倒是他身边谋士孙恒一语挑明：“朝廷开抚军院，步步要杀丞相。现在事急，又诏令我们勤王。我们驻军云中，正是想坐观成败！”
进言者听此话，只得默然。
可见，大都元廷急上房，王保保仍持坐观态度，元军其余诸部可以推想。
很快，明军打到通州。元朝知枢密院事卜颜帖木儿像条汉子，出兵力战，可惜兵败被杀。
眼看大都不守，元顺帝在清宁殿招集三宫后妃、皇太子等人，商议出京北逃。左丞相失烈门等人谏劝，一名名叫赵伯颜不花的太监更是跪在叩头哀嚎：“天下者，世祖之天下，陛下当在死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸卫士出城拒战，愿陛下固守京城！”
顺帝已经吓破胆，当然不听。1368年阴历七月二十八日夜间，元顺帝最后看了一眼元宫的正殿“大明殿”，嘴里嘀咕了一句什么，即率皇后、皇太子等人开健德门，出居庸关，逃往上都方向。八月三日，明军攻入大都城，元朝灭亡。
元朝的宫殿正殿，名字就叫“大明殿”，元顺帝临行前看着那三个字，肯定和我们后人想得一样：莫非这是“大明”取代“大元”的象征？其实，如同“大元”取自《易经》“大哉乾元”之语一样，元朝的“大明殿”也是出自《易经》乾封的彖辞：“大明始终”；元顺帝逃走时所经的“健德门”，出自乾卦彖辞：“天行健”；厚载门出自坤卦“坤厚载物”；咸宁殿出自乾卦“万国咸宁”；等等，大多是根据《易经》为宫殿和宫门起的名字，至于日后与“大明”暗合，也是小概率的巧合吧。
元顺帝在一年多后因痢疾病死，终年五十一，蒙古人自己上其庙号为“惠宗”，他之所以被称为元顺帝，是朱元璋“以帝知顺天命，退避而去，特加其号曰顺帝”。
元顺帝遁走，徐达上《平胡表》给朱皇帝：
“惟彼元氏，起自穷荒，乘宋祚之告终，率群胡而崛起。以犬羊以干天纪，以夷狄以乱华风，崇编发而章服是遗，紊族姓而彝伦攸理。逮乎后嗣，尤为不君，耽逸乐而招荒亡，昧于竞业；作技巧而肆淫虐，溺于骄奢。天变警而靡常，河流荡而横决，兵布寰宇，毒布中原。镇戌溃而土崩，禁旅颓而瓦解，君臣相顾而穷迫，父子乃谋乎遁逃。朝集内殿之嫔妃，夜走北门之车马。臣（指徐达自己）与（常）遇春等，已于八月二日，勒兵入其都城。”
百年汉族郁结之气，竟能在这一篇表章中一泄而出。
明朝历史学家权衡对元顺帝有过特别恰当的评价，以往治元史者皆未注意他的看法，现摘录于下：
（顺）帝在位三十六年，当元统至元间（顺帝前期两个年号），帝受制（于）权臣，（权臣）相继或死或诛。帝恐惧之心驰，而宽平之心生。故至正改元后，复兴科举，行太庙，时享赐高年之帛（敬老），益蜀免天下民租，选儒臣欧阳元等讲《五经》、《四书》，译《贞观政要》，出厚载门耕藉田（不忘天下农耕之辛苦），礼服祀南效（敬天顺人），立常平仓，因水旱盗贼下诏罪已（能自我批评），尽蠲被灾者田租。又命使（臣）宣抚十道，凡此皆宽平之心所为者也。惜乎元朝之法，取士用人推论“根脚”。其余图大政为相者，皆“根脚人”也（其实汉人贺惟一不在内）；居纠弹之首者（指御史大夫），又“根脚人”；莅百司之长者，亦“根脚人”也。而凡负大器、抱大才、蕴道艺者（指非蒙古、色目出身的汉人），俱不得与其政事。所谓“根脚人”者，徒能生长富贵，脔膻拥毳，素无学问。（这些人）内无侍从台阁之贤，外无论思献纳之彦。是以四海之广，天下之大，万民之众，皆相率而听（从）夫（那些）脔膻拥毳、饱食暖衣腥膻之徒。使之（这些人）坐廊庙、据枢轴，以进天下无籍之徒。呜呼，是安得不败哉！……向使庚申帝（元顺帝，他生于庚申年，即延佑七年）持其心常如至正（年号）之初，则终保天下，何至于远遁而为亡虏哉！
元朝，自顺帝跑出大都后，标志着蒙古人在中国统治的终结。日后再提及这个流亡政权，就只能称其为“北元”了（明朝称“鞑靼”或者瓦剌）。元朝虽亡国，但并没有灭种。
元顺帝从大都出逃后，一路惶惶然如丧家之犬，用了近二十天功夫逃到上都。但此时的上都宫阙府衙先前曾遭红巾军一部劫掠焚烧，根本不象个都城，到处残垣断壁，四处瓦砾。见此情景，顺帝一行人心凉了大半，本想再远窜和林，不久就听说明军并未有大部队来追，诸人方敢喘口大气。
元朝虽亡，当时的残余势力仍旧很让元顺帝觉得有重回大都的希望：辽阳有兵十万，云南仍旧在蒙古宗王手中掌握，王保保有大军三十万在山西，李思齐、张思道有数万兵在陕西，加上各地杂七杂八的零散武装以及集民自保的所谓“义军”，全部军队人数加起来有大几十万那么多。可惜的是，由于从前当众砍杀了宗室阳翟王，顺帝对西北诸藩的“亲戚”们不抱幻想，他目前最大的心愿就是夺回元朝政治统治的象征地大都。其实，早知如此，他当初就不应逃跑得那样苍促。
朱元璋是位懂谋略的帝王，他深知山西的王保保不除，元朝仍旧有死灰复燃之日。于是，他下令徐达、常遇春两人即刻统军去平山西，同时又增派汤和等人提军赴援。明军一路基本顺利，接连攻下泽、潞两州（晋城和长治），准备合围云中（太原）。
王保保在元顺帝的死催下正往大都方向赶，听说明军正要倾其老巢，他立刻回军。走到半路，明军已经拿下太原。双方对垒，王保保挑选数万精兵，准备拼死一决。结果，明军策反了王保保部将“豁鼻马”（估计是绰号），连夜劫营。元军刹时惊溃，王保保惊慌中跳上一匹马就跑，狼狈得脚上只穿一只靴子。由此，数万劲骑，王保保带走的只有十八骑，余众不是被杀，就是投降明军。
王保先逃至大同，惊魂未定，又驰往甘肃。由此，山西皆为明军攻克。
明军一鼓作气，稍事休整后又开拨，准备克复陕西。元顺帝思念大都心切，命右丞相也速率数万骑兵经通州攻大都。当时通州由明将曹良臣驻守，兵员不满千人，他只得使“疑兵计”，在白天夜里轮流不断让人摇旗呐喊击鼓不绝。以为明军人多，也速竟然惊骇退走，失去了进攻大都的最好机会。
朱元璋得知顺帝用意后，急遣大将常遇春率所部从凤翔急行军驰援大都（明朝已将大都改称“北平”），在优势兵力下，明军数战皆胜，连接攻克会州（今辽宁平泉）、大宁州（今辽宁朝阳）。偷鸡不成蚀把米，大都影都不见，现在顺帝连上都也呆不住了，只得逃往应昌（今内蒙克什克腾旗）。
常遇春明军势锐，一举攻克上都，斩首数万，降敌一万有余，得辎重、牲畜、粮草无数。
陕西方面，徐达一军直下奉元（今西安），元将张思道未战即逃，李思齐虽有十万大军，也不敢做象样的抵抗，西奔临洮。徐达与诸将异议，坚持己见，他认定要先拿关中元将中最硬的李思齐开刀，直下陇州（今陕西陇县）、秦州（今甘肃天水）、巩昌（今甘肃陇西）、兰州。由于事先做过不少“思想工作”，李思齐向明军投降，附近元军残部皆望风降服。
张思道从奉元逃跑后，向宁夏方向逃跑，留其弟张良臣和姚晖等人守庆阳。到了宁夏，穷蹙势孤的张思道走投无路，只得向王保保“报到”。王保保这个气，张口大骂：“从前你这个王八旦与我争关中的勇气哪里去了？”马上把他押入囚牢关了起来。
庆阳方面，张思道之弟张良臣诈降，结果使明军受降部队损失惨重。徐达闻讯大怒，指挥四路大军围攻庆阳。元廷派出数道兵增援，皆被围城明军打败溃逃而去。坚守数日，庆阳城中粮尽，守将之一的姚晖向明军投降，张良臣等人跳井未死，被明军捞出后皆剐切于军营之前。
王保保得知庆阳失陷后，便集兵猛攻兰州。猛攻数日，难克坚城。愤懑之下，王保保率元军在兰州附近大掠泄愤。出乎他意料的是，明朝大将徐达来得快，在定西车道峪与王保保狭路相逢。
元、明两军中间隔一条深沟，各自树栅建鹿角，作持久相斗状。明军粮多兵壮，有持久战的本钱；王保保元军情怯粮少，先自慌了心神。
徐达使心理战，命令明军昼夜不停发动假攻击，使元军不得片刻休息。