奇迹般的平定了契丹，让武曌认为是上天的赐福，所以，她才把年号改为神功元年。在平定契丹过程中，她处死了来俊臣和李昭德这两个死对头，暂时维系着朝中各方势力的平衡；为了平息众怒，她采取壁虎断尾的办法，处死了来俊臣，然后再把一切过错都嫁祸到他的身上，来安抚臣民。改元之后，一天，她装出一副恍然醒悟的样子，主动对侍臣们说：“过去周兴和来俊臣办案时，牵连了很多朝臣，谎称人家谋反，国家的法律是恒定的，我岂能违背！有时候，我也怀疑其中有不实之处，命近臣到监狱中复核，索要罪犯们亲笔书写的自白书，无不认罪伏法，朕就不再怀疑了。自从周兴和来俊臣死后，我也很少听说有谋反之人了，由此看来，过去被处死的不会有冤枉的吧？”夏官侍郎姚元崇回答：“自从垂拱年间以来，那些因谋反而被处死的，大多都是周兴等人罗织陷害的，周兴他们以此为功。陛下派去近臣查问，近臣们自己都朝不保夕，岂敢替囚犯们翻案？被问之人如果翻供，也害怕受到酷刑报复，还不如早点被杀。幸亏上天感动了陛下的圣心，处死了周兴等人，臣拿我全家老小的性命担保，从今往后，内外群臣不会再有谋反的了，臣请求往后陛下接到了举报信后，不用派人调查，静待其变，假如以后证实确有其事，臣情愿接受知而不告罪的惩处。”武曌笑道：“过去的宰相们都顺从我的旨意，把我弄成一个滥刑之主的形象，你的话说道我的心坎里去了。”赏赐姚元崇一千两银子。姚元崇，其父姚善意，贞观中曾任巂州都督，姚元崇应下笔成章举，累迁为夏官郎中。契丹之乱中，军书堆积如山，姚元崇条分缕析，处理得井井有条，武曌暗暗称奇，破格将其提拔为夏官侍郎，不久，又晋升他为同凤阁鸾台平章事。
当时，很多人替魏元忠喊冤，武曌又将其召回朝廷，任命为肃政中丞。他多次受人陷害，判决死刑后改判流放的就有三次，一次，武曌问他：“过去，你屡屡受人诽谤，是什么原因？”魏元忠回答：“臣就像一头鹿，那些陷害我的人恨不得吃了我的肉，我能躲到哪里呢？”
在此之前，像陈子昂、徐有功等人早已说出过此类话，但武曌始终置之不理，假如她真心意识到冤枉了很多好人，为什么不给过去被杀的人平反昭雪呢？武曌诿过于那些引起民愤的酷吏，这种手法已不新鲜，她把他们处死后，很快还会再重用一批新的酷吏，以达到自己的政治目的。
武承嗣和武三思一直不死心，屡屡派人在武曌面前说：“自古以来，天子还没有以异性为继承人的先例。”武曌也一直犹豫不定，左右为难。纳言狄仁杰常常从容地对武曌说：“文皇帝冒着风霜雨雪，亲自平定天下，把国祚传给子孙。大帝又把两个儿子托付给陛下，陛下如今却打算把基业传给他族，这恐怕不符合天意吧？况且，姑侄亲情与母子情谊哪个更深？陛下如果立自己的儿子，千秋万代之后，还可以在太庙里陪伴先帝，一起享用香火；假如立侄儿为继承人，我还没有听过侄儿当天子会给姑姑立庙的。”武曌回答：“这是朕的家务事，卿就不要掺和了。”狄仁杰说：“君王以四海为家，四海之内，谁不是陛下的臣子？什么事不是陛下的家务事？君王是头领，臣子是臂膀，二者是一体的，况且臣身为宰相，岂能不掺和！”又劝说武曌迎回庐陵王李显。同凤阁鸾台平章事王方庆和内史王及善二人也劝说武曌这么做。《大唐说篡》称，一次，武曌问王方庆：“朕昨夜梦见下棋输了，你说意味着什么？”王方庆回答：“预示着宫中没有子嗣，大约是神灵在警示陛下。”遂称天下人心还在李唐。武曌醒悟，就决定把庐陵王召回来。又过了几日，武曌对狄仁杰说：“朕梦见一只大鹦鹉两个翅膀折断了，你说是什么意思？”狄仁杰回答：“武，是陛下的姓氏，两个翅膀，是两个儿子；陛下起用两个儿子，翅膀自然可以展开了。”从此以后，武曌就打消了立武承嗣和武三思的想法。
当然，武曌决定立自己的儿子是各种因素共同促成的结果。天册万岁元年武曌处死薛怀义后，身边的情夫是太医沈南缪，一年后，到了神功元年，为了讨好母亲，太平公主又向武曌推荐了年轻的张昌宗。张昌宗是太宗、高宗时期重臣张行成的族孙，他的哥哥张易之，累迁为尚承奉御。张昌宗侍奉武曌后不久，又对武曌推荐了哥哥张易之，他说：“臣的哥哥张易之的家伙比臣的更好使，他还精通男女房中术。”武曌当即召见，一用之后，非常欢喜。张昌宗被晋升为云麾将军，行左千牛中郎将，后又晋升为左散骑常侍；张易之为司卫少卿；追赠二人之父张希藏为襄州刺史；拜二人之母韦阿藏为太夫人，并逼迫凤阁侍郎李迥秀去当韦阿藏的情夫。李迥秀是李大亮的族孙。《朝野佥载》称：“迥秀畏其盛，嫌其老，乃荒饮无度，昏醉是常，频唤不觉。”武承嗣、武三思、武懿宗、宗楚客、宗晋卿等人都是极力巴结二张，奔走在二张家门，争先恐后地牵马拿鞭，亲切地称呼张易之为五郎，张昌宗为六郎。
显然，武氏集团已经被动了。武承嗣等人一心想着向武曌表忠心、加尊号，唯独没有想到给武曌找个男宠这一着，让太平公主占了先机。太平公主自然向着自己的两位哥哥，二张有今天当然不会忘记太平公主的恩德，那么二张顺利成章地就成了李唐宗室集团的人了，如今，二张成了武曌跟前最红的红人，武氏集团前景堪忧啊！这就是武承嗣等人集体向二张献媚的根本原因，不过，显然为时已晚。
二张与吉顼私交很好，经常在一起说笑，二张曾暗中问吉顼全身之策。吉顼说：“你们二位兄弟受到陛下的眷顾，如此尊贵，却不是依靠品德和才干取得的，天下之人早已对二位侧目而视、切齿痛恨了。假如二位不立下大功，恐怕难以保全性命，我很替你们担忧啊！”二张非常害怕，流泪询问对策。吉顼继续说道：“天下百姓都还思念唐朝的恩德，庐陵王还在房州，相王又被软禁，主上年事已高，必须明确一个继承人。武氏诸王，主上并不看好。大人如果请求迎立庐陵王和相王，以顺应民心，我想这岂止是转祸为福，更能永远享受荣华富贵！”二人连连点头，觉得吉顼说的有理，遂趁机向武曌建议。武曌问是谁撺掇的，二张不敢隐瞒，如实交代。武曌召见了吉顼，吉顼说：“庐陵王和相王都是陛下的儿子，先帝把他们托付给陛下，自有深意，请陛下决断。”武曌遂下定了迎回庐陵王李显的决心。
公元698年正月一日，武曌驾临通天宫，大赦天下，改元为圣历元年。到圣历元年三月九日，武曌谎称庐陵王李显有病，派职方员外郎徐彦伯前往房州，召回庐陵王、王妃以及诸子，二十八日，李显回到了洛阳。
谁都知道李显回来意味着什么，武氏集团彻底没了希望，随之而来的自然是恐惧，就算李显、李旦兄弟不秋后算账，谁又能保证那些被冤杀的李唐宗室、大臣们会放过武氏家族？作为武氏集团的领军人物，武承嗣谋求皇嗣之位除了自己的野心外，更重要的是替家族着想，如今一切都付之东流，武家人满心希望武曌会为武家做些什么，到头来，她武曌还是人家李家的媳妇，只不过姓武而已！怏怏不乐的武承嗣急火攻心，到了八月十一日，竟然一病呜呼了，时年五十岁。
武承嗣一死，武曌改立李显更显得顺理成章了，同时，皇嗣李旦也恳请给哥哥让位，武曌就同意了。九月十五日，武曌册立庐陵王李显（又名李哲）为皇太子，恢复李显之名，并宣布大赦天下。本年李显已四十三岁了。