1912年，江浙联军攻下南京后，宋教仁被北一辉气得满脸通红：“老兄你也学日本浪人的那一套吗？你的大元帅主张误了事，黄兴的优柔寡断又误了事，孙中山的空想再来误事的话，革命将怎么办呢？黄兴食言不来也无所谓，我有兵力，决不允许孙派的人踏进城门一步！”
宋教仁为何与孙中山过不去？
作者：金满楼
1905年初，宋教仁到日本不久，即与革命同志在东京创办《二十世纪之支那》，他在担任经理人的同时也承担了主要的写作任务。杂志在草创时期遇到很多的困扰，如经费问题、人员退出等，但宋教仁仍旧极力维持并出版了两期。正当杂志难以为继之时，一位神秘的日本友人找到宋教仁，他就是跟随孙中山多年的宫崎滔天（本名宫崎寅藏）。
宫崎滔天早在十九世纪末就开始关心并参与中国革命，在他的撮合下，几个流亡在日的革命小团体如华兴会、光复会和兴中会等于1905年7月30日在东京赤坂区桧町三号黑龙会本部（内田良平宅）召开同盟会筹备会议，其中包括孙中山、黄兴、宋教仁、陈天华、刘道一、时功玖、曹亚伯、蒋作宾、刘一清、冯自由、汪兆铭、古应芬、胡毅生、何天炯、马君武、 邓家彦、程家柽、王天培、蒋尊簋、康保忠、王孝缜、张继等10省代表，加上宫崎滔天、内田良平与末永节三位“日本志士”，到会人数合计79 人，革命阵容可谓强悍。
同盟会虽然成立了，但有一件事对宋教仁刺激颇大，一是他辛苦创立的《二十世纪之支那》被日本地方警局强制停刊，经多方斡旋仍得不到解决，最后只好将杂志改名为《民报》，并作为同盟会的机关报发行。日方之所以将《二十世纪之支那》杂志强制停刊，表面上是因为没有合法手续，实则是宋教仁编写的文章揭露了日本对中国的野心。
总体上来说，宋教仁对日本似乎没有什么好感，他在甲午战争期间曾写诗：“要当慷慨煮黄海，手挽倭头入汉关”，到日本时正值日俄战争爆发，宋教仁也一直关注着这场战争的进程，但他并不是关心日本的胜负而是担忧中国的命运。从本质上说，宋教仁是一个“不爱朝廷的爱国者”，他在《二十世纪之支那》的发刊词中明确指出，“吾人之主义，可大书而特书，曰‘爱国主义’”。在宋教仁看来，清廷是国家强大的最大障碍，因而他在杂志中不用清朝纪年而使用黄帝纪年，以示对立。
据经常在同盟会本部（即《民报》社）碰面的邓家彦回忆，宋教仁“颇具才识，亦通辞令，喜做高谈阔论，因间岛问题而崭露头角，彼在东京主张对于‘间岛问题’应如何如何处理，因此颇为引动彼邦朝野人士之注意”。 老同盟会员杨熙绩也曾说，孙中山善于演讲，黄兴是个实干家，而宋教仁深沉稳健，又通达计谋，是智囊。孙、黄、宋是同盟会的主要领导，但三人个性的差异也曾惹出风波。
1907年2月，孙中山与黄兴因采取何种旗帜而发生了激烈争执，孙主张沿用当年兴中会的青天白日旗，以纪念那些牺牲的革命党人；而黄兴则主张用华兴会的井字旗，并认为青天白日旗有效仿日本国旗之嫌疑，应予毁弃。孙中山听后勃然大怒，说：“我当年在南洋闹革命的时候，几万人托命于此旗下，你要想毁弃的话，就先把我给毁弃了先！”黄兴当时也被激怒得跳了起来，当场发誓要“脱同盟会籍”。
表面上看，这仅仅是会旗之争，但其背后隐藏的实际上是同盟会的领导权之争。作为原华兴会主要成员的宋教仁一向站在黄兴的一边，他在当天的日记中认为，黄兴不快的原因，“其远者当另有一种不可推测之恶感情渐积于心，以致借是而发，实则此犹小问题。盖孙文素日不能开诚布公，虚怀坦诚以待人，做事近乎专横跋扈，有令人难堪处故也。今既如是，则两者感情万难调和，且无益也，遂不劝止之。又思同盟会自成立以来，会员多疑心疑德，余久厌之。今又如是，则将来之不能有所为，或亦意中事。不如另外早自为计，以免‘烧炭党人’之讥。遂决明日即向逸仙辞职，庆午（即黄兴）事亦听之。十时回。夜。大风。”
据宋教仁的记载，他在得知了孙、黄争执后感到心灰意冷，他在《民报》社向黄兴提出辞去同盟会职务及《民报》职务，黄兴开始不应，过了一会，突然也提出要退会，当时《民报》的诸革命党人俱在。第二天，宋教仁果然如日记中说的那样向孙中山当面辞职并转交文件，孙文一直挽留，宫崎滔天也仍旧想撮合他们关系，但此时宋的去意已决。
眼看事情越闹越大，黄兴为了大局，只好自己退让一步，他事后向胡汉民写信表示愿意服从孙中山的决定。尽管如此，他本人仍旧“意颇怏怏”。“争旗”事件对同盟会的发展影响颇大，黄兴这一退，以后便一直以大局为服从，但宋教仁等人就未免与孙中山及他的广东人马心存芥蒂了（所谓“烧炭党人”，即太平军“粤匪”之讥也）。
宋教仁与孙中山的龉龃由来已久。在日本外务省政务局跟踪宋教仁的秘密档案中，就保存有宋教仁对孙中山的一些印象不佳的看法，如1908年11月23日，宋教仁曾说：“像孙逸仙那样的野心家做领导人，中国革命要达目的，无论如何也是不可能的”；1910年12月，宋教仁与日本朋友串户真左树的谈话中说：“孙逸仙已是落后于时代的人物，不足以指导革命运动。”
1910年12月，宋教仁结束了近六年的流亡生涯返回上海，在于右任的邀请下，他担任了《民立报》的主笔并写下了大量的革命评论。次年3月，宋教仁赶赴香港，参与筹备同盟会的广州起义，但由于指挥上的混乱与仓促，当宋教仁、何天炯、陈其美这路人马在4月27日凌晨抵达广州城时，只见城门紧闭，起义已然失败。宋教仁等人无奈之下，只好再经香港返回上海。
黄花岗起义的失败对同盟会构成了沉重的打击，其不仅损失了数十名宝贵的精英分子，而且革命士气几近于摧毁。事后，革命党内部弥漫着一种绝望的气氛，如起义的指挥者之一赵声不久后即郁郁而终，而一向稳重的黄兴也不顾自己被炸断两根手指而执意要去行刺李准——当时的广东水师提督，镇压起义的罪魁祸首。自始即不赞成暗杀活动的胡汉民，这次居然也表示赞成。