何腾蛟手下兵多将广，黄朝宣、陈先璧、刘承胤、李赤心、郝永忠、袁宗第、王进才、董英、马进忠、马士秀、曹志建、王允成、卢鼎等人分别开镇湖南、湖北，时称“十三镇”，包括了官军、民军、以及左良玉旧部三股势力，然而将领们明哲保身，自行其事，不听何腾蛟的调遣，呈现了鸡多不下蛋的局面。

此时，只有御驾亲征，让皇帝发挥先锋模范作用，才能将这些散漫的军队绑在大明的战车上，从而形成合力。

然而隆武帝迟迟放不下江浙和南都，对于湖广方面，他只有两个想法：一是出兵向东，规取江西和南都；二是抽调兵力南下福建，以加强他自身的力量。这两项工作都是何腾蛟无法完成的任务，东下的任务由于诸军观望无疾而终，何腾蛟本人的声望也因此受损。南下方面何腾蛟派郝永忠部前往，但郝永忠磨蹭不前，五月份才抵达郴州，不久隆武帝就被俘身亡。

这样，极力主张亲征隆武帝没能与湖广的庞大兵力结合并实施御驾亲征的战略，南明失去了一个极好的扭转局势的机会。

此后的永历帝善于明哲保身，从未考虑过亲征，而湖广的军队也越发散漫，在清军的进攻面前作鸟兽散。

金声桓和李成栋反正后，局势一片大好，此时可以乘势而上，实施御驾亲征激励将士，扩大优势。然而广东方面也需要鼓励和支持，在李成栋和瞿式耜之间，永历选择了前者，湖广方面又失去了一次整合的机会。

皇帝不来，何腾蛟只好继续用嘴去驱使那些桀敖不驯的将领，除了做思想政治工作，动之以情，晓之以理，他没有别的办法。

然而利益才是驱动人的主要因素，在乱世之中，大部分人想的是在无法无天的时代为自己谋取更大的利益，所以何腾蛟的工作成效并不显著。

拿着草绳驱赶狼群去对付老虎，是一件危险的事情，在一次游说的过程中，何腾蛟失去了生命。

《明史》对于何腾蛟的死有一段记录：

“腾蛟议进兵长沙。会督师堵胤锡恶进忠，招忠贞营李赤心军自夔州至，令进忠让常德与之。进忠大怒，尽驱居民出城，焚庐舍，走武冈。宝庆守将王进才亦弃城走，他守将皆溃。赤心等所至皆空城，旋弃走，东趋长沙。腾蛟时驻衡州，大骇。六年正月檄进忠由益阳出长沙，期诸将毕会，而亲诣忠贞营，邀赤心入衡。部下卒六千人，惧忠贞营掩袭，不护行，止携吏卒三十人往。将至，闻其军已东，即尾之至湘潭。湘潭空城也，赤心不守而去，腾蛟乃入居之。大兵知腾蛟入空城，遣将徐勇引军入。勇，腾蛟旧部将也，率其卒罗拜，劝腾蛟降。腾蛟大叱，勇遂拥之去。绝食七日，乃杀之。”

从这段记录我们可以看到何腾蛟是在形势一片大好的情况下突然死亡的。借着金声恒和李成栋反正的东风，明军收复了湖南除长沙以外的所以地方，为了啃下长沙这个硬骨头，光复湖南全境，何腾蛟等人谋划攻取长沙（腾蛟议进兵长沙），这需要调动各方的积极性，特别是民军主力的李赤心部，在调兵遣将的过程中，堵胤锡作出了一个动作：令民军马进忠部将他们刚刚攻取的常德让给由后方夔州前来的民军李赤心部进驻。

也许堵胤锡此举是战略部署的需要，因为李赤心部出兵配合进攻长沙不能没有地方落脚，为了调动他的积极性，让他进驻常德是可以理解的。

但《明史》认为这一调动是矛盾的产物，指出堵胤锡和马进忠之间的矛盾（督师堵胤锡恶进忠），堵胤锡是在公报私仇。

我们不知道清朝的作者是如何得知堵胤锡和马进忠之间的矛盾的，但是有一个事实提高了这个说法的可信度：李赤心是通过堵胤锡投降明朝的，而马进忠等人是通过何腾蛟投降明朝，也就是说李赤心是堵胤锡的人，而马进忠不是，因此堵胤锡的调令很容易被认为是偏心眼。

别人家的孩子马进忠刚干完活，堵胤锡却让自己家的孩子李赤心来独享胜利果实，这种做法让人难以接受。

马进忠在接到调令后十分愤怒，他狠狠地祸害了常德，让远道而来的李赤心无法在此地居住（尽驱居民出城，焚庐舍），其他将领也有同样的看法，并采取了类似的行动（宝庆守将王进才亦弃城走，他守将皆溃。赤心等所至皆空城），以表过他们对堵胤锡不公行为的不满。

堵胤锡的命令是否征得了上级领导何腾蛟的同意，我们不得而知，但是何腾蛟对眼前出现的矛盾非常着急，他亲自去追寻四处游荡的李赤心，邀请他移驻自己的驻地衡阳，从而解决目前的纷争，并驱使李赤心部加入到即将打响的长沙会战中来。

为了避勉擦枪走火，何腾蛟没有带上自己的六千亲军，只带了三十名随从人员前去追赶李赤心，他听说李赤心去了湘潭，于是尾随来到湘潭，但是湘潭己经是一个空城，李赤心没有停留继续漂流，何腾蛟赶到湘潭没有见到李赤心，于是打算在此地歇歇脚，喘口气后再继续追赶。

何腾蛟单枪匹马到处乱跑的行为十分危险，他显然是被眼前明军控制湖南的假象迷惑了双眼，麻痹大意，对清军的机动灵活性估计不足。

湘潭是一个空城，并无一兵一卒把守，这个情况被清军侦知，于是清军派徐勇率少量人马直扑湘潭，清军未遇任何抵抗入城，何腾蛟被俘不屈，绝食七日后被杀。

这样，南明的栋梁人物何腾蛟因内部矛盾和自己的低级失误死去，这是南明抗清事业的重大损失。