他在奏表中说：“臣见我军戍守百济的士兵们，疲惫、弱小的多，勇敢、强壮的少，他们衣衫褴褛，只想西归，无心为国效力。臣询问他们：‘从前在国内时，我见百姓们踊跃参军，有的甚至自带军粮、服装，称之为义征。为何如今你们都变成了这样？’士兵们纷纷回答：‘今日政府与过去不同了，人心也都变了。过去，东征西讨，只要为国牺牲，国家都会派来使者吊唁，追赠官爵，或者把死者的官爵回赠给子弟，凡是渡海征东的，都晋升一级。自从显庆五年以来，士兵们屡屡渡海作战，朝廷也不备案，死难者亦无从褒赠。州县招募士兵，那些强壮而家庭富有的人，只要给官员们送些钱财，都能逃匿起来，剩下那些贫穷的，即便是身体虚弱，也被强征入伍。前不久，进攻百济以及平壤苦战时，将领们在战前承诺的封赏可谓是五花八门，费尽心思，可是，等到回到国内，只听一片追究责任之声，那些立下战功的将士被夺去官爵、赏赐，州县到处追捕，无处可逃，种种苦楚，一言难尽。因此，这批军队在出发之前就已经有人自残以逃避兵役了，不是到了海东才如此的。另外，本来在战场上杀敌立功，被朝廷授予官爵是一种荣耀，可是，近年以来，遇到劳役，还是让这些勋官服役，与平民百姓无异，这也是百姓不愿从军的原因之一。’臣又问：‘过去士兵们戍守五年也能坚持，为什么你们现在只戍守了一年就如此困顿呢？’回答：‘离家之初，只让准备一年的装备，现在已经两年了，还没有归期。’臣检查士兵们的衣服，今年冬天还能坚持，等到来年秋天就不好说了。陛下在海外驻屯军队，就是为了消灭高丽，百济、高丽原本是同盟关系，倭国虽然遥远，但也能支援得上，如果我们不在百济驻军的话，它很快就会复国。如今既然驻军了，又进行了屯田，就需要士兵们同心协力，如今大家是这种心态，又如何才能成功！如果不改弦更张，重重犒劳将士们，明确赏罚，鼓舞士气，还像以往那样，恐怕终究会师老兵疲，立功无望。逆耳之事，也许没有人会说给陛下，臣披肝沥胆，冒死禀报。”为了消弭朝中可能对自己的攻击，刘仁轨还在奏章中举出了晋武帝司马炎灭吴时，贾充等人意欲斩杀张华以谢天下的错误举动，提醒唐高宗要明察佞臣对在外领兵大将的诽谤。
唐高宗接受了刘仁轨的建议，派遣右威卫将军刘仁愿率军东去，把刘仁轨所部接替回国，并命刘仁轨也一起归国。刘仁愿来到百济后，准备与刘仁轨交接，但刘仁轨却拒绝执行皇帝的诏命，他对刘仁愿说：“朝廷在海外驻军，目的是为了消灭高丽，这事很不容易。如今，秋收未完，而军中将领和士兵们全部调回国内，主将也随之归国，百济刚刚臣服，民心不安，一定会生出祸乱。不如暂且留下旧兵，让他们收获庄稼，办好行装，分批归国，至于我这个主将则应该继续留下镇守，不可离去。”刘仁愿说：“昔日我回到国内，很受朝士的诽谤，认为我多留兵众，阴谋割据百济，差一点身陷不测。如今我只想遵旨，岂敢擅自行动！”刘仁轨说：“身为臣子只要所为有利于国家，知无不为，岂能考虑个人安危！”两人争执不下，只有请皇帝定夺，于是，刘仁轨再次给唐高宗上书，请求留下来继续镇守百济，唐高宗最终同意了，又以扶余隆为熊津都尉，命其招徕其旧部。
乾封元年，唐高宗封禅后，高丽莫离支渊盖苏文去世了。渊盖苏文有三个儿子：长子渊盖男生、次子渊盖男建、幼子渊盖男产，渊盖苏文去世后，渊盖男生继任莫离支。渊盖男生刚继位，命两个弟弟在京师留守，自己率部出巡各地。其间，有人对他的这两个弟弟说：“你哥哥一直对你们二位不放心，想要除掉你们两个，不如先下手。”起初，渊盖男建和渊盖男产并不相信。此人又跑到渊盖男生那里离间道：“你的两个弟弟担心你回京后会夺去他们的权力，计划着阻挠你回京。”渊盖男生派自己的亲信偷偷回京察看情况，渊盖男建和渊盖男产误以为哥哥确实心怀恶意，就派人把这名亲信抓了起来，并假托国王高藏的名义招哥哥回京。渊盖男生害怕被杀，不敢回京，渊盖男建遂自立为莫离支，发兵前去讨伐渊盖男生。渊盖男生逃到国内城（今吉林省集安市），派儿子渊盖献诚赶到长安，恳请唐朝派兵解救。
高丽内乱，给唐高宗一个千载难逢的机会，六月七日，唐高宗任命右骁卫大将军契苾何力为辽东道安抚大使，以渊盖献诚为右武卫将军，担任向导；又以左金吾卫将军庞同善、营州都督高侃为行军总管，配合契苾何力一起讨伐高丽。庞同善，是玄武门功臣庞卿恽的儿子。高侃就是永徽元年生擒车鼻可汗的那位，高侃有三子：高崇德、高崇礼、高崇文，高崇文就是盛唐著名边塞诗人高适的父亲。
九月，庞同善率领的唐军大破高丽军队，渊盖男生率领本部人马与唐军会师。唐高宗下诏以渊盖男生为特进、辽东大都督，兼任平壤道安抚大使，封玄菟郡公。
唐军初战告捷后，唐高宗下定了大举讨伐高丽的决心。十二月十八日，唐高宗又任命司空李勣为辽东道行军大总管兼任安抚大使，以司列少常伯郝处俊为副大总管，增援契苾何力等军；又以契苾何力、庞同善为副大总管兼任安抚大使。水陆各军总管包括运粮主管窦义积、独孤卿云、郭待封等人全部归李勣统领。河北各州的租税也都送往辽东，支援前线。郝处俊的外公是许绍，隋末，郝处俊的父亲郝相贵与许绍一起降唐，被授予滁州刺史，不久，郝相贵就去世了，贞观中，郝处俊应进士举，被授予著作佐郎，后被任命为滕王友，辞职回家；很久以后，被朝廷召入，历任太子司议郎、吏部侍郎、司列少常伯（原吏部侍郎改）。窦义积生平不详。独孤卿云，史书无传，但据《元和姓纂》卷十独孤条记载，京兆（独孤）楷“生凌云、平云、滕云、卿云、彦云……”。《隋书?独孤楷传》称:“独孤楷,不知何许人也,本姓李氏。父屯……为柱国独孤信所擒,配为士伍,给使信家,渐得亲近,因赐姓独孤也……子凌云、平云、彦云,皆知名。”由此可知，独孤卿云是隋朝名臣独孤楷的儿子；在宇文化及杀害隋炀帝的江都之变中被杀的右屯卫将军独孤盛，就是独孤卿云的叔父。独孤卿云的曾孙女后来成为唐代宗的贵妃，死后被追封为贞懿皇后。郭待封是唐第一任安西都护郭孝恪的次子。
李勣被任命为伐辽主帅后，曾打算让女婿杜怀恭同行，也好混个出身。杜怀恭性格放达不羁，非常滑稽，但李靖却对他十分看重。杜怀恭不愿出征，先是以自己家贫推辞，李勣送给他一些钱财；杜怀恭又以自己没有马匹为由推辞，李勣又送给他些钱，让他买马，最后，杜怀恭再无法推辞了，只好逃到歧阳山中，对人说：“我岳父是想杀了我立威罢了。”李勣听后，泫然流泪，说道：“我这女婿放浪形骸，也许会说出这话吧！”时人认为李勣是个执法者，杜怀恭的忧虑不是没有一点道理的——人太神秘莫测了，别人谁还敢接近你？这也从另一个侧面说明李勣的为人很是失败。