥胁，派胡执恭到贵州封孙可望为秦王，封秦之争终于以孙可望的完全胜利落下帷幕，但是它所造成的裂痕不仅没有愈合，反而越来越大。
此时杨畏知奉孙可望之命来到南宁，杨畏知原本是云南的地方小官，孙可望进入云南后他被迫投降，杨畏知忠于明室，乐意充当永历朝和孙可望之间的调停人，极力促成大西军与永历朝的合作，他曾作为封秦事件的使者出使永历朝，在处理此事的过程中，他的忠心简在帝心。
杨畏知来到南宁后，得知贺九仪、张明志迫害大臣之事，痛哭入见，永历对杨畏知忠于明室的政治立场十分欣赏，破格封他为礼部侍郎兼东阁大学士入朝辅政，杨畏知上疏弹劾二将，贺九仪报告孙可望，孙可望大怒，派人将杨畏知抓回贵州，责问他为什么擅自接受永历朝大学士的职务，杨畏知回答道，既然你己经接受秦王封爵，我为什么不能接受朝廷的大学士职务。
争执中，杨畏知认定孙可望终为逆臣贼子，一气之下，解下头巾朝孙可望的脸上砸去，孙可望认定他心向明室不会忠于自己，命人将其拖出斩首。
孙可望擅自抓捕和杀害朝廷命官，充分暴露了其狼子野心，不仅永历朝对其更加畏惧，同时也激起了内部持不同政见的李定国、刘文秀等人的不满。
1651年11月，清兵进逼南宁，永历政权岌岌可危，急须转移，但是朝廷己经没有立锥之地，只有去孙可望掌控下的云贵。
虽然那里近在咫尺，但是孙可望造反者的出身以及近来跋扈的表现让朝廷裹足不前，家产宁予外人，不予家奴，永历本人就非常担心自己成为汉献帝。
廷议中，一些人建议逃往两广海滨依靠李元胤的残兵败卒，一些人主张迁入越南避难，还有一些人提出渡海往福建投奔郑成功，只有掌锦衣卫事的马吉翔和太监庞天寿等少数人极力主张投奔孙可望。
但是这些提议很快就被否决，李元胤自身难保，又没有战略纵深；逃入越南又不知道在别人家里是否受到欢迎；逃往福建谁又能保证郑成功不会成为另一个孙可望？
孙可望虽然有异志，但是大西军内部还有李定国，刘文秀这些愿意效忠明朝的实力派人物，如果做好他们的工作，他们能够起到制约孙可望的作用。
大西军兵强马壮，随着日后战局的转变，忠于明朝的阵营将会不断扩大，孙可望在不能得逞的情况下，也许会放弃自己的野心。
总之，进入云南，还可以在斗争中求生存，一切还有反盘的可能，如果离开大西军，那一切都将不复存在了。
孙可望派来的护卫将领贺九仪见朝臣大多不信任自己，一气之下，拔营而去，十二月，清军占领南宁，永历君臣向广西和云南交界处逃亡，1652年1月，他们来到云南广南。