紧接着，阉党疯狂在朝廷进行“大清除”，把不附于已的尚书李宗延、张问达以及侍郎公鼐等五十多正、副部级官员削逐出廷，朝暑一空。吏部尚书赵南星被遣送振武卫劳改，并累死在戌所。赵南星与阉党魏广微父亲还是好友，他再入朝后待小魏以子侄辈之礼，激起魏广微私恨，竟致父亲老友于死地。
在窜逐异已的同时，魏忠贤遍植私人党羽于要津，所以，当时的朝廷，实为魏忠贤朝廷，他本人获得明熹宗赐印，文曰“顾命元臣”。客氏也有赐印，文曰“钦赐奉圣夫人”。大家甭以为这两块印最大不过是玉玺大小。不对，每块印用黄金铸成，重三百两。巨大金印，以老魏魁梧的体格，他自己都拿不起这块大金印。
明熹宗根本不知外朝之事，终日家人欢会一般与客氏、魏忠贤游玩。一次，皇帝本人在西苑湖面与两个小宦官划船玩，边玩边与岸上敞坐饮酒的魏、客二人笑乐招呼。忽然一阵风起，小船翻覆，明熹宗摔入水中。魏忠贤、客氏相顾错愕，不知如何是好。幸亏明熹宗会几下狗刨，扑腾上岸。两个小宦者旱鸭子，沉入水底淹死。这次很悬，明熹宗差点步昔日正德皇帝后尘。
气焰熏张，热火烹油，魏忠贤借助东厂特务机关，横行肆意，破家败户，凡是被他们盯上的，三族九宗，均顿成齑粉。一般官员百姓自不必讲，连宁安大长公主儿子李承恩这样的皇亲，由于魏公公贪图他家中御赐器物，便诬其偷盗宫中御物，逮起来弄死，然后把财物抄收后全部运入自己宅中。
同时，魏公公拔苗助长，竭力培植自己家族势力，以其侄魏良卿为佥书锦衣卫，掌南镇抚司事；以其侄魏希孟为锦衣同知，控制锦衣卫；以其族叔魏志德其外甥傅之琮、冯继先为都督佥事，掌御林军；内廷太监方面，王体乾、李朝钦等三十余人对他“热烈拥护”；外廷方面，文臣有崔呈秀、田吉、吴淳夫、李夔龙、倪文焕云出坏主意，外号“五虎”；武臣有田尔耕、许显纯、崔应元、孙云鹤、杨寰等负责杀人清除异已，号“五彪”；又有吏部尚书周应秋等人管“组织人事”，号“十狗”；又有“十孩儿”、“四十孙”等名号，不可数计。自内阁、六部至四方总督巡抚，魏忠贤皆遍布死党，内外大权，一归于魏忠贤一人之手。
其间好笑的是，阉党太仆少卿曹钦程与诸人关系不睦，被削籍为民，排挤出朝。老曹辞行，到魏忠贤面前哭辞：“君臣之义已绝，父子之恩难忘！”魏公公心中厌恶此人，迎头一口大浓痰，老曹狼狈踉跄而去。魏忠贤败后，曹钦程被下狱论死，关在牢中好多年，其家人不送饭给他。老曹天天抢夺其他同牢囚犯的伙食，终日醉饱。李自成攻破北京，曹钦程破狱投降，最后随闯贼败走，不知所终。
为了进一步打击东林党人，魏忠贤又让阉党阁臣顾秉谦总裁，会修《三朝要典》，详细记述“红丸案”、“梃击案”、“移宫案”，想把“三案”颠倒黑白，铸成铁案。
天启六年，锦衣卫去苏州逮捕吏部主事周顺昌时，由于缇骑霸横，周顺昌民望又好，市民颜佩韦等人率众勇为，打死缇骑特务三人，几乎酿成一次大的民变。当然，最后周顺昌以及要救他的颜佩韦等五烈人皆被杀。中学课本中的《五人墓碑记》，详细地记载了这件事情的始末。其实，此类民变也是一个苗头，说明明王朝的统治，确有日薄西山之感。基层百姓心中的怨恨，皆入火山内的融浆一样，蓄势待发。
一改以前太监上疏自称“奴婢”的称呼，魏忠贤自称“臣”；一改以前宦者称皇帝为“万岁爷”，魏忠贤改称“皇上”、“陛下”，把自己这种没老二的公公等同于外廷大臣。而且，此时的魏忠贤，已经被宫内宦官们称为“九千岁”，只要是逢他生日，“千岁、千岁、千千岁”之声，轰响若雷，在禁宫中经久回荡。外廷大臣更有无耻者，拜见魏公公时称谀他为“九千九百岁”，比皇帝只差“一百岁”。
为了宣示威仪，每次外出，魏忠贤均乘坐华丽异常的羽幢青盖文轩车，四匹如龙骏马拉引，周遭握刀骑卫锦衣卫列侍，加上优伶、百戏、厨传，下人等杂役人等，随从万人左右。魏公公喜爱大戏一样的排场，途中饶鼓雷鸣，敲敲打打，吹吹奏奏，烟尘避天，旗帜匝地，道旁行人总误会是天子驾到。
魏公公老姘头客氏当仁不让。每次出行，盛服靓妆，几十岁的老娘们描眉涂眼，打粉打腮，有太监王朝忠等数十人皆腰缠红玉带作前驱，随从甚盛。她还常常在禁宫内坐乘马车四处游逛，到乾清宫圣驾休息处也从不下车，太上奶奶一样。客氏很喜在晚夜出宫回私宅，灯炬彻地，照如白昼。其马车四周，数百宫女着穿华美宫衣，各提灯笼，远望俨然似仙女下凡，簇拥客氏马车。私宅大门中开之后，自管事到家仆，上千人挨次叩头，齐叫“老祖太太千岁、千岁、千千岁”，喧声震天。
为了进一步尊崇魏忠贤，满朝文武和内廷太监，皆不敢直呼其名，只称其为“厂臣”。阁臣以皇帝名义拟票，开口闭口是“朕与厂臣”，即在官方正式文件中，魏公公与当今天子肩挨肩呆着。
天启六年夏，浙江巡抚潘汝桢开头，以机户感恩的名义，在当地为魏忠贤建“生祠”，即活人纪念馆，地点位于关羽庙和岳飞庙之间。他上疏谀赞魏公公“心勤体国，念切恤民”。疏上，圣旨称道，赐名“普德”。由此一来，天下阿谀官员群起效仿，魏公公生祠遍天下，祠坊均属“奉旨”而建，额题都是“广恩”、“永恩”、“崇德”、“崇仁”、“报恩”一类的上嘉好名。而一祠所费，少则数万，多则数十上百万，均从公库支出，外加刮剑民财。
生祠建筑，各地林木也大遭殃，多被砍供以作修祠木料。吴淳夫等人所建生祠规模巨大，九进殿庭，肃穆如太庙，壮丽如帝居。仅占地一项，就拆毁民房数万间。大同、湖广、蓟州等地的生祠中，魏忠贤座像皆系纯金制成，头戴冲天寇，手执玉笏，俨如上天尊帝一个派头。由于巧匠众多，江南一带的魏忠贤祠内座像多以沉香木为体，眼耳口鼻手足皆栩栩如生，晴能顾盼，口欲发声，连坐像肚子中也按真实比例用金玉珠宝雕成肠子肚子心肝肺腰子大油和杂碎，充斥其中，以拟真人。
魏忠贤的雕像外饰以华丽彩仪，髻上留一孔，以供每日一换时令鲜花插上。一次，由于一间祠内坐像的头部雕凿稍大，朝廷派来赐冠的小宦官手拿真珍黄金宝冠往头上按了半天按不下去。工匠惶恐，见尺寸稍稍差一点，便抡起斧子剔削像头两下，把宝冠放稳。小宦者亲见“亲爹”脑袋挨削，痛在心头，抱像头大哭，责骂工匠不止。……
宦者如此，官员们更甚。山东巡抚李精白上建祠疏时有“尧天之巍荡”之语奉承魏公公，特意把“巍”字上的山字头放在下面，并派人转告魏公公：“我怕山字压了魏大人的‘魏’”；天津巡抚黄运泰率地方官员群迎魏公公雕像，行五拜三叩首之礼，乘马前导，有如迎圣旨；蓟辽总督阁鸣泰谄词，有“人心之依归，即天心之向顺”，魏公公完全成了人民的大救星；不少官员群跪于魏公公雕像前，依次“宣誓”：“某年某月某日，蒙九千岁升拨！”而后，叩头致谢，拜舞连连。
魏公公个人尊拜发展最甚时，国子监生员陆万龄上疏，提出要以魏忠贤与孔圣人并誉，理由是魏公公“芟除奸党，保全善类”。他还一一比拟：孔子作《春秋》，魏公公作《三朝要典》；孔子诛少正卯，魏公公诛除东林邪党。
生员朱之俊更绝，他免去上书走衙门的麻烦，直接在大路上张贴大字报，声称魏忠贤的功劳，“在大禹之下，孟子之上”，应该把魏忠贤像搬入孔庙与孔子并座。
京城读书人都无耻到这个地步，可见阉党对士气的摧残有多剧烈。
骄蛮到这种地步，魏忠贤与客氏接着打起明熹宗皇后张氏主意，准备先拿张皇后的爸爸张国纪开刀。张皇后贤淑严正妇人，非常讨厌魏忠贤与客氏，有一次她见客氏在宫中太招摇，以皇太后自居，就把半老婆子召来训斥一顿。就宫廷礼仪讲，皇后至尊，客氏当时不敢吭气，但心中恨死这位女主子。
张皇后对熹宗也有所讽谏。一日，年青皇帝入皇后宫闲聊，看见张后正在读书，便笑嘻嘻问“皇后读何书？”张氏严肃回答：“《赵高传》。”熹宗皇帝不傻，知道皇后话中有话，为之默然。
客氏安插的亲信宫婢很快把此事禀告。和老插杆密议后，客氏与魏忠贤就散布张皇后不是张国纪亲生女，准备先拿张皇后之父太康伯张国纪为锲入点来施行打击。于是，魏公公暗遣壮士数人于便殿，让他们身怀利刃。锦衣卫军早就安排好，一举把这些壮汉拿下。当时明熹宗正做家俱，闻听庭院汹汹，吵嚷声一片，忙自己走出问个究竟。