夏完淳喉中咸泪和血吞。由于他本人也在清政府通辑名单中，便一度曾匿藏于其兵父在嘉善的家中。1647年夏七月，他决定渡海加入鲁王政权军队。夏完淳至孝之人，临行前，他回乡间老家探望嫡母和生母，准备与二老告别之后再出发。清廷眼线多多，夏完淳甫一回家，即为人侦知。清廷人马俱至，逮捕了这位少年英雄。由于他是朝廷重犯，被立刻押赴南京受讯。
在南京受押的八十天，是十六岁英雄夏完淳人生旅途的最后八十天。其间，他不仅智斗大汉奸洪承畴，巧妙羞辱了这位满清鹰犬，并且自激自盛，赋诗写词多篇，表达了他“今生已矣来世为期”的冲天豪情和“家国之仇未报”的遗恨。
被羁之初，夏完淳作《采桑子》一词，从内心深处抒发了他的亡国之愁：
片风丝雨笼烟絮，玉点香球。
玉点香球，今日东风不满楼。
暗将亡国伤心事，诉与东流。
诉与东流，万里长江一带愁。
满清朝廷主持江南一带招抚的第一把手，乃大汉奸洪承畴。他听说夏完淳与其岳父钱（木丹）被抓，很是得意，便想亲自劝降这翁婿二人，此举不仅能为满清主子招纳“人才”，又能给自己脸上贴“慈德”金粉。
南京旧朝堂上，洪承畴高坐，喝问下面被提审的夏完淳：“汝童子有何大见识，岂能称兵犯逆。想必是被人蒙骗，误入军中。如归顺大清，当不失美官。”
夏完淳不为所动，反问洪承畴：“尔何人也？”
旁边虎狼衙役叱喝：“此乃洪大人！”又有狱吏在其旁低声告之：“此乃洪亨九（洪承畴）先生。”
夏完淳佯作不知，历声抗喝：“哼，堂上定是伪类假冒。本朝洪亨九先生，皇明人杰，他在嵩山、杏山与北虏（满清）勇战，血溅章渠，先皇帝（崇祯帝）闻之震悼，亲自作诗褒念。我正是仰慕洪亨九先生的忠烈，才欲杀身殉国，以效仿先烈英举。”
狱吏们此时很窘迫。洪承畴在上座面如土灰。上来一人，厉声叱喝夏完淳：“上面审你的，正是洪经略！”
夏完淳朗声一笑：“不要骗我！洪亨九先生死于大明国事已久，天子曾临祠亲祭，泪洒龙颜，群臣呜咽。汝等何样逆贼丑类，敢托忠烈先生大名，穿虏服虏帽冒允堂堂洪先生，真狗贼耳！”
洪承畴汗下如雨，老狗嘴唇哆嗦，小英雄字字戮到他灵魂痛处，使得这个变节之人如万箭攒心般难堪、难受。食禄数代之大明重臣，反而不如江南一身世卑微的十六岁少年，真让人愧死！（类似故事也发生在同吴易一起被抓的“白头军”领导人孙兆奎身上，他被押南京后，也是洪承畴主审。面对拖着条“猪尾巴”的清朝“总督”，孙兆奎轻蔑地笑问堂上洪大人：“我们大明朝也有一个牺牲的先烈叫洪承畴，您不会与那位大人同名吧？”狠狠羞辱了这位大汉奸。）
忽然，一旁因久受严刑而涌支撑的夏完淳岳父钱（木丹）忽然一声倒地，葡伏不起。夏完淳见状，忙上前扶起岳丈，历声激励道：“大人您当初与陈子龙先生及我完淳三人同时歃血为盟，决心在江南举义抗敌。今天我二人能一同身死，可以慷慨在地下与陈子龙先生相会，真真奇大丈夫平生之豪事，何必如此气沮！”听女婿如此说，钱先生咬牙挺起，忍耐奇痛。
洪承畴默然久之，只得挥挥手，今士卒把二人押回牢狱。然后，上报清廷，拟判处夏、钱二人死刑。
上述种种历史的细节，不见于满清御用奴才文人“官修”的史书。而是出于被乾帝“御封”为“贰臣”的明末大才子屈大均著作《皇明四朝成仁录》中。这位苟全性命于乱世的投机文人，自身道德深玷大污，但他内心中对全忠全义的英雄，也不由自主流露出热切的渴慕和深刻的崇敬。
深知自己来日无多，夏完淳在狱中写下了他那篇流传千古的《狱中上母书》，派人转送老家的嫡母盛氏与生母陆氏：
不孝完淳，今日死矣！以身殉父，不得以身报母矣！
痛自严君见背，两易春秋(严君：对父亲的敬称。见背：去世)。冤酷日深，艰辛历尽。本图复见天日，以报大仇，恤死荣生，告成黄土。奈天不佑我，钟虐明朝，一旅才兴，便成齑粉。去年之举(指自己于前一年入吴易军抗清。他兵败后，只身流亡，历尽艰危)，淳已自分必死，谁知不死，死于今日也！斤斤延此二年之命，菽水之养(指对父母的供养。《札记•檀弓下》：“啜菽饮水尽其欢，斯之谓孝。”)，无一日焉。致慈君托迹于空门，生母寄生于别姓，一门漂泊，生不得相依，死不得相问。淳今日又溘然先从九京(九泉)，不孝之罪，上通于天。呜呼！双慈在堂，下有妹女，门祚衰薄，终鲜兄弟(意思说家门衰落，福泽浅薄，又无同胞兄弟)。淳一死不足惜，哀哀八口，何以为生？虽然，已矣！淳之身，父之所遗；淳之身，君之所用。为父为君，死亦何负于双慈？但慈君推干就湿(推干就湿：是指母亲把干燥处让给幼儿，自己睡在幼儿便溺后的湿处。形容为人母者养育子女的辛劳。语出《孝经援神契》：“母之于子也，鞠养殷勤，推燥居湿，绝少分甘。”)，教礼习诗，十五年如一日；嫡母慈惠，千古所难。大恩未酬，令人痛绝。
…….呜呼！大造茫茫，总归无后。（倘若）有一日中兴再造，则庙食千秋(享受庙祭)，岂止麦饭豚蹄(指祭祀一般死者的食品。)、不为馁鬼而已哉！……兵戈天地，淳死后，乱且未有定期。双慈善保玉体，无以淳为念。二十年后，淳且与先文忠为北塞之举矣(出师北伐，驱逐满清。这句话意思是讲自己死后再度转世为人，仍要与其父在北方起兵反清。)
…….语无伦次，将死言善(语出《论语•泰伯》：“鸟之将死，其鸣也哀；人之将死，其言也善。”言善，指说话真诚不欺。)。痛哉，痛哉！
人生孰无死，贵得死所耳。父得为忠臣，子得为孝子，含笑归太虚，了我分内事。大道本无生，视身若敝屣。但为气所激，缘悟天人理。恶梦十七年，报仇在来世。神游天地间，可以无愧矣！
1647年，九月秋决，夏完淳等三十多名抗清义士在南京西市慷慨就义。手提鬼头大刀、凶神恶煞般的刽子手，面对自己面前昂然站立的这位面容白皙、姣好的十六岁美少年，他那杀砍掉无数人头的双手，也不由自主地发颤发抖，最终只能闭眼咬牙才敢砍下那一刀……
历史有时真是有些荒谬的意味。一百多年后，1775年，即乾隆四十年，总爱烂耀卖弄文采和进行历史“翻案”的乾隆帝下诏，承认明末抗清诸臣“茹苦相随，舍生取义”的辛劳，颁布《钦定胜朝殉节诸臣录》，对夏完淳、夏允彝、陈子龙以及一大批明朝的忠臣义士予以“一体旌谥”。由此，昔日满清王朝的危险敌人，一变为全忠全孝的大节无亏之人，而洪承畴们、祖大寿们等曾“事两朝”的“元戎”们，统统进了《贰臣传》。当然，道德标准在百年内波谲云诡，也只有在伟大奇幻的今天，东北官员们才会开大会隆重纪念“满清入关”，才会有尚可喜等人的后代大肆张扬为他们的汉奸祖宗“平反”。升平乐舞中，千古罪人变成了“适应时代潮流”的有功之人。而且，还有居心叵测的台独文人在台湾借“研究”之名，诬蔑夏氏父子之所以能从“乡贤”变为“国殇”，是由于他们老家松江地区的文人们借助于当地经济文化的“发达”，编造故事，强树“典型”。此论真是阴险至极，暴露了“台独”分子割裂大陆母体文化的丑恶嘴脸。
自乾隆四十年起，夏完淳的生前诗文得以公开刊印、流传，《夏节愍全集》等书纷纷面世，其上千首诗、文、信函，均得以辑成发表。可笑又可叹的是，与夏完淳同时代投附满清的明末大文豪、大名士们，包括撰写夏完淳第一手资料的屈大均，都被乾隆帝加以痛诋和讥讽：
“至于钱谦益之自诩清流，忝颜降附；及金堡、屈大均辈之幸生畏死，诡托缁流，均属丧心无耻。若辈果能死节，则今日亦当在予旌之列。乃既不能舍生，而犹假（借）语言文字以自图掩饰其偷生，是必当明斥其进退无据之非，以隐殛其冥漠不灵之魂！”
清朝学者庄师洛所作诗，最能为夏完淳这位少年英雄盖棺定论：
天荒地老出奇人，报国能捐幼稚身。黄口文章惊老宿，绿衣韬略走谋臣。湖中介义悲猿鹤，海上输忠啳凤麟。至竟雨华埋骨地，方家弱弟可同伦。