因此，当唐太宗听了诸遂良的话之后，首先想到的是用魏征来保护太子——房玄龄肯定是指望不上的。九月四日，唐太宗任命魏征为太子太师。魏征病情稍稍好转，就来到朝廷推辞，唐太宗亲自写信回复道：“周幽王和晋献公，废嫡立庶，让国家陷入危亡；汉高祖刘邦差一点废掉了太子，幸赖商山四皓，太子之位才得以保全。我如今依靠你，就是这个意思。我知道你身体不好，就请你卧床替我保护太子！”魏征这才接受了任命。到了十月十四日，殿中监宇文士及去世了。一次，唐太宗见到一颗树，非常喜爱，当时，宇文士及也跟着赞不绝口。谁知，唐太宗听了，突然拉下脸来，说道：“魏征经常劝我远离佞人，我一直不知佞人是谁，怀疑是你，看来真是不假！”宇文士及叩头谢罪，说道：“南衙群官，当着陛下的面与陛下争得面红耳赤，弄得陛下不能举手投足，如今，幸好臣在陛下身边，如果再不稍稍顺从陛下，陛下虽然贵为天子，又有什么乐趣可言啊！”唐太宗听了，又释然了。《唐语林》还记载一件趣事：一次，唐太宗命宇文士及割肉，宇文士及却用面饼擦手，被唐太宗看到了。宇文士及佯装不知，继续擦手，而后慢慢把面饼吃了，唐太宗这才转怒为喜。
当初，唐高祖入关时，隋朝武勇郎将党仁弘率领两千军队在蒲坂归降，后历任陕州总管、南宁、戎、广州都督。党仁弘很有才能，深受唐太宗的器重，但他却很贪婪，离职后，被人告发，经查实贪污了上百万钱，依法应当处死。唐太宗对侍臣们说：“昨天我看到大理寺第五次送上诛杀党仁弘的报告，当时我正在吃晚饭，心疼他白发苍苍却被斩首，心中难受，遂命撤去饭菜，可是，我想了一夜也没有想出对其从轻发落的借口，现在只好不讲法律，特向诸位求情了！”十二月一日，唐太宗又把五品以上官员召集到太极殿上，他对大家说：“法律是君主受命于天而制订的，不能徇私情。如今，朕却偏袒党仁弘，这是败坏国法，对不起上天。我决定到城南郊外，睡在草席上，一天只吃一顿蔬菜，向上天谢罪三天。”房玄龄等人都说：“生杀大权，本来就是君主享有的，何必如此自责！”但唐太宗却一直不接受，群臣叩头反复恳请，从早上一直折腾到傍晚，这时，唐太宗才亲自写下手诏，自称：“朕有三条罪过：一是没有知人之明；二是以私乱法；三是欣赏善行却不赏赐，痛恨恶行却没惩处。”于是，免去党仁弘的官职，将其废为平民，流放到了钦州。十二月二十三日，唐太宗前去骊山打猎，登上山巅，他发现围场有一处缺口，对侍从们说：“我如果看到围场不整却不惩罚，就破坏了军法；如果惩处的话，则是我站在高处，专门挑人家的毛病。”遂借口路险，下到山谷，第二天就回宫了。
刑部认为，谋反等法律规定连坐的兄弟们只是罚入官府当奴仆，这太轻了，应该一律处死。唐太宗命令八座（尚书左右仆射及六部尚书）讨论，大家都认为：“秦汉魏晋的法律，谋反的全部灭掉三族，如今应该接受刑部的建议。”给事中崔仁师反驳道：“古代，父子兄弟之间，罪不相及，为何用暴秦的苛法而抛弃周朝的轻典呢！杀掉叛臣父子，就足以吓阻人们了，假如连父子都不顾的话，其怎么还会估计兄弟？”唐太宗听从了。
贞观十七年（公元643年）一月十五日，唐太宗对群臣说：“我听外面百姓因太子脚上有毛病，魏王聪明，时常随我出游，遂议论纷纷，一些投机分子纷纷拜倒在魏王名下。太子虽然脚上有毛病，但并不影响行走，况且，《礼经》规定，‘嫡子去世，就立嫡孙。’太子的儿子已经五岁了，朕永远都不会让庶子来取代嫡子，开启夺嫡之源！”
唐太宗选择在年初高调说出这番话，显然与太子太师魏征的病情有关。此时的魏征病情已经恶化，这距他担任太子太师才三个多月。魏征病重期间，唐太宗派去探望、赏赐、赠药的使者，一个接着一个，又命中郎将李安俨住在魏征家里，随时禀报魏征的病情。唐太宗又与太子李承乾一起来到魏征府上，还带上自己最小的女儿衡山公主（即《新唐书》中所称的新城公主，系唐太宗第十九女，长孙皇后与唐太宗所生三男三女中最小的，年仅九岁），打算把衡山公主许配给魏征的长子魏叔玉。魏征身披朝服，拖着绶带，唐太宗看到魏征，抚摸着他哭出声来，说道：“卿肯定好不了了，难道就没有一句话交代的？”魏征回答：“嫠不恤纬。”嫠不恤纬的意思是：嫠，是寡妇，寡妇没心思织布，比喻忧国忘家。唐太宗说：“这真是良言啊！”他指着衡山公主对魏征说：“没有可以报答爱卿功劳的，爱卿勉强睁睁眼，看看你的新儿媳。”魏征说了声：“大事去矣！”却始终睁不开眼睛。（《芝田录》、《续说苑》）
当晚，即一月十七日，唐太宗梦见了魏征，不一会儿，就有人报告魏征去世了，魏征享年64岁。唐太宗五天不上朝，进行哀悼，又命令九品以上百官都要到魏征家中吊唁，赏赐魏征家羽葆鼓吹、班剑四十人，赙绢布一千段、米粟一千石，陪葬昭陵。追赠魏征为司空、相州都督，谥号文贞。魏征的妻子裴氏说：“魏征平生俭朴，如今用一品官员的礼仪安葬，这不是死者的本意。”遂拒绝接受，最终用素车拉着灵柩安葬了。唐太宗登上西楼眺望，下令百官送出郊外。他还亲自写下碑文，因曾梦见过魏征，所以上面才有“俄与仿佛，忽睹形仪”之句，还说：“商朝高宗昔日因做梦而得到了贤相傅说，如今的我却因梦而失去了良臣！”（《唐摭言》）唐太宗思念魏征不已，对房玄龄等人说：“以铜为镜，可以正衣冠；以古为镜，可以知兴替；以人为镜，可以明得失。朕曾非常珍惜这三面镜子，如今，魏征去世了，朕就少了一面镜子了啊！魏征去世后，朕派人到他家中，在他的书函内找到一片纸，只是一个草稿，字迹很难辨认，只有最开始的几行稍稍能够辨认，上面写道：‘天下之事，有善有恶，任善人则国安，用恶人则国乱。公卿之内，情有爱憎，憎者唯见其恶，爱者唯见其善。爱憎之间，所宜详慎，若爱而知其恶，憎而知其善，去邪勿疑，任贤勿贰，可以兴矣。’这就是他遗下的奏表，可是朕考虑自己难免会犯这种错误。你们可以把这句话写在笏上，知道朕的过错一定要劝谏。”