侯君集参与李承乾的阴谋后，一直心惊肉跳，常常在深更半夜突然从床上坐起来，叹息很久。他的妻子很是奇怪，就问他：“大人是国家的大臣，为何如此？一定有什么缘故。假如是什么不好的事，将对不起国家，就该前去自首，这样还能免去一死。”但侯君集不听。《酉阳杂俎》称，侯君集做梦梦见被两名甲士带至一处，见一王者命左右取下侯君集的威骨。只见数人持刀砍开自己脑袋和右臂，从中各取出一片鱼尾状的骨头来，侯君集也惊悸而醒。此后，他就变得浑身乏力，甚至连一钧的弓箭都拉不开，也想去自首，犹豫中就事发了。
《隋唐嘉话》称，唐太宗听说侯君集也参与谋反了，深夜绕着床来回踱步，当即命令召见他，以出其不意。侯君集被捕后，他的女婿贺兰楚石又亲自来到宫门外进行揭发。唐太宗把侯君集带来，对他说：“朕不想让那些刀笔吏们侮辱你，所以才亲自审讯你。”一开始侯君集拒不承认。唐太宗就命人贺兰楚石带上来，贺兰楚石把事情的前因后果说得一清二楚，又把侯君集给李承乾写的信拿了出来。在人证物证面前，侯君集理屈词穷，不得不认罪服法。唐太宗对群臣们说：“侯君集立过战功，我打算免其一死，行吗？”群臣都不答应。唐太宗这才对侯君集说：“我与你永别了！”说完，流下了眼泪，侯君集也瘫软在地上。《封氏闻见记》称，唐太宗还对侯君集说：“我因为你再也不愿意登上凌烟阁了啊！”同书还记载，到唐中宗时曾带学士们在内庭游览，行至凌烟阁，看到侯君集的画像有白灰刷过的痕迹，上面记载，侯君集被杀后，曾有人建议用白灰把侯君集的画像涂掉，唐太宗念及他的功劳，下令还是不涂了。
侯君集临刑时，对监斩将军说：“我侯君集岂是谋反之人？一错再错，才走到这步田地。然而，我从陛下当秦王时就追随陛下，击破两个国家，立下一点功劳。请你替我请求陛下，给我保全一个儿子留侯家一脉香火。”唐太宗遂赦免了他的妻子和一个儿子，把他们流放到了岭南。《隋唐嘉话》称，侯君集被杀后，其家被查抄，得到两个绝代美人。唐太宗问二人为何如此美丽，二人回答：“自从进入侯家以来，一直吃的是人乳，从不吃饭。”又称，侯君集在击破高昌后，曾得到两个非常精致的金簟（金子做的席子），隐匿起来，自此与这两个美人一并被唐太宗所得。
江夏王李道宗曾经平静地对唐太宗说：“侯君集志向远大，而智谋不足，自恃有点功劳，一直以居于房玄龄、李靖之下为耻，虽然身为吏部尚书，但却并不满意。以臣观察，此人一定会作乱。”唐太宗当时不信，回答：“侯君集的才能干什么不能胜任？朕岂能吝惜高位，不将其委以重任？只是论资排辈还没轮到罢了，岂能胡乱猜测，竟然怀疑人家要谋反！”等侯君集被杀后，唐太宗对李道宗道歉说：“果然不出你的所料。”
李承乾的其他同党李安俨、赵节、杜荷等也都被杀了；李安俨的父亲已九十多岁了，唐太宗怜悯他孤苦无依，下令赏赐两个奴婢给他养老。赵节的继父中书令杨师道与长孙无忌等人一起审理赵节，暗中替赵节开脱罪名，被唐太宗发现后贬为吏部尚书；唐太宗来到长广公主家里，公主以头击地，哭着替儿子赵节求情，唐太宗也哭着拜谢道：“赏赐不避仇人，惩处不偏袒亲戚，这是天下大公无私之道，我不敢违背啊！因此，只能对不起姐姐了！”太子左庶子张玄素、右庶子赵弘智、令狐德棻等人也因未能尽到职责，全部被废为庶人。其余人等依法应当受到牵连的，全部被赦免了。只有太子詹事于志宁因屡屡谏诤，受到唐太宗的口头表扬；唐太宗又免去了纥干承基的死罪，提拔他为祐川折冲府都尉，赐爵平棘县公。
一百七十七、册立晋王
太子李承乾被废后，围绕着太子之位，朝廷各方势力又进行了一场新一轮的争夺。
在李承乾获罪期间，魏王李泰每天都入宫侍奉唐太宗，唐太宗曾当面答应立其为太子，岑文本和刘洎也劝说唐太宗册立李泰，但长孙无忌却坚持立晋王李治。岑文本是南阳棘阳（今河南省南阳市新野县）人，从小以文才闻名，萧铣立国后，引为中书侍郎；唐太宗即位后，经李靖推荐，被任命为中书舍人。当时颜师古为中书侍郎，武德年间朝廷的文告全是颜师古写的，后来，颜师古因事被唐太宗免职，温彦博称颜师古文才天下无双，希望唐太宗能继续起用。唐太宗想了想却说：“我自己举荐一人，你不用担心。”遂任命岑文本为中书侍郎，专门负责朝廷机密文件。《周书》上的史官曰大部分都是岑文本写的。刘洎是江陵人，也曾担任过萧铣的黄门侍郎，入唐后历任给事中、尚书右丞、黄门侍郎、银青光禄大夫、散骑常侍等职。刘洎行为粗放，敢于直言。一次，唐太宗在玄武门上设宴款待三品以上大员，席间，唐太宗兴之所至，提笔写飞白字赏赐群臣。当时气氛十分热烈，不少人趁着酒劲，从唐太宗手上抢来墨宝。刘洎做得更彻底，他干脆登上御榻，掰开唐太宗的双手夺了下来。这下惹了众怒，群臣都说：“刘洎登上御床，罪该处死，请求陛下把他交付审判。”唐太宗看到自己的字如此受欢迎，高兴还来不及呢，他笑道：“昔闻婕妤辞辇，今见常侍登床。”
岑文本和刘洎同为荆州人士，在朝中没有什么根基，自然更想把政治前途押在一个更具实力的人身上，再加上二人富有文采，更加倾向魏王李泰也就在情理之中了，当然，二人建议也不排除是受人指使。然而，帝王心术，岂是一般人所能了解的？太子、魏王各树朋党，朝廷群臣互为彼此，如今，太子被废，树倒猢狲散，太子一党受到很大打击，假如顺势册立魏王，那魏王一党在朝中形成一枝独大的局面，新太子的势力势必会威胁到皇权，届时的情况，将比过去还棘手：过去是，太子与魏王相争，都来讨好唐太宗，唐太宗可以在其间走危险的钢丝；而将来如果立了李泰为太子的话，太子势力一旦失去控制，唐太宗连危险的钢丝都走不成了，父子一场争夺将在所难免……
唐太宗对侍臣们说：“昨天，青雀（李泰的小名）扑到我的怀里，对我说：‘臣今天才能真正成为陛下的儿子，是我再生之日。臣有一个儿子，臣死之日，将为陛下杀了他，把皇位传给晋王。’人谁不爱自己的儿子，朕见其如此，心中不是滋味。”谏议大夫褚遂良说：“陛下说错了，请陛下三思，别误了大事。陛下万岁之后，魏王拥有天下，岂肯杀掉自己的儿子，把皇位传给晋王！过去，陛下既然已经立了李承乾为太子，却又宠爱魏王，礼遇超过了承乾，才导致了今日的灾祸。前事不远，后事之师。陛下今日如果要册立魏王，就先处置了晋王，这样才能安全。”唐太宗流下眼泪，说道：“我办不到。”说完，就起身入宫了。