1544年，60岁的满素尔汗在遗憾中离开人世，他的儿子沙王子继位。这时，天山草原的卫拉特人屡屡南侵，沙汗没有余力再理会叶尔羌汗国，全力抵御北部的压力，但最终于1565年战死沙场。沙汗没有子嗣，贵族们为争夺汗位争执不休，最后由沙汗叔伯弟马速王子自立为汗，局势才稍稍稳定下来。
可这新立的马速汗既不是沙汗的嫡系子孙，又不是长者即位，这下给了叶尔羌汗国东征的借口。
1570年，阿不都.哈林汗提出，马速汗并非按照蒙古传统继承汗位，属于非法。这个指控听起来义正词严，但实际上并不能站住脚，叶尔羌汗国已经不再是东察合台汗国的臣属，两家已成敌国，有什么资格来插手人家的家务事？但强者是从来不给弱者以抗辩的机会的，不等马速汗做出任何反应，阿不都.哈林汗便派遣四个弟弟琐非、马黑麻、阿布撒亦和忽来失率军东征。
早已被内外战争折磨得奄奄一息的东察合台汗国根本没有了还手之力，东征军一路上拔城夺寨，攻入吐鲁番，将马速汗俘虏，归并了东察合台汗国。
这次征战，不但使得汗国疆域囊括了吐鲁番、哈密、察力失等地，有了空前扩大，同时意味着，叶尔羌汗国是察合台汗国唯一的，合法的继承人。
至此，叶尔羌汗国疆域固定了下来，东面直至嘉峪关，与明朝邻接；南面以昆仑山、阿尔金山为界；西南以喀喇昆仑山为界，与西藏的拉达克、博洛尔相邻；西面包括整个帕米尔及希瓦和瓦罕地区，与莫卧儿帝国相邻，与乌兹别克汗国的边界则是阿赖山；北面，以天山山脉为界，与哈萨克、吉利吉思、卫拉特相邻。也就是说，汗国疆域囊括了今天新疆南部的所有地区，以及甘肃和中亚塔吉克斯坦部分土地。
阳光下总有阴影，在形势一片大好的“阿不都.哈林汗时代”，日后会给汗国带来无尽灾难的病根也在慢慢孕育。
作为伊斯兰教苏菲派一支的纳克什班底教派分裂成为势不两立的黑山、白山两派，黑山派进入叶尔羌传教，在贵族和百姓中产生重大影响。
不知什么原因，在阿不都.哈林汗、琐非王子等汗国政要对前来叶尔羌传教的黑山派的和卓，也就是“圣裔”兼教长伊斯哈克很不感冒的时候，阿不都.哈林汗的五弟马黑麻王子却对其极为礼敬，自愿拜其为师，成为黑山派信徒。若只是如此，也不过是在汗室成员中多了一个宗教信徒而已。可偏偏在阿不都.哈林汗在1592年以63岁高龄去世时，他原本指定的继承人四弟琐非王子已经先于他病死。按照长者继位的传统，五弟马黑麻继承汗位。
这样一来，黑山派就成为了可汗的导师，被推崇备至，开始对汗廷施加影响
马黑麻汗继承了父兄留下的丰厚基业，自己也颇有作为。1595年，乌兹别克汗国阿布达拉赫汗率军十万进攻叶尔羌汗国，马黑麻汗率领军民顽强作战，将其击退。乌兹别克军损失四万余人，惨败回国。在这场卫国战争中，黑山派协助可汗进行爱国宣传，号召了大量志愿军，为胜利立下汗马功劳，从此更加为马黑麻汗所倚重。
击退了乌兹别克汗国的入侵后，马黑麻汗偃武修文，“厚待普通人民，压制高利贷者”。在位的十八年中，使国家达到极盛，“商贾如鲫，百货交汇”[20]，如“天堂一样”[21]。
可正是由于他对黑山派的扶持推崇，到他去世时，黑山派的沙迪和卓（此时伊斯哈克已死）已经拥有了众多的信徒和庞大的财产，对整个汗国事无巨细，都有了发言权。
中亚的统治者往往寿命都不长，到60岁便已经很是难得，阿黑麻汗可说是难得的寿星，72岁高龄才离开人世。临终前，他也许会庆幸自己信仰了黑山派，扶助他们，庇护他们，让他们茁壮成长，自己才会在创造辉煌后得享天年。
遗憾的是，如果真有天堂的花园，在那里看到日后叶尔羌汗国的局面，马黑麻汗必定会后悔的捶胸顿足。
从萨亦德汗开始，“圣战”便是历任可汗必定修习的科目，这使得汗国国势在九十六年中蒸蒸日上。马黑麻汗去世后，对外的圣战几乎停止了，并不是汗王们不再对真主虔诚了，而是因为过于虔诚，对真主在人间的代言者都低下了头颅。宗教首领染指政权，可汗、贵族、将军们在教权的阴影下自相残杀，汗国在同室操戈的血泊中，迅速走向了衰落。
（七）和卓乱政
人是合群的动物，脱离了自己的群体便无法生存。但人又是最善于窝里斗的动物，在大群体里，分成各个小群体互相争斗，小群体里分成更小的还是继续争斗。世界是这样，国家是这样，民族是这样，宗教也不能超凡脱俗。
基督教先是分裂成为天主教和东正教，后来又出现了新教，教派之间的战争你死我活。新教所衍生出来的教派更是种类繁多，英国清教、路得宗、长老会等等都在其中。最与世无争的佛教，在佛祖释迦牟尼在世的时候，便出现了提婆达多与佛祖分庭抗礼，创建“头陀行”一派。之后一再结集，一再分裂，未等传出次大陆便已经是宗派林立，传到中国，又有南传、中原、藏传三个分支。中原佛教又出现禅宗、法相宗、净土宗、律宗等，而藏传佛教不但分成格鲁（黄）、萨迦（花）、噶玛（白）、宁玛（红）四大教派，还经常出现“宗教战争”。
基督教和佛教相对而言较为平和，尚不能免除教派之争。战斗性最强的伊斯兰教就更为激烈。先是有什叶、逊尼、哈瓦利吉、穆尔吉埃等派，逊尼派又分出哈乃斐学派、马立克学派、沙斐仪学派、罕百里学派等。随着神秘主义和禁欲主义进入伊斯兰教，又产生了苏菲派，苏菲派又产生出许多小教派，各个教派随着伊斯兰教的传播和阿拉伯帝国的分裂，分布于各个国家。冲突，战争从而此起彼伏。
作为圣战者的国度，叶尔羌汗国也不可避免的陷入其中。
从萨亦德汗时期开始，便信奉苏菲派中的纳克什班底教派，但一直到阿不都.哈林汗时期，宗教总要依附于汗廷，并不能发挥多大作用。纳克什班底教派到第五任教长马哈图木去世后再次出现分裂，长子额敏一派成为白山派，而四子伊斯哈克一派成为黑山派。两派在大本营河中地区争来斗去，都没有什么发展，伊斯哈克另辟蹊径，选择进入叶尔羌。
初来乍到，伊斯哈克便看出未来的马黑麻汗前程远大，便收其为徒，为其出谋划策。待到马黑麻汗正式继位，黑山派在叶尔羌成了最受可汗青睐的教派，受到大力扶持。待到伊斯哈克的儿子沙迪和卓时期，已几乎到了权倾朝野的地步。
马黑麻汗虽然对伊斯哈克自称“最劣等的奴隶”，愿意把“头颅作为贡献礼物献给”他[22]。但在在位的时候，仍能牢牢掌握汗权，宗教只能帮忙，不能添乱。可到他去世后，教权就成了脱缰野马，没人制得住了。
1610年，马黑麻汗去世。按照传统，应该是长者继位，众多贵族中，马黑麻汗的幼弟，吐鲁番总督阿杜剌因王子，以及他的侄子，和田总督沙.海达尔王子年纪最长，是合法的继承人。可黑山派和卓沙迪联络众多朝中重臣，违背传统，拥立喀什噶尔总督，马黑麻汗长子阿黑麻继承汗位。
规矩的好处，就在于都按着规矩来便会平安无事。而一旦有人破坏了规矩，就会人人效仿。你可以破坏规矩，谁不可以？
阿黑麻汗刚刚继位，他的表弟，东部重镇察力失的总督哈斯木王子便起兵反叛，并邀请卫拉特人支援。紧接着，有汗位继承资格的吐鲁番总督阿杜剌因王子也竖起反旗。汗国东部一片混乱。
所幸阿黑麻汗有一个骁勇善战的儿子帖木儿王子，率军东征击败叛军，收复察力失、库城等地。但没能彻底消灭叛军，阿杜剌因王子从此不再受中央控制，自行称汗实行割据。而卫拉特人，这个日后汗国的噩梦，开始频频出现。
帖木儿王子在东征胜利后，自恃有功，荒淫暴虐，1615年因意外而死。长子的死不但是阿黑麻汗失去了继承人和重要战将，更使得喀什噶尔局势动荡，堂弟沙拉夫.丁王子叛乱，阿黑麻汗迅速将其镇压。派自己的少子拉提甫王子为总督，并让所有贵族派自己的儿子前去辅佐，以此来确定自己的继承人避免再起争端。
可事与愿违，他的侄子兼女婿亦斯干答儿又接着反叛，旋即失败。这使得阿黑麻汗再也不信任自己的同宗，不但已经反叛的或杀或流，一些并没有表现反迹的也遭到流放。萨伊德汗的子孙们枝叶凋零，汗廷宗族势力大衰，而重臣沙家族乘势占据了权力真空，得以指掌大权。
补了东墙西墙漏，阿黑麻汗又不得不提拔一些身份较低的人担任重要官职对沙家族加以遏制，结果却引来杀身大祸。
1619年，不甘心大权旁落的沙家族开始暗中组织刺杀可汗的队伍。但出于对可汗的忠诚，沙家族的一个成员法尔比赫将这一阴谋告知了阿黑麻汗，但可汗认为自己有大恩惠于沙家族，如果他们要反叛，“至高的真主就是目睹者和见证人”，没有丝毫的防范。
麻痹大意终于酿成恶果。
在一次在游猎时，阿黑麻汗的驻地被沙家族派兵偷袭包围，可汗身边只有少量护卫，无法抵抗，只能保护着可汗退到冰窖里。沙家族的人四处搜索，叫嚷着要杀死所有被他们发现的人。