第二路军是由江西进入湖南东部的，在向南挺进的过程中，由于进军太速，结果把刘建藩部湘军撤退的后路给断了。所谓“哀兵莫追”，北洋第二路军的急躁行动反激发了湘军的拼死一战的斗志，而刚得到喘息的桂军马济部也为了防止北洋军继续追击而突然掉头，配合刘建藩部打一个反击战。
4月26日，南北军在湖南新市一带发生激战，但蹊跷的是，人数占优的北洋军却并没有传说中的那般神勇，主攻部队山东第1师甫一接战，便如潮水般纷纷后撤，师长施从滨差点就溺水而亡，而其他部队如张宗昌的江苏第6混成旅、安武军等见势不妙，也几乎是溃不成军，一直从醴陵、攸县撤到了长沙。第二路军总司令张怀芝见自己的部队被打得丢盔弃甲，急忙从长沙跑回了汉口。
北军失败的原因，一是因为过于冒进，急于贪功；二是北军初到南方，对当地的地理形势、饮食习惯等毫不熟悉，一时间也适应不过来。譬如攸县，这里是典型的丘陵地带，到处是沟渠水塘、羊肠小径，又多有小山小丘，松林茂密、茅竹丛生，而北洋军通常是在宽阔平坦的北方大地上训练演习，来到这烟雾弥漫、地形错综复杂的南方后，不免昏头昏脑、难辨方向。加上当时又是梅雨季节，天气闷热不堪，而道路又泥泞不堪，这些因素对北洋军都大大的不利。
湘军刘建藩部在追过株洲后，仍旧孤军深入，继续向长沙前进。由于湖南新任督军张敬尧的第7师在占领长沙后并没有南下，这时便正好将湘军截住，双方对峙了数日。为了减轻自己的压力，张敬尧让张宗昌收集自己的旧部并加以重新武装，借以反攻湘军。
在大败之后，张宗昌正担心自己部队的番号被取消，于是这次决心冒死一攻，以求将功赎罪。后来，张宗昌亲率敢死队1200人，直插湘军中央阵地，并四面冲击，湘军一时猝不及防，结果全线混乱，主将刘建藩也在慌乱当中溺水而亡（也有说是因要对部下军法从事而反被部下刺死的）。
《北洋年代》连载149
在这次湘东反击战结束后，南北方的形势才初步稳定下来。正当段祺瑞眼巴巴的盼着北洋军继续南下的时候，前军总指挥曹锟却突然带着他的司令部于5月29日返回了天津。原来，在得知徐树铮引奉军入关后，曹锟十分不满，他认为自己在前方为北洋系拼杀，而某些人却在自己的背后插刀子，侵占自己的“势力范围”，这是他无法容忍的。
6月9日，败军之将、第二路军总司令张怀芝也灰溜溜的回了自己的老巢济南，不再好意思提南征之事了。由此，段祺瑞的“武力统一”政策再次夭折。
6月11日，曹锟在天津召开会议，讨论对南作战问题。徐树铮作为段祺瑞的代表赶赴天津，试图扭转对段祺瑞不利的政策。就在会议期间，却发生了一件令人震惊的事情，这就是前陕西督军陆建章被害一事。
与段祺瑞等人一样，陆建章也是小站旧人，而且一直是袁世凯的心腹亲信。清廷覆灭后，陆建章担任了右路备补军统领（后改为警卫军）和北京军政执法处处长，对异己分子向来就是毫不手软（譬如武汉首义的张振武便死于其手），因其杀人如麻，人送绰号“陆屠夫”。在民国初年的白狼之乱中，陆建章被授为陆军第7师师长，在率兵进入陕西剿匪后担任了督军一职，帮袁世凯稳固了陕西的地盘。
袁世凯称帝失败后，陆建章被原陕南镇守使陈树藩排挤，给撵出了陕西地盘。失势后的陆建章后来便投靠了冯国璋，并暗中为冯服务，奔走赣、鄂，为和议出力。本次他来天津，正是为了说和而来。徐树铮对陆建章的幕后行动早有所知，心里恨得只牙痒痒，于是在6月14日约请他到奉军司令部（小徐此时正和张作霖打得火热，被委为关内奉军副司令）一谈。陆建章也知道小徐不怀好意，但想自己也是段祺瑞的同辈中人，去了又有何妨。
进得营内后，徐树铮开始还好言招待，大家言笑如初。等酒席吃到一半，徐树铮突然对陆建章说：“后面有个花园，里面景色极佳，我想请你进去游玩一番，顺便谈点私事”。陆建章不知其中有诈，便欣然入内。不料两人进去后，徐树铮立刻翻脸厉声喝斥道：“你知罪否？”陆建章大惊失色，说：“我有何罪？”徐树铮骂道：“你为南方做走狗，成天里东奔西走，妄谈和议，破坏段总理的统一政策，你还敢说自己无罪？”
陆建章冷笑道：“主和之人，又不止我一个，难道都要归罪于我？”徐树铮变脸道：“哼，今天恐怕容不得你说什么了！”说罢，徐树铮手一挥，令左右将陆建章绑上，陆建章见势不妙，慌忙改口愿为段总理效力，但小徐完全置诸不理，掏出手枪亲自把昔日威风凛凛的陆将军给枪毙了。
小徐妄逞辣手、擅毙陆建章，此举真可谓是石破天惊、胆大包天。消息传出，海内震惊，就连段祺瑞得知消息后，都惊得半天没说话，随后便令人给陆建章的遗属送去五千大洋，以示慰问。冯国璋还是在接到要将陆建章勋章撸去的命令时才知道此事，但人都死了，还要勋章干什么？不过是徐树铮非要给陆建章一个“煽惑”之罪，以示名正言顺罢了。
据说，冯国璋开始不肯给这道命令盖印，并愤愤的对手下人说：“你看看，这有多么荒唐！徐树铮这么胡闹，难道芝泉就一点都不管么？”最后，冯国璋又生了一会闷气，但事已如此，也只好把印一推，了结了这段公案。
陆建章虽然被杀了，但后事还没有完。陆建章在做右路备补军统领的时候，原第20镇营官冯玉祥因“革命嫌疑”而被解送原籍，这时正好被老长官陆建章知道，于是对冯施以援手，并让他留在左路备补军中继续担任营管带，这才有了后来的第16混成旅。1918年2月，受命征伐南军的冯玉祥部开到皖鄂赣交界的武穴时，突然宣布主和，便是陆建章的主意。陆建章被杀后，冯玉祥气愤难平，从此对段派阳奉阴违，不再服从。至于小徐，最后也是冤冤相报，这是后话，先搁下不提。
为了挽回人心，段祺瑞委派曹锟为四处、广东、湖南、江西四省经略使，张怀芝为援粤（当时广东的龙济光部被粤军、桂军围攻）总司令，吴佩孚为副司令，试图让他们再度南下，继续对南方作战。但是，前线部队大都为直系，加上徐树铮擅毙陆建章之事的影响恶劣，这些人大多不愿意再为段祺瑞卖命了。
6月15日，湖南前线的南北双方达成停战协议，而主将吴佩孚不断的发出停战议和通电，并以缺饷等借口拒绝继续作战。段祺瑞虽然百折不挠，但对于这些直系部队，他也是“心有余而力不足”，只能干着急的份……没有自己的嫡系部队，事情不好办哪！
在“武力统一”暂告一段落后，又有一件棘手的事情来了，那就是冯国璋当时是代理大总统，代理期限为一年，从1917年8月算起的话，时间将满，必须要在法统上进行重新选举，以确定新的大总统。
但是，局势这么困难，这新的大总统该怎么选……又会是谁呢？
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