一名路透社的记者于14日来到武昌，他“发现到处都是满人尸体”，他估计有八百人被杀。一名军政府的代表则在巡视武昌后估计有四五百名旗人在起义后的前三天被杀，由于担心传染疾病，受害者的尸体都被掩埋了。革命者曹亚伯则声称，有四百名“旗人士兵”被杀，另有三百名被关押在监狱，大约一百名在1912年春天被释放，但令人哭笑不得的是，其中有七名旗兵因为过早的释放而在回荆州的途中被杀害。美国历史学家周锡瑞认为，对武昌的旗人来说，“那差不多就是屠杀”。
如果旗兵被杀是因为他们具有潜在危险的话，那么杀害妇孺似乎是完全没有必要的。在路康乐的《满与汉》一书中，有这样一段记载：“一个将要被杀害的旗人妇女可怜的哀求：‘我们是无罪的，我们也憎恨我们的祖先，因为他们虐待汉人’，另一位老夫人哀求：‘杀死我们这些没用的妇女和孩子，你们能得到什么呢？为什么不释放我们以显示你们的宽宏大量呢？’士兵们虽然有所触动，但不敢回应，还是将她们杀死了。”
在这场风暴中，旗人妇女的境遇十分糟糕，因为她们的头发、服饰和汉人女子有较大的差别。更要命的是，即使这些可以改扮，但她们有一个致命的缺陷，那就是旗人女子不缠足，她们原本引以为为自豪的天足，这时却成了危险的来源。
相比而言，武昌起义中被杀的旗人并不算多，最严重的是陕西西安。西安的旗人大概有2万多人，城墙很高，防御坚固。1910年，美国社会学家E.A.罗斯到陕西游历访问时，他对当时的满城和旗人颇不以为然:“在西安，如今的八旗子弟居住区城墙东倒西歪，空气沉闷，到处是杂乱和腐烂的景象。在一个军事演习的大场地，清朝高级军事官员正在一旁检阅边奔跑边打靶的骑兵。那些懒洋洋的享有特权的八旗子弟虽然曾在军队里受过所谓的训练，但毕竟缺乏坚强的意志和战斗力，行军二十英里他们就会垮下来”。
在革命军攻打了一天一夜后，西安满城终于被攻破，革命士兵如潮水般的从南面和西面涌入，并将城内的所有居民视为敌人加以攻击（或者说杀戮），据一位名叫J.C.凯特的英国传教士事后的调查，“无论长幼，男女，甚至小孩子，都同样被杀……房子被烧光抢光，那些希望躲过这场风暴的人最终也被迫暴露。革命军在一堵矮墙后，放了一把无情的大火，把鞑靼城焚烧殆尽。那些试图逃出来进入汉城的人，一出现在大门，就被砍倒在地。两名新军的年轻军官后来回顾时承认：‘没有必要杀死这么多旗人士兵及其家属。’”
杀戮极其残酷而且彻底。据凯特的记录：“当满人发现抵抗徒劳无益，他们在大多数情况下都跪在地上，放下手中的武器，请求革命军放他们一条生路。当他们跪下时，他们就被射死了。有时，整整一排都被射杀。在一个门口，十到二十人的一排旗人就这样被无情的杀死了。”
三天后，革命军下令停止屠杀，据凯特的估计，旗人死亡的人数“不下万人，他们为了避免更悲惨的命运，要么被杀死，要么自杀”，换句话说，至少有一半的旗人被杀。整个满城也被抢劫一空，而存活下来的人，有钱人被敲诈，小女孩被绑到富人家做婢女，年轻的妇女则被迫成为穷苦汉人士兵的妻子，其他的人都被驱逐出西安。
传教士李提摩太在《亲历晚清四十五年》中说，“1911年10月22日，陕西省首府西安爆发了可怕的流血事件，一万五千名满族人（有男人、女人还有孩子）都被屠杀”。在事后的回忆中，陕西革命士兵党自新也不无隐晦的承认，攻破西安满城后，各战斗队伍分成若干小队在城内逐巷逐院的进行搜索战，在此其间，一些士兵和领队官杀死了一些不必要杀死的旗兵和家属（这段话可与前面凯特所说的相呼应）。
李约翰在《清帝逊位与列强》一书中引用英国外交文件称，西安为革命党所占据，男女老少约有一二万人的驻防旗营（满蒙八旗）实际上被全部消灭，8名外国侨民也在混乱中被杀（这些文件为英国驻华公使朱尔典根据当地传教士的报告后发给外相格雷爵士的电报）。李约翰是知名传教士李佳白之子，也是庚子年使馆之围中年龄最小的外国避难者，当年中外间的血腥杀戮想必给他留下了深刻的印象。
革命中的滥杀，在很大程度上是与事的江湖会党所造成的。据陕西革命党人张奚若的回忆，革命后的西安完全被哥老会所控制，就算是革命党出城也须经会党首领同意。领导陕西革命的分别为会首张云山及同盟会张风翙，张云山混迹兵营多年，后在陕西新军中开香堂，吸收上千名新军士兵，势力很大。但是，会党是一群骚动不安而极其凶险的乌合之众，由其充当主力（哪怕是会党士兵）的革命难免出现各种混乱，其中也不免失控性的杀戮。
与其他各省革命不同的是，陕西革命因为会党色彩浓厚，他们不但攻击旗人，而且攻击洋人。23日晚，当地哥老会攻击并烧毁了位于西安南郊的北美瑞挪会学校，2名外国传教士和6名外国学生被杀，史称“南关教案”。受此影响，其他教会也遭到攻击，一些传教士被打伤，教会学堂被烧毁。正因为如此，各国公使加强了对西安事件的关注，如英国驻华公使朱尔典收集了一些传教士的报告并给了外长格雷爵士，其中包括这样几封电报：“传教士肖乐克先生11月11日的来信，该信说，……西安府的满洲人几乎已被歼灭净尽”；“至于西安府的情况，曼勒斯先生证实了我们已经收到的关于在头两三天内屠杀满洲人的报道。他估计普通的满洲居民有两万人，并确证了肖乐克先生所说的大约一万人被杀一事”；“盖士利主教来函中的一份中文附件说：西安的……满城遭到攻击，所有的满洲人除了六名在四川陆军部队服役者外，几乎统统被屠杀。”
革命中的西安无疑发生了一场大悲剧。这是一场类似于太平天国期间发生在南京和杭州的悲剧，毫无疑问，这是一种带有种族屠杀性质的屠城行为。一周以后，与陕西毗邻的山西太原也发生了类似的悲剧，不过太原满城的规模比西安要小很多，那里只有644名旗兵及数千名旗人。在10月29日的革命中，太原满城遭到了革命军的大炮轰击，旗兵并没有组织抵抗，但当地“满城被屠甚为惨烈”，“当乱起之时，该满城地居城之东北隅，并未得有消息。迨闻炮声，始知事变，遂始逃奔。迨奔至营门，已被围住。是时炮弹如雨，营内房舍尽毁，全城无一逃生者”。“无一逃生”的说法当然略显夸张，但满人伤亡严重、满城被焚毁却是事实。