年底发生的己巳事变，对东林党人的打击很大，促成了无党派新兴力量的崛起。
危机面前，东林党人盘根错节的关系使崇祯倍感孤独，加大了他对东林党的负面看法，他开始大力提拔启用政治清白的新人，周延儒和温体仁这两个无党派人士迅速崛起，12月，周延儒在己巳事变的销烟中火线入阁，半年以后，一直与东林党人作斗争的温体仁也进入内阁，他的入阁与他在己巳事变中及其后积极清算当事的东林党人有关。
温体仁认为，己巳事变是东林党人辽东经略袁崇焕和内阁辅臣钱龙锡、兵部尚书王洽等人一手策划的胁和大戏。在当时朝中东林党人势力庞大，没人敢站出来说真话的时候，温体仁毅然站出来指出这个“皇帝的新装”。
温体仁的家书详细记载了他斗争东林党的整个过程，事变发生后，他上疏揭发“奸党”，指出事变的实质（后金入犯，是袁崇焕以五年灭虏欺皇上，而暗中与阁臣钱龙锡、兵部尚书王洽密谋议和，勾引后金兵长驱直入，以达成城下之盟）。
他的上疏与袁崇焕下狱不无关系（崇焕之擒，吾密疏实启其端）。袁崇焕被捕后不久，祖大寿引军叛逃，崇祯皇帝十分犹豫，温体仁再次上疏，帮助皇帝坚持判断（及逆督既擒，奸辅胆落，复挑祖大寿引兵东行，以为怙逆地，吾不得不再疏以坚圣断）。
后来，温体仁还先后五疏力主杀袁。崇祯诛杀王洽，逮捕袁崇焕和钱龙锡，并最终作出处死袁崇焕、流放钱龙锡的决定，温体仁上疏起了很大作用。
凭心而论，温体仁在己巳事变中的表现可圈可点。在东林党人把持政治和军事大权，朝中无人敢于挑战东林党的情况下。温体仁奋不顾身，大声疾呼，进行揭发和抨击，这种不随波逐流，敢于和强大的利益集团作斗争的精神，十分难能可贵的。
温体仁的行为也招致东林党人的报复，一些人恨之入骨，千方百计阻挠他的前程，对此温体仁表现出了淡薄功名的态度，说道：“不知此时七尺之躯，尚无安顿处，何问功名哉”。
不管他是否如他所说的那样不计个人得失，还是出于表现自己孤忠的形象以博取皇帝的信任，他的做法都应该给予肯定，因为我们不能要求人的动机纯而又纯，就像我们不能怀疑一个救人的丨警丨察是出于职守还是出于立功的目的一样。
但行好事，莫问前程。崇祯三年六月，温体仁进入内阁，很显然，崇焕对他在己巳事变中的表现是肯定的。
明史记载：“（温体仁）为人外谨而中猛鸷，机深刺骨”，并将其列入《奸臣传》。然而仅就己巳事变中的表现看，温体仁似不宜列入奸臣传，许多结党营私之人比他更有资格进入《奸臣传》。
至于“外谨而中猛鸷”“机深刺骨”的问题，我的看法是：对付小人必须比小人更阴险，否则就无法对付小人。我们不能用世俗的观点来看待政治人物，没有一个政客会像傻根那样没心没肺，“外谨而中猛鸷”不是问题，“机深刺骨”也不是问题，关键看用在哪里，如果用来对付结党营私之人，适得其所。
在钱谦益案和己巳事变中，正是因为温体仁“外谨而中猛鸷，机深刺骨”，才能把搞小动作操纵人事权以及胁迫议和的东林党人打得满地找牙，这没有什么不恰当的。
三、钱龙锡玩火自焚
己巳事变是东林党人闯的一个大祸，清算在所难免。正在砧板上的“阉党”残余想乘机转移焦点，把矛头直指己巳事变的“嫌疑犯”东林党阁臣钱龙锡、兵部尚书王洽。
钱龙锡、王洽与袁崇焕关系密切，在袁崇焕擅杀毛文龙以及己巳事变这两件大事发生前后，两人与袁崇焕书信往来频繁，在清算己巳事变责任的时候被扯上了关系。
王洽在己巳事变发生的第一时间就被用来杀鸡敬猴，所以清算主要是围绕钱龙锡展开。
御史高捷首先发难，上疏弹劾钱龙锡是己巳事变的幕后人物，钱龙锡应声落马，被免职。崇祯命令锦衣卫掌印官刘侨就“斩帅”“主款”两事审讯押解在狱的袁崇焕。很快，刘侨的审讯报告出来了，结论是：“斩帅一事则龙锡与王洽频以书问之崇焕，而崇焕专断杀之；而“主款”一事，则崇焕频以书商之洽与龙锡，而洽与龙锡未尝许之”。
接到刘侨呈上的供词，八月十六日，崇祯在平台召对群臣，宣布了处决袁崇焕的决定，同时令廷臣议钱龙锡私结边臣、蒙隐不举之罪。
九月初三，三公九卿诸臣在中军都督府开会公审钱龙锡，审议的结论是：袁崇焕杀毛文龙，虽钱龙锡启其端，但两次致书袁崇焕，有“处得妥当”“处得停当”之言，其意不专在诛戮可知。因此，斩帅自属袁崇焕之过分举措。至于讲款，是袁崇焕首倡，钱龙锡始则答以“在汝边臣酎量为之”，继则答以“皇上神武不宜讲款”。总之，两事皆自为商量，自为行止，钱龙锡虽不该承担责任，但以辅弼大臣关系疆场安危之大事，而不能抗疏发奸，罪责难逃，但人在八议，宽严当断之宸衷。
从上述两份报告我们可以看出，钱龙锡有以下三条罪行：
第一，私交边臣。按照明代法律，朝臣不得结交边臣，以免威胁皇权。钱龙锡不仅结交袁崇焕，而且联系非常密切。当然，作为东林党成员，他们连结党都敢，当然更不会把这项制度放在眼里。正是因为东林党人布列朝堂，且有钱龙锡、王洽等人在朝中做奥援，袁崇焕才敢做出如此胆大妄为的事情。
第二，钱龙锡在杀毛文龙这个事情上表现非常积极。刘侨的报告说他“频以书问之崇焕”，而群臣公审的结论认为他“启其端”。 两个报告都指出钱龙锡在杀毛文龙一事上非常主动，结合袁崇焕赴任之前，钱龙锡主动上门找袁崇焕“低徊私商”时，袁崇焕有关“入其军，斩其帅，如古人作手，臣饶为也”的讲话，有理由相信，诛杀毛文龙的一个重要原因是朝中东林党人追杀“阉党”的延续，所以代表东林党的钱龙锡才会表现得如此积极。而对于袁崇焕来讲，除了这个目的以外，还有为胁迫议和扫除障碍，取信于后金的目的。
第三，钱龙锡明知道袁崇焕策划胁迫议和却知情不报。当袁崇焕“频以书商之”的时候，钱龙锡和王洽没有及时阻止袁崇焕的做法，也没有及时上报皇帝，而是采取了放纵的态度，作为身居要职的辅臣，难辞其咎。正如群臣审议的结论中所说：“钱龙锡以辅弼大臣关系疆场安危之大事，而不能抗疏发奸，罪责难逃。”
因此，崇祯毫不犹豫地降旨：遣锦衣卫缇骑逮捕钱龙锡。十二月，钱龙锡从松江府的家中被逮入诏狱。几经周折，最终钱龙锡免于一死，在关押了很长时间以后，于第二年五月被发配浙江定海卫充军，直到明朝灭亡，才重获自由。
虽然钱龙锡确实有问题，但是针对钱龙锡的攻击动机并不单纯。攻击钱龙锡的大多是亲“阉党”的人员，他们攻击钱龙锡不仅是针对钱龙锡个人，还有打击东林，为阉党报仇，进而为阉党翻案的目的。
就这个问题，我们既不能忽视“阉党”攻击钱龙锡的深层次原因，也不能因为“阉党”有意翻案就忽视了钱龙锡的罪行，钉是钉，铆是铆，必须要分得清清楚楚。
崇祯上台伊始，在没有弄清群臣流品以及党争真面目的情况下，就大规模地对党争一方进行清洗，本身就是一种错误，因此，逆案中不少人觉得冤枉的，企图翻案的人不在少数，“阉党”成员翻案有一定的合理性。
翻案行动由浅入深，进行得很婉转，方式有两个：