十一月十三日，徐敬业在下阿溪南岸整军固守，唐军后军总管苏孝祥趁夜率领五千人马乘小舟最先渡到溪水南岸，向叛军发起进攻，结果被叛军击败，苏孝祥被杀，唐军士兵被溪水淹死了一多半。左豹韬卫果毅成三朗被擒。唐之奇欺骗下属说：“这就是李孝逸。”成三朗大叫：“我是果毅成三朗，不是李将军。如今，官军大队人马已经赶到了，你们失败就在眼前！我死了，妻子儿女还能享受到荣华富贵；你们死了，妻子儿女反被罚没，你们还是不如我啊！”成三朗遂被叛军斩杀。
唐军主力虽然赶到，但叛军战斗力很强，官军屡战屡败，李孝逸担心了，打算撤退。魏元忠与行军管记刘知柔对李孝逸说：“现在风顺，芦苇干枯，正是火攻的良机。”恳请李孝逸与叛军决一死战。徐敬业列阵已久，士卒已十分疲惫，军阵不整，李孝逸趁着风势纵火，挥兵发起总攻，徐敬业大败，被斩杀了七千多级，被水淹死的不计其数。徐敬业等人率领轻装骑兵逃入江都，带上妻子儿女南奔润州，将入海逃往高丽。李孝逸率军攻入江都后，派遣部将分道缉拿要犯。
十一月十八日，徐敬业等人逃到海陵（今江苏省泰州市）境内，遇到逆风，船只搁浅，随行的部将那相杀掉了徐敬业、徐敬猷、骆宾王，持三人的人头投降。余党唐之奇、魏思温也都被抓获，人头送到了神都洛阳，扬州、润州、楚州完全被平定。《朝野佥载》称，唐高宗永淳以后，社会上流行唱“杨柳，杨柳，漫头駞”之句，后来有人认为徐敬业的人头用驿马拖入洛阳，是应了这句话的谶。但另有一些野史却记载徐敬业、骆宾王等人并没有被杀，比如，《纪闻》记载，徐敬业提前找了一个与自己相貌相似的人养在身边，等军败后，官军杀了这人请功，而徐敬业本人则与数十人隐居在大孤山中，削发为僧。到唐玄宗天宝年间，有个法号住括的老和尚，已九十余岁，带着弟子来到南岳衡山，自称他本人就是徐敬业，死后就葬在了衡山。《树萱录》也有类似记载。《本事诗》、《唐诗纪事》、《唐才子传》等书也记载骆宾王隐居在灵隐寺中。
李孝逸因功被拜为镇军大将军，转左豹韬卫大将军，改封吴国公。武则天认为徐思文是个忠臣，拜他为司仆少卿，对他说：“徐敬业把你的姓改为武，朕就不强迫你改回去了。”
十二月，武则天又把刘景先贬为吉州员外长史，郭待举贬为岳州刺史。裴炎刚下狱时，单于道安抚大使、左武卫大将军程务挺密表替裴炎求情，由此引起了武则天的不满。程务挺又素来与唐之奇和杜求仁私交很好，有人就在武则天面前诬陷程务挺说：“程务挺与裴炎、徐敬业是同党。”二十六日，武则天派遣左鹰扬将军裴绍业来到军中，将程务挺斩杀，查抄了他全家。东突厥人听说程务挺被杀的消息，无不饮酒庆贺，又给程务挺修建祠堂，每次出征，总要先到祠堂里拜祭一番，祈求程务挺能保佑他们取胜。武则天又因为程务挺与夏州都督王方翼是同僚，平时关系很好，再加上王方翼是王皇后的本家，为了斩草除根，也把王方翼召回京师，以莫须有的罪名将其流放到崖州而死。
徐敬业失败的根本原因就在于一开始没有积极主动进取，幻想着先留个后路，任何起义，在最初的时候都只能是闭着眼睛一路拼杀，方能死中求生，假如李渊晋阳起兵之初就只想着经营好晋阳，而不是积极主动地夺取关中，那等待他的也只有覆灭了。
二百四十四、垂拱年间（1）
唐高宗刚刚去世一年，武则天就做出了很多大事，体现了她雷厉风行的一贯作风：废黜唐中宗李显、另立唐睿宗李旦、逼死前太子李贤、建立武氏七庙、平定徐敬业、处死宰相裴炎等人。
在这一年里，武则天还得到了一个她引以为心腹的人——冯小宝。唐高宗在世时，武则天就已苦心经营了很多年，着力培植自己的势力，但裴炎、徐敬业事件说明士大夫阶层对于武则天专权存在着天然的不满，要夺取李唐政权，武则天客观上需要身边有一个贴心人；另外，唐高宗晚年久病，武则天与唐高宗之间的夫妻关系似乎早已名存实亡，等唐高宗一死，武则天压抑已久的欲望顿时迸发出来了，而这一苗头恰恰就被一个人准确地捕捉到了，这个人就是武则天的姑姑千金公主。千金公主，是唐高祖李渊的第十八女，也是他倒数第二小的女儿，论辈分是唐高宗的姑姑。冯小宝是京兆鄠县（今陕西省户县）人，他长得容貌伟岸，虎背熊腰，臂力过人，因在洛阳集市上卖药而被千金公主的侍女看上，后来，千金公主知道后，趁入宫之际偷偷对武则天说：“冯小宝不是寻常之人，可以留在您的身边。”武则天一见之后，果然十分满意，为了能让他随时入宫侍奉，就让他剃发为僧；因冯小宝出身低贱，武则天又命他改姓薛，令他与女婿薛绍合族，当薛绍的小叔，改名为薛怀义。从此以后，薛怀义经常出入内庭，与洛阳城内著名的高僧法明、处一、惠俨、稜行、感德、感知、静轨、宣政等人在宫内的寺庙里诵经，薛怀义每次入宫，都是骑着御马，由十余名宦官紧随左右，百姓们在路上遇到薛怀义，无不纷纷躲避，来不及避让的，常常被人打得头破血流，宛转路边。看见道士们，薛怀义也总是下令暴打一顿，强行把人家剃成光头才罢。朝廷百官见到薛怀义全都跪倒在地，极尽巴结之能事，武承嗣、武三思等人在薛怀义面前也都像奴仆一般，亲手为其牵马，而薛怀义却不以为意，旁若无人。薛怀义在自己的身边聚集了很多市井无赖，把他们也都剃度为僧，四处为非作歹，无人敢管，民间称呼薛怀义为薛师。右台御史冯思勖屡屡上书弹劾薛怀义，薛怀义怀恨在心，一次在路上碰见冯思勖，薛怀义下令侍从把他打得半死。
不久，武则天又下令重修白马寺，以薛怀义为白马寺的主持。武则天借口薛怀义心灵手巧，命入宫制造器具。补缺王求礼上书称：“太宗时，有个叫罗黑黑的人擅长弹琵琶，太宗命人将他阉割后，任命为给使，让他入宫教宫女。陛下如果认为薛怀义真的心灵手巧，想把他放入宫中使唤话，臣请求把他阉割了，这样才能保证他不污染了宫闱。”要是真把薛怀义给阉割了，武则天还要他何用？王求礼的奏表，武则天不知道该如何答复，只好装聋作哑，留中不发。一次，苏良嗣在朝廷上遇到了薛怀义，薛怀义还是非常傲慢，没有施礼，苏良嗣大怒，命侍从上前把薛怀义打了几十个耳光。薛怀义到武则天那里告状，武则天犯不着为了一个薛怀义而得罪了整个士大夫集团，再加上她自己也情知理亏，就对薛怀义说：“师父该从北门出入，南衙宰相往来，你还是不要冒犯人家。”此事也就不了了之了。
公元685年一月一日，喜欢改年号的武则天又下诏大赦天下，将这一年改为垂拱元年，历史也进入了垂拱年间。
垂拱是什么意思？垂拱出自《尚书·武成》：“谆信明义，崇德报功，垂拱而天下治。”意思是什么事也不干，就可以轻松治理好天下。武则天把年号改为垂拱，是让皇帝什么事不干？还是自己什么不干呢？当然是前者。垂拱年号一共用了四年，这四年也是武则天加强个人权威、积极准备改朝换代的四年。
垂拱元年（公元685年）一月二十二日，文昌左相、同凤阁鸾台三品刘仁轨去世，这个多少能让武则天感到“徊惶愧慰”的老臣去世之后，武则天立马就加紧了肃清潜在的异己分子的步伐。徐敬业之乱让武则天意识到下情上达的极端重要性，她开始二月七日，唐朝政府下令：“朝堂设置的登闻鼓和肺石（伸冤石），不必派人看管。有人鸣鼓或者站到肺石上时，御史要接受状纸，代为转奏。”紧接着，到了三月二十六日，唐朝政府就颁布了《垂拱格》。格式是唐法律文书中律、令、格、式四类中的两类。格出自诏敕，经过一段时间就要整理一次，此前有《贞观格》、《永徽格》。式是各种规章细则，前有《贞观式》、《永徽式》。武则天令内史裴居道、夏官尚书岑长倩、凤阁侍郎韦方质，与删定官袁智弘、王守慎等十余人，把武德以后垂拱之前有用的诏敕编为二卷，她自己亲自作序；又令裴居道等删改旧式，与旧式汇成二十卷，成《垂拱式》。