尽管旗兵们在武昌起义中没有抵抗，但他们中的大多数人都被杀害了。武昌城里，四大满姓家族（扎、包、铁、布）均被杀害，八旗会馆也被完全摧毁。第二天的早上，当十八星旗飘扬在原总督衙门时，旗人们的尸体也堆满了邻近的街道。
让无辜者有辜：被刻意掩蔽的辛亥屠戮现象
作者：金满楼
辛亥革命是一场由民族主义激发而来的革命，而民族主义又极容易发展成种族的仇杀主义，这种倾向在武昌起义的一开始就表现得十分明显。参与起事的革命士兵吕中秋回忆说，最先发难的工程营在起事之前公议“禁令十条”，其中即有“勾结满人者斩”、“私藏旗人者斩”两条。起义爆发后，测绘学堂的革命学生试图杀死他们的旗籍同学松景，后被人所阻止，而阻止的原因竟然是怕血腥杀戮会吓走学生，令其不敢出去革命。据第三十标的革命士兵鲁祖轸回忆，当时他们所在标（标相当于团）的各棚都有一两名旗籍清兵，革命前已分配同志负责解决，起义时他和另一位革命士兵刘秉钧负责结果一名叫双璧的旗兵，但当他紧跟在双璧的后面，待机动手时，“我棚正目陈佐黄见我迟慢，即高举枪托猛击双璧头顶，原期结果性命，不料枪托稍偏左，双璧顺势滚下楼梯，一溜烟向第一营旗兵营跑去”。
武昌原本不是八旗驻防地，但随着清末新政的铺开，一些旗人（主要是荆州八旗）因为各种原因而移居到这个省会城市。从1904年起，在湖广总督及荆州将军的安排下，荆州旗兵被轮派到湖北新军中受训（十名中有一名是旗兵），这些旗兵主要集中在第八镇第三十步兵标（团），其中第一营中的两个队（每营共四队，每队大概150人）和第二、三营的各一个队，大概一个营的兵力为旗兵构成，他们的统领也是旗人。第三十一标也有一个队的旗兵，另外大概还有四分之一（大概250人）的旗兵分布在其他部队或军事学堂。尽管这些人在当晚的起义中没有抵抗（或来不及抵抗），但他们中的大多数人都被杀害了。武昌城里，四大满姓家族（扎、包、铁、布）均被杀害，八旗会馆也被完全摧毁。第二天的早上，当十八星旗飘扬在原总督衙门时，旗人们的尸体也堆满了邻近的街道。
据武昌起义者的回忆，“革命党人只要是捉到旗兵，不是就地杀掉，就是送到革命政府枪毙，很少幸存下来的。有的旗兵被捉后，至死不讲话。越是不讲话反而越是证明是旗兵。直到首义成功三天之后，军政府下了命令，捕杀才停止”；“首义后两天，还有不少的旗兵四处窜扰，间或也有少数人趁火打劫，同学萧杰臣、刘邦钦、傅人俊、王兆鸿等，联合部队在长街刘天保对面某住宅内，拿获枪械齐全的旗兵十余人，当即枪决。江学行、李春山等亦随蔡等出营，沿途消灭旗籍兵士甚多”。共进会员郭寄生说，“我以曾在街上亲见便衣数人，手持雪亮大刀追杀旗籍妇孺事情，力言革命宗旨主要在推翻清廷政权，挽救危亡，若任意杀戮，甚至妇孺不免。此则暴徒行为，不但为国际上所反对，且必定惹起种族仇恨。”
勒庞在《乌合之众》中说，“群众不善推理，却急于采取行动。……那些教条，具有不容讨论的专横武断的力量”。起义后，省咨议局遭不明射击，革命士兵查抄了附近的宝瑛公馆（宝瑛为荆州驻防旗人，日本士官学校毕业，曾做过湖北新军的标统，后调任陆军小学总办），当时公馆中只有宝瑛妹妹一人，后被杀死并拖到阅马场陈尸示众，为反抗革命者戒。此事在革命党人蔡寄鸥的回忆中记载甚详，实则宝瑛及其妹何尝反抗过革命。
谘议局的被袭引发了对武昌幸存旗人的大清洗，革命军在大街上任意拦下行人并盘查他们是否满人，据革命党人李廉方的记载，“那些头后部扁平的人都被要求读666（六百六十六），如果他们读niu而不是读liu，那么他们就会被杀头。”
但据革命士兵万业才所说，“在当时，革命党人并不懂得‘优待俘虏’、‘缴枪不杀’的政策，在捉到旗兵大多处死。有的旗兵被捉后不讲话，有的学‘湖北腔’应付盘查。革命党人想出一个办法，出入城门者，都要念‘六百六十六’后方能出进。‘六百六十六’湖北语音为“loubelousilou”,不是武汉土生土长的人，是不容易学的一模一样的”。以发音判断是否旗人的方法未必是最科学的，因为它会使得那些发音并不是那么标准的人（特别是在直隶一带呆的时间比较长的人）遭受莫名的危险；再者，荆州旗兵也不讲满语而说的是荆州土话，但凡来自荆州一带的人，其危险程度就越高。
万业才亲身参与了起义当晚搜索旗兵的行动，“午夜过后，我们听见有一处芦苇沙沙作响。我们大声喝叫：‘哪一个？快出来！’毫无反应。我们又喊：‘再不出来开枪了！’接着对准草动处开了一枪。果然草丛里爬出两个人来，遍体污泥、浑身颤抖。我们问他：‘做什么的？为么事黑夜躲在这里？’一个不开腔，另一个吓得结结巴巴，好一会儿说不成一句话来。从语音上判别，显然是个旗兵。原来三十标的旗兵多半是从东北三省中的满族内征调而来，语音很容易辨别。天亮之后，将此二人送到军政府处决了”。
毋庸讳言，革命总是伴随着血腥、杀戮与混乱的，即便是号称“和平的、代价很小”的辛亥革命，其在革命的进行过程中，同样存在着一些并不是那么值得颂扬的东西。武昌起义的领导者之一熊秉坤曾回忆说，12日的反满暴力达到了顶峰，那天的杀戮是如此的骇人听闻，以至于一百多名绅商联合起来，一致要求湖北军政府阻止其士兵进入民宅搜索旗人，但军政府却以军事需要为借口而拒绝了，直到汉口的11名外国领事出面干涉后，军政府才于13日下令停止这种杀戮。尽管他们心里并不愿意，但出于外交上的考虑，列强在这场革命中保持中立是非常重要的。