曹操得势后，孔融老毛病不改，又跟曹操作对，官渡之战，前方本就吃紧，孔融还在后方大唱反调蛊惑人心，搞得曹操十分不快，要不是忙于打仗，曹操的刀早就架到孔融脖子上了。
曹军攻进邺城，曹操的儿子曹丕看上了倾国之色的袁熙之妻甄氏，便顺手收编了。孔融得知后为挖苦曹操，特意给曹操写了一封信，说当年武王伐纣得胜之后把妲己赐给周公。曹操开始还没明白孔融的意思，居然认真地去翻书查看，原来奸雄曹操也有很傻很天真的时候，结果自然是查不到。带着疑惑曹操就问孔融是从哪本书上看到的。孔融的答复让曹操怒火万丈，从今天的事联想到古人大概也是如此吧。曹操知道上了孔融的当，对孔融怀恨在心。
这以后，孔融依旧不改，还是我行我素，当时连年打仗，粮食紧张，为了节约粮食，曹操下令禁止酿酒，孔融就跳出来反对，上书争辩，虽说孔融的反对并不能阻挡曹操的法令，但也让曹操恶心了好一阵，曹操授意部下山阳高平人郗虑搜集材料弹劾孔融，并以此免去孔融少府之职。
曹操之所以让郗虑出面也是有原因的，第一郗虑是自己人，这种事必须让亲信干，第二郗虑与孔融一样也是名士，有学问，郗虑是名儒郑玄的学生，与王朗、华歆齐名，而且，郗虑与孔融素来不和，文人相轻，这两位向来看对方不顺眼，早就有矛盾，曹操让郗虑弹劾孔融，郗虑自然愿意。
孔融被免官后，无官一身轻，每天在家呼朋引类，举行家庭宴会文化沙龙，好不自在。他时常对人说：“坐上客恒满，樽中酒不空，吾无忧矣。”孔融与蔡邕相交深厚，蔡邕死去多年，孔融对故友依旧念念不忘，有一位虎贲士兵长得跟蔡邕很像，孔融怀念故友，每次喝酒都把这位请来作陪。孔融与朝野的名士们每天谈经论道，日子过得比从前还滋润。
曹操听说后，气不打一出来，想起孔融往日的“种种劣迹”顿起杀心。这次，收拾孔融的任务曹操又交给了郗虑。郗虑心领神会，对孔融搞死是不够的，搞臭是必须的。考虑到孔融在社会上的影响，郗虑在给孔融定罪名时着实费了一番心思。
汉代推崇以孝治天下，郗虑想如果能定孔融一个不孝的罪名，那就不仅仅能在肉体上解决孔融，也能彻底让名士孔融声名狼藉。郗虑搜集到孔融当年跟祢衡的一番对话，祢衡是个狂妄无知的家伙，经常语出惊人，且为人孤傲，谁都看不上，谁也瞧不起，就跟孔融对眼。
一天，祢衡跟孔融天马行空地聊天，又冒出一句混话，祢衡说父子之间哪有什么亲情，不过是情欲的产物，母子也一样，好比是寄存在瓦罐中的东西，一旦离开就没关系了。这在当时绝对算得上第一流的禽兽言论。
本来这话是祢衡说的，但此时祢衡已死去多年，郗虑翻旧账也不是为了跟死人较劲，而是想找活人孔融的麻烦。于是就把这话安到了孔融身上。
孔融跟祢衡曾经互相吹捧，祢衡说孔融是仲尼不死，孔融夸祢衡是颜回复生。这在当时也是大逆不道的反动言论，竟然敢自比至圣先师，这还了得。这些材料被郗虑收集并加以整理，写成材料，这就是孔融的罪状。
考虑到自己此前已经弹劾过孔融，而且自己跟孔融不和也是人所共知的事实，不好亲自出面，于是郗虑找到了曹操的另一个亲信部下笔杆子丞相祭酒路粹，让他出面弹劾孔融。
路粹（？－214年），字文蔚，兖州陈留（今河南开封东南）人。路粹是著名学者蔡邕的学生，建安初年因才学出众被提升为尚书郎，后被曹操看中成为后者的御用文人，与著名的建安七子陈琳、阮瑀一起为曹操掌管文书。
文人相轻，自古而然。曹丕的总结却有道理，路粹与同为建安七子之一的孔融素来不和，路粹虽不是建安七子但此人文笔极好，特别善写公文，不然曹操不会选他给自己点校秘书。郗虑没看错人，路粹做这种事轻车路熟，很快一份足以让孔融身败名裂的奏章便写成。
这时，大汉王朝的皇帝虽然姓刘，但掌权的却姓曹，曹操大权在握，他想杀谁只需一句话，只是孔融名气甚大，不能轻易杀戮，落得一个害贤之名。正因为在对待孔融的问题上，曹操始终犹豫，所以才拖到今天，如今罪名有了，至于审批，那只是程序而已，曹操很愉快地批准了对孔融的死刑判决。
但曹操不想担负害贤的恶名，特意指示郗虑、路粹等人，待自己远征之后再上报执行。
建安十三年八月，曹操出征一个月后，孔融被下狱处死。孔融的两个孩子，一个九岁男孩，还有一个七岁女孩，不久也被斩首示众。曹操故意在处斩孔融之前走人，意思让大家知道，这事跟我无关，虽然谁都知道幕后主使就是这位曹丞相，但又能如何。这就是曹操，有仇必报。
曹操对与自己作对的名人文士，向来不会亲自动手，总是借刀杀人。对孔融如此，对孔融的好友祢衡也是同样的待遇。相比孔融，祢衡对曹操的挖苦讥讽更为露骨，也因为如此，祢衡死的更早。
击鼓骂曹—狂生祢衡
三国时代牛人猛人层出不穷，可谓群星璀璨，人才济济的三国不光出人才也出怪胎，祢衡就是三国中的奇人怪胎，其经历颇具传奇色彩。
祢衡性格古怪孤僻，恃才傲物，纵观他短暂的一生，其中不乏喜剧成分，但最终却是以悲剧收场，性格决定命运，祢衡的悲剧很大程度上就源于他那种不合时宜的性格，以他的为人生在哪个时代也免不了遭受贬斥。
祢衡，（173—198年）字正平，青州平原郡般（今山东临邑）人。
祢衡自幼聪颖好学，过目成诵，是远近闻名的神童。成年后的祢衡博学多识，才华横溢。祢衡有才但并非经世之才，其所擅长的也不过诗词歌赋。但祢衡自以为才能出众，有经邦济世之才，因而目空一切，而这也正是造成他悲剧的根源，他这辈子到死都没弄明白自己的定位。
董卓之乱，接着又是李傕、郭汜的叛乱，中原烽火连绵，祢衡为躲避战乱也随着当时南下的人流到荆州避难。曹操在许县重建朝廷之后，征召天下名流士大夫入朝，一时之间，许县冠盖云集，四方学者纷至沓来，作为帝国临时首都的许县因而学者云集人才济济。
曹操对各方远道而来投奔自己的士大夫，也敞开怀抱，委以官职。饱尝离乱之苦的士大夫们终于可以安定下来谈诗论道，对目前的幸福生活十分满意。许多流离失所的士大夫在曹操的朝廷里找到了位置。建安初年，自以为满腹才华自恃甚高的祢衡也来到许县谋求发展。
二十四岁的祢衡初来乍到，也写了一份名帖（相当于今天大学生找工作用的简历），到处投递，但令祢衡失望的是，尽管他到处拜访投贴，却几乎没人理睬他。这让自认为身负经天纬地之才的祢衡很委屈更觉得憋屈，四处碰壁后的祢衡每天无所事事东游西荡，更令他气恼的是，在他看来才能平平的人，大都有了职位，只有他还是孤魂野鬼没人收留。时间一长，祢衡的性格变得越来越暴躁，他那孤僻冷傲的性情也愈发严重，平时看谁都不顺眼，大家见了他都躲着走。