秦桧任相后，也就不再掖着藏着，便将他自称能“耸动天下”的二策向赵构如实汇报，其主要内容就是“一则与南北士大夫通致家信，一则纠率山东、河北散群之人，愿归乡土者，差官押管前去”，概括起来就一句话，即“南人归南、北人归北”，这也发生在南宋初年最为臭名卓著的一条政策。为此，秦桧还专门厚颜无耻地为赵构草拟了一篇诏书，大意为：“自从与金国开战以来，河北、山东的忠义之士纷纷相约从军，为国立功，其后因金军不断侵蚀土地，现在这些人都已背井离乡，流落到江南，情况非常可怜。而还有一种情况就是本来生在南方却在北方做官的人，也因为战乱而不能回国，情况也很可怜，朕天性仁慈，不忍心看到这样的情况出现，所以就制定了这样一条政策，好让南北方流落到异乡之人都能够回到故里。”
赵构看完大失所望，因为按照这两条政策，其实就等于是宣布放弃长江以北的被占领土，尽管赵构本来也无意恢复，可在当时的特定历史背景下，就是再无耻的人也不敢公开宣称放弃故土。再有就是赵构手下的主要将领全都是北方人，军队中的北方籍士兵也占了绝大多数，如果实行“南人归南，北人归北”，那么就要把这些人全部送回北方，交给金人处理，等于是自动解除武装了，显然这是一条赤裸裸的卖国政策，赵构并非白痴，自然不会轻易上当，不过他也没用当场发作，只是将这封诏书扣了下来，却并没将秦桧罢免。
秦桧提出的“南人归南、北人归北”虽然未被赵构接受，使他小受挫折，但他的地位并没有受到影响，依旧还是宰相，秦桧也趁机结党营私，大力培植党羽，想要独揽大权，比如说他大力举荐名儒胡安国为给事中，援引故交翟汝文为参知政事，南宋初年的奸相汪伯彦曾做过秦桧的老师，秦桧又想方设法使他复出，只因汪伯彦的名声太臭，这才没能得逞。
经过秦桧的再三努力，羽翼逐渐地丰满起来，不过宋朝历来都以左相为尊，而秦桧身为右相，上面还有个吕颐浩，所以他又想把吕颐浩挤走，便唆使党羽上奏称：“周宣王内修政事，外攘夷狄，这才能够中兴。如今朝廷有两个宰相，应该让他们分掌内外之事。”赵构听完觉得很有道理，便传旨命吕颐浩专治军旅，秦桧专理庶务，结果吕颐浩就被派往镇江府督军，剩下秦桧在朝中独揽大权。
吕颐浩拜相之年已逾六十，资格很老，加上又为国立有大功，所以在与秦桧公事初期，并没有将他看成是一个可怕的对手，直到这时被莫名奇妙地赶出朝廷，这才觉得秦桧不太好对付，于是也想找人援助。绍兴二年七月，吕颐浩自镇江府还朝，趁机举荐前宰相朱胜非为同都督，用意是想拉上朱胜非，一起对付秦桧。
朱胜非是苗刘兵变时的宰相，赵构一家能在那场兵变中平安无事，朱胜非立有很大的功劳，所以尽管朱胜非是因此事而辞职，但赵构对他的印象一直不错，吕颐浩既然举荐他，赵构自然没有不准之理。可是诏书下来时却出现了问题，宋承唐制，延续三省六部制，即中书省作为决策机构，负责草拟和颁发皇帝的诏令，门下省作为审议机构，负责审核政令是否合理，如果认为合理就转交给负责执行的尚书省，不合理则有权以“封还词头”的方式退给中书省，称为“封驳”，而当时掌有封驳之权的给事中胡安国一向与秦桧交好，当即就动用此权将任命朱胜非为同都督的诏书退了回去，结果此事就落空了。
没过几天，赵构又改命朱胜非为提举醴泉观、兼侍读，回行朝供职。诏书写好之后，吕颐浩生怕胡安国再行封驳，便命中书、门下检正诸房公事黄龟年以内批的形势将这份诏书公布，胡安国闻讯大怒，认为吕颐浩这是在“侵紊官制，堕坏纪纲”，从此闭门不出，以旷官的方式来对抗吕颐浩的行为。
胡安国在当时很有名望，而且人品尚属方正，虽然同秦桧交好，但还不能把他认定为秦桧的党羽，然而就在这一件事上，胡安国显然是坚决地站在了秦桧的一边，而秦桧也连上三次表章力保胡安国，这就正好给吕颐浩打击秦桧提供了契机。因为自古以来，当皇帝的最忌讳的就是臣子结党，因为臣子结党就意味着君权架空，这是皇帝绝对不能容忍的，当时赵构对秦桧遍植党羽以及秦、吕之争已有所察觉，而胡安国事件更使他心生警惕，吕颐浩便趁此机会，唆使黄龟年结结实实地参了秦桧一本，称他为相以来“专主和议，无心恢复，且植党专权，渐不可长”，秦桧得知此事后，只能按惯例主动辞职。此时赵构还有些犹豫，所以并没有马上批准，吕颐浩见还差点火候，便亲自出马，并拉着参知政事权邦彦一起进宫大讲秦桧的坏话，终于把赵构的火气彻底勾了起来。
第二天，赵构将兵部侍郎兼直学士院綦崈礼召入宫中，怒气冲冲地将秦桧此前所献的二策取了出来，说道：“秦桧自称有二策可以耸动天下，其实不过就是想把河北之地送给金国，将中原之地送给刘豫，还说什么南人归南、北人归北，我就是北方人，又该去哪里？”从这段话不难看出，赵构不是看不出秦桧的奸诈，只是不愿挑明而已，所以说秦桧之所以能修炼成史上最大汉奸，其实是跟赵构的帮助分不开的。
不过此时赵构既然给秦桧定了调子，余下的事情也就好办了，綦崈礼回到学士院后，给秦桧写了一篇措辞极为严厉的诏书，指责秦桧依靠诡计得到权力，又以此培植奸党，排斥异己，辜负了皇帝的期望，因此将他罢免。诏书传出之后，赵构还专门在朝堂贴了张榜单，称从此将对秦桧进行永久性封杀，绝不录用。
秦桧就这么被罢免了，政治生涯似乎也走到了尽头，因为赵构说的明明白白，绝不会再召他入朝了。可是赵构作为史上最能委屈求全的开国皇帝，一向以没脸没皮而著称，所以根本不在乎人家说他食言自肥，而秦桧又是有个背景的人，金国培养个奸细不容易，怎么能不好好利用呢？于是在经过了一个不长不短地蛰伏期后，秦桧就再次卷土重来，重新走进了南宋的政治中枢，并从此独揽大权长达近二十年。