九月，全州破。开国公赵印选居桂林，卫国公胡一青守榕江，与宁远伯王永祚皆惧不出兵，大兵遂入严关。十月，一青、永祚入桂林分饷，榕江无戍兵，大兵益深入。十一月五日，式耜檄印选出，不肯行，再趣之，则尽室逃。一青及武陵侯杨国栋、绥宁伯蒲缨、宁武伯马养麟亦逃去。永祚迎降，城中无一兵。式耜端坐府中，家人亦散。部将戚良勋请式耜上马速走，式耜坚不听，叱退之。
上述史料可以看出，驻守榕江的胡一青、王永祚部不仅不出兵阻击清军，反而放弃榕江，以分饷为名逃到桂林，于是清军先是“遂入严关”，后又“益深入”。 瞿式耜命令驻守桂林的赵印选出兵迎敌，然而后者“不肯行”，催得急了，干脆带着家人逃走了。大敌当前，桂林守将胡一青、杨国栋、蒲缨、马养麟等部也步赵印选后尘，只有王永祚没有逃，他做得更绝，直接投降了清军。至此桂林“城中无一兵”。部将戚良勋劝瞿式耜“上马速走”，然而他拒绝撤退，决心殉国，于是他叱退了戚良勋，独自一人“端坐府中”，等待敌人的到来。
危难关头不仅有逃命者，还有送死者。据瞿式耜的《临难遗表》记载，总督张同敞赶到城内殉死。
张同敞是万历明名臣张居正的曾孙，时任督师，他在江东远望桂林城中光景，得知守军逃离，城内空无一人，只有留守瞿式耜一人还在，为了衬托众将纷纷逃离行为的可耻，他反其道而行之，毅然决定飞蛾扑火，他渡江来到瞿式耜的住所，打算和他一起殉死，瞿式耜劝张同回去，他说：“我早己决定与城同亡，今天死得其所，你不是留守，没有责任保卫桂林，没有义务受死，求你赶紧离开吧！”张同敞毅然正色说道：“我要和你一起受死，你自己杀身成仁，为什么不容许我和你一起成为君子呢？”于是两人秉烛夜饮，谈笑自若。
第二天天刚亮，清兵数骑破门而入，打算抓捕二人，瞿式耜叱道：“我们己经等你们一宿了，怎么才来？不用你们抓，我们自己走”，于是两人昂首阔步来跟随清兵来到定南王孔有德面前。
孔有德见到二人，劝他们顺应天命，归降清廷。二人不跪不降，只求一死，然而孔有德却并不想杀死他们，只是把他暂时关押起来。
在被关押的这段时间里，二人以节气相期许，吟诗作赋，瞿式耜写下了著名的《临难遗表》和《浩气吟》，在诗里，他把自己比做汉朝时身陷匈奴，冰天雪地中苦熬十九年而不屈的苏武，比做南宋末年支撑半壁江山，抗击元朝军队，终于力尽被俘、杀身成仁的文天祥。
此时瞿式耜并没有完全放弃抗清事业，他写了一封密信给他的亲信部下焦琏，让他出奇兵袭取桂林，为了打消焦琏对他安危的顾虑，瞿式耜在信中一再交待他以中兴大业为重，不要考虑他个人的生死。
不幸的是这封信被巡逻兵截获，交给孔有德，孔有德知道劝降无望，决定处死二人。闰十一月十七日上午，几个清兵到囚室来要他们出去，瞿式耜明白死期己到，他面不改色心跳，写下一首绝命诗，连同《浩气吟》诗稿放在桌上，从容走出狱门。遇到张同敞，张同敞说：“今天出去，死得痛快!死得好!”两人视死如归的尖雄气概，连清兵也感动得流下泪来，最终两人在仙鹤岩，慷既就义。
瞿式耜高贵和气节令人感佩，但是金无足赤，人无完人，他本人也有一些不足之处，在检讨这段历史的时候，我们不能绕过这些失误造成的影响。
首先，瞿式耜似乎热衷于党争，入仕以后，他的身影频现于各个时期的党争。崇祯初年，作为给事中，他参与了他的老师钱谦益暗算温体仁和周延儒的行动，并因此被罢免，终崇祯一朝未获起用。
永历朝楚党和吴党的斗争中，瞿式耜是楚党的后台之一，正是由于他的因素，“五虎”才横行于朝，楚党失势后，瞿式耜积极营救“五虎”，并保住了他们的性命。
与热衷党争相适应，在留守桂林时期，他现周边的军队矛盾重重。他似乎更偏爱自己的嫡系部队焦琏部，对其他部队有失公允。他对民军有很深的成见，这影响了后者的工作积极性，也失他失去了可以倚重的力量。
从有记载的史料看，他和官军刘承胤、赵印选部发生了矛盾，还和民军马进忠部发生了矛盾，这三者都曾洗劫过桂林及其周边。
种种迹象显示，周边的军队都痛恨瞿式耜，在历次桂林保卫战中，这些军队都作壁上观，有些干脆在清军到来之前乘火打劫，这一点在桂林的第二次保卫战中表现得及其充分，连瞿式耜本人和他的家属都受到变乱的军队的劫持或是冲击。
由此可见，桂林后来成为空城一点也不奇怪，在前一次桂林保卫战中己经初见端倪。
虽然瞿式耜曾经取得过两次桂林保卫战的胜利，似乎他有一定的军事才能和组织能力。但是仔细分析，这两次保卫战的胜利都属于侥幸取胜，有许多偶然因素，第一次桂林保卫战时期，清军李成栋由于广东三忠挠乱后方而回师，属于主动撤离。第二次桂林保卫战多亏焦琏和何腾蛟的大力支援，而此时金声桓和李成栋反正也使清军无心恋战，匆忙撤离。
除了亲军焦琏部和负总责的何腾蛟以外，无人愿意为瞿式耜的桂林而战，第三次桂林战役时，何腾蛟己死，焦琏驻守阳朔，离开了二人，桂林变成一座空成，一点也不奇怪。
在瞿式耜的《临难遗表》中，他指责了曾经洗劫过桂林的赵印选部不服从调遣，临阵脱逃，但他自并没有指责自己的亲军焦琏部，阳朔离桂林很近，为什么焦琏没有像以前一样支持桂林，是一个令人费解的事情。
热衷于党争和不能团结属下这两方面表现在思想上有一个交集——党同伐异、用人唯亲。我们推论，正是因为瞿式耜个人的因素，桂林才在历次战事中显得如此混乱和无助。
我想，瞿式耜既是一个伟大的爱国者和精神节气上的巨人，也是一个结党怀私和用人唯亲的小人。这也许就是传说中的历史唯物主义和辩证唯物主义吧！