马怀素要求武曌让柴明这个人出来对质。武曌说：“我又不认识这个柴明，你只用依据告发信调查就行了，还用得着询问告发人？”马怀素调查后，向武曌复命称八人谋反的证据不足。武曌大怒，说道：“你难道要放纵谋反之人吗？”马怀素回答：“臣不敢放纵。魏元忠以宰相的身份而被贬到地方，崔贞慎等人出于亲朋好友而去相送，如果污蔑他们谋反，臣实在不敢这么做。昔日，汉高祖诛杀彭越后，作为彭越旧属的栾布还在他的人头下面复命，汉高祖并不认为栾布犯了罪，也没有予以追究，何况魏元忠的刑罚并没有彭越的重，而陛下却打算杀死送行的人们吗？陛下手握生杀大权，想要给人加罪，只需陛下自己干就行了；如果派臣前去调查，臣不敢不据实汇报。”武曌说：“你的意思是不是一律不予追究？”马怀素回答：“臣愚蠢，实在没有看出谁犯了罪。”武曌慢慢平息了怒气，崔贞慎等人才躲过了一劫。

二张诬陷魏元忠，不仅是为了泄私愤，更重要的是此事间接牵连到了太子和太平公主，这就不禁让人怀疑他们是否心存更大的阴谋。《唐会要?史馆杂录下》就记载说：“时人议曰：昌宗等包藏祸心，遂与说计议，欲拟谋害大臣。宋璟等知说巧诈，恐损良善，遂与之言，令其内省。向使说元来不许昌宗虚证元忠。必无今日之事，乃是自招其咎。赖识通变，转祸为福，不然，皇嗣殆将危矣。”假如真的证实了魏元忠与高戬之言，恐怕太子和太平公主的处境就不妙了。

魏元忠一案后，也许是女皇受不了长安的街头巷议，一个月后，她下令以左武卫大将军武攸宜为西京留守，自己则于十月八日，离开了居住两年的长安，东返洛阳，二十七日，女皇抵达洛阳，并于十一月九日设宴款待前来答谢大周许婚的东突厥使者。

这次宴会设在宿羽宫，女皇也命令太子参加了宴会。事后，太子宫尹崔神庆就上书称：“现在，五品以上官员身上佩戴鬼符的原因，就在于遇到陛下临时宣召，恐怕有诈，与内廷留存的符合之后，臣下才接受命令。太子是一国之本，古来宣召太子，都非常慎重，使用的是玉符。昨天，陛下接见突厥使者，太子自然应当参加接见，却只有陛下的诏命，并无陛下的手令，臣认为，除非例行的每月初一、十五的朝会，临时性召唤，陛下应专门下达手令，让使者带上玉符。”武曌觉得他说的很对。崔神庆的这一要求说明，太子一党深恐二张利用在宫中的便利条件，会铤而走险，做出对太子不利的事情来，也说明了双方之间的矛盾已经到了一触即发的程度了。

长安三年，大周朝廷重臣因魏元忠一案而发生了一系列的变化，分别是：四月，相王李旦被免去司徒；闰四月，李峤被任命为纳言；九月，同凤阁鸾台三品魏元忠被贬，剩下凤阁鸾台三品苏味道、韦安石、李迥秀；同凤阁鸾台平章事姚元崇、朱敬则、唐休璟。史称，杨再思担任宰相，专门以谄媚博取武曌的欢心。司礼少卿张同休是张易之的哥哥，曾经与公卿们一起饮宴，酒酣耳热之际，张同休给杨再思开玩笑道：“杨内史的脸长得像高丽人。”杨再思欣然接受，当即用纸剪了一个纸帽子，反穿官服，跳起了高丽舞，引得四座哈哈大笑。当时的人们称赞张昌宗的美貌说：“六郎面若莲花。”杨再思独自说：“不对。”张昌宗问是什么情况，杨再思平静地回答：“是莲花长得像六郎啊！”张昌宗顿时心花怒放。

到长安四年，四月，纳言李峤晋升为内史；韦安石知纳言事；六月，李峤被改任成均祭酒，七月，杨再思守内史；十一月，李峤又被改任地官尚书。

同凤阁鸾台三品李迥秀收受贿赂，二月，被监察御史马怀素弹劾，被贬为庐州刺史；苏味道，三月因回家葬父，女皇下令地方政府负责安排葬事，苏味道趁机侵占别人家的土地，被监察御史萧至忠弹劾，武曌将其贬为坊州刺史。姚元崇，六月，任命为相王府长史兼任夏官尚书，八月，兼任春官尚书，九月，知群牧使，代理右肃政台御史大夫，又改任为灵武道行军大总管、灵武道安抚大使。韦嗣立，十二月改任成均祭酒。

同凤阁鸾台平章事朱敬则，二月退休；唐休璟，八月任幽州、营州都督，兼任安东都护；宗楚客，三月任命，七月贬为原州都督；崔玄晖，六月由鸾台侍郎任命；张柬之，十月由秋官侍郎任命；房融，十月由正谏大夫任命；韦承庆，十一月由天官侍郎任命。姚元崇，字元之，此年，突厥叱列元崇反叛，武曌命姚元崇称字，并任命其为领悟到行军大总管；姚元之临行之前，武曌让他举荐一个宰相，姚元之回答：“张柬之沉默稳重，又有谋略，能断大事，并且此人已老，陛下要用赶紧使用。”武曌就以张柬之为同凤阁鸾台平章事，此年张柬之已将近八十岁了。