事闻朝廷，崇祯帝为掩自己用人之失，竟不追治其罪，还以“剿贼功”追赠他为太子太傅。清初，其子杨山松不是省油灯，又作《孤儿吁天录》，极力掩辩，谓其父乃正常病亡，不是畏罪自杀，想左右写《明史》的清朝史官看法。可幸“馆臣未受其误（导）”，并未把杨嗣昌描写成“有劳无过”的忠臣。日后，张献忠攻陷武陵，把杨嗣昌七世祖墓皆一一掘出，敲骨四弃，派兵士用大刀把杨嗣昌夫妇尸体大卸八块，然后用棺木焚烧。
占据襄阳，奇袭侥幸。张献忠爽过一把后，生怕郧阳一带的左良玉部明军来攻，便在大肆劫掠焚烧后即涉汉水而东，打下光州（河南潢川）后，折入湖北克随州。接着，他率部窜至信阳一带。
左良玉率军入河南追剿，张献忠部乘机杀至郧阳。而罗汝才部在河南没动，与李自成联军，改换门庭。张献忠失去一条有力臂膀，军力大减，不久在信阳遭遇老对手左良玉部，交手大败，几乎全军覆没。
由于从前在荥阳大会时与李自成有过节，张献忠不敢去投李自成，转去安徽劫掠，与“革里眼”等部联手。攻掠庐州和无为州之后，“革里眼”等人向河南开拔投奔李自成，张献忠只得准备重入湖北。但潜山一战，他被明将黄得功击败，一时龟缩在原地不敢动弹。
由于李自成忽然在湖北孝感、汉阳等地大败官军，左良玉部逃至池州（安徽贵池），这给予了张献忠一个好机会。他即刻率军从潜山出发，一直向西挺进，连克黄梅、蕲州，并在攻破蕲水后杀掉了寄住在那里的熊文灿的家属几十口人。老张真是黑心，当年他假投降时入熊文灿大营，只要老熊一声令下，他的脑袋就会搬家。今日恩将仇报，杀了从前主张招抚他的老熊全家，一个不剩。
势如破竹之下，至崇祯十六年夏，张献忠一举攻下重昌武昌，杀掉了宗藩楚王。楚王朱华奎也是个财迷，王府金银百万千万，一个子儿也舍不得拿出来募兵发饷。结果，武昌失陷后，张献忠看见楚王府那么多金银，大发叹息：“这朱老头真是愚蠢，这么多钱舍不得用来招兵买马，放在这里等人抢！”于是，他命人在朱华奎身上塞了数块银锭，把大胡子老王爷扔入水中淹死。
在武昌，张献忠把所有十五岁以上、二十岁以下青壮男子简选为兵，把漂亮年青妇女挑出送入军营轮奸，然后大开杀戒，在武昌城内屠戮。由于人太多，贼兵杀得胳膊都肿，于是想出一计，开汉阳门假装放人。百姓以为可逃性命，纷纷从此门奔出，张献忠贼兵以铁骑蹙逼，把数万人挤入江中淹死，“自鹦鹉洲达于道土洑，浮尸蚁动，水几不流逾月，人脂厚累寸”，数十万武昌人民，被贼军尽皆杀死。
占据武昌后，张献忠建立“大西”伪政权。由于李自成军队已经据有汉阳，张献忠知道自己打不过老李，不久就率主力杀向湖南，全取湖南，并向江西发展。
崇祯帝大错之五——明清松锦大战的错误指挥
清军数次入口，大肆劫掠，掳人夺财杀人虽多，土地基本一块未得，天气一热就退回关外。为此，“皇帝不急太监急”，皇太极与大群满洲贵族不着急，其手下如祖可法、张存仁这些汉人降官降将却忧心忡忡，深觉满清偏隅一方当土皇帝没出路，应统杀入中原推倒明朝为正统，这样一来，这些“汉奸卖国贼”们也好成为新王朝的开国功臣。
大约在1640年（崇祯十三年），满清的“都察院参政”张存仁献“三策”攻明：上策是直捣北京，割据河北；中策是直取山海关，切断北京与宁锦之间的“咽喉”；下策是屯兵广宁，稳步夺取宁锦土地。
此时，由于蒙古察哈尔的林丹汗也被清军击败，漠南蒙古尽属于已，皇太极更无后顾之忧。
皇太极思前想后，最终决定采用张存仁的最后一策：夺取宁锦。为此，祖可法、张存仁这几个汉奸立刻忙乎起来，先在义州修城，以此为前哨，屯田练兵，为将来的大战保障稳固的后勤支援。义州在广宁与锦州之间（距锦州仅九十里）。于是，1640年夏，皇太极本人亲自到义州一带观察地形，并率军杀至锦州，用红夷大炮猛轰城内明军。趁明军闭门严守不敢出之际，清军把城周的粮食尽行割光，运回义州作为军粮储备。
义州这个重要战略要地，明辽东巡抚方一藻三年前就上书朝廷建议重修，无人过问。至此，反而成为清军的攻击落脚处。
北京的崇祯皇帝听说皇太极又有动静，立命蓟辽总督洪承畴赶紧出关前往锦州。本来，洪承畴一直在陕西等地与流贼作战，由于他极富韬略，陕西巡抚孙传庭又与他合作，在崇祯十一年屡战屡胜，曾一度把李自成等军几乎赶尽杀绝。但是，由于受杨嗣昌排挤，他在崇祯十二年被外派为蓟辽总督，战争对手由农民军变成了满清军。
洪承畴确实是明朝少有的真正有将略的文臣。他到山海关巡视后，立刻抽练兵卒，置精兵于山海关之外的前屯卫和中后所，以能将吴三桂为总兵官，信用辽东本土将官祖大寿等人，在锦州、松山、杏山、塔山、宁远、前屯卫、中后所、中前所等八城屯精兵近八万人，大大加强了宁锦防线的实力。
面对汹汹而来的皇太极满清军，洪承畴审时度势，在得知吴三桂等一万明军分赴松山、杏山驰援消息后，他又下令总兵曹变蛟、马科等人率二万人出关，于五月十六日抵达宁远。
先行抵达杏山的吴三桂非常勇敢，率军与清军交战，可惜先胜后败，几乎陷没于阵，数千明兵被杀。
清军此次攻围宁锦非常有耐心，已经有打“持久战”的准备，并定期三个月轮换士兵，保证士气和进攻能力。同时，清军按部就班，逐步清除锦州城外的明军堡垒。
锦州城内明军并不示弱，屡屡出城与清军交手，双方杀伤相当，谁也不占大便宜。
清军、明军双方源源不断运粮运攻具于宁锦，大打消耗战。
在环围锦州的情况下，清军仍多疏漏，近两万石粮食在交战期间被明军运入城内，极大鼓舞了明军士气。
七月间，洪承畴本人自率曹变蛟、马科、吴三桂、刘肇基四位总兵官带兵四万至杏山，与清军大战，吴三桂一部独胜，清军退却。由此，清军全部集中围打锦州的企图受挫，明清两军在松山、杏山与锦州之间形成战略相持。
洪承畴在杏山首战后非常有信心，急忙上奏朝廷，请求派十五万大军以及运送能供一年的粮草到位，才能最终取得战争胜利。同时，他调动灵活，为节约粮食，只留吴三桂一部万余人马于松、杏一带，拖住清军，其余兵马即刻回关内休整养锐。他还下令宣府、大同、密云三总兵出关，准备转年待诸军集结完成后毕其功于一役，与清军决战。
汉奸张存仁对满洲主子可谓用心良苦。他发现清军包围锦州有多处缺口，即刻苦口婆心劝说皇太极从严从重惩罚松懈的清将，加强围困，在锦州城外深挖嵌壕，多筑战台，并先取松山、杏山和塔山三城。
皇太极“知罪就改”，下死命令严防明军从锦州以外运粮草等物入内，把城围得水池不通。
由于诱降了明军镇守锦州外城的蒙古军头领那木气，两营蒙古兵连家属六七千人向清兵投降，锦州城外一度为清军攻占。多亏祖大寿率兵死战，最终夺回外城。但是，外城不少城垣遭受破坏，锦州防御能力大大降低，基本上明军只能凭内城守御。
胶着之间，崇祯十四年（1641年）正月，从宣府、大同等地抽调出关的明兵哗变逃亡，乱了好大一阵才抚平。
得知锦州已经完全被清军隔绝，北京的崇祯皇帝十分焦急，怕丢掉这座战略要地，死催洪承畴即刻进兵。无奈之下，洪承畴只能力催各道兵加紧出关，最终于四月中旬齐集于宁远城，共计为大同总兵王朴、山海关总兵马科、东协总兵曹变蛟、中协总兵白广恩、阳和总兵杨国柱以及王廷臣和吴三桂七个总兵官，共十二万多人。
四月二十五日，明军与清军在锦州以南十五里开外开战，虽然是在地势上以低攻高，明军英勇，清军虽顽强，仍然伤亡惨重。
六月间，洪承畴挥兵六万攻清军于松山，夺其三营，杀伤清兵甚众。从当时情况讲，明军已经取得战争主动权，围困锦州的清军开始动摇。
关键时刻，皇太极手下的汉族将领石延柱献上“妙策”，竭力劝说主子皇太极不要为小败而产生沮丧情绪，把“围城打援”当成作战原则，坚持下去肯定胜利。
洪承畴此时很清醒，他上奏朝廷，决定应该在保持战场优势的情况下，在松、杏一带与清军相持。多年与女真人交手的祖大寿在锦州城内也向京城送信，嘱诫明军切勿轻易与清军野战，即使交战，也应用车阵逼之，使其骑兵不得驰击。同时，他还表示锦州城内粮食充足，大可支持半年。