南北两路唐军都取得了辉煌的战果，但还有两路唐军却并没有取得预期的战果。一路是赤水道行军总管、岷州都督李道彦所部；另一路是盐泽道行军总管、利州刺史高甑生所部。李靖在向吐谷浑发动总攻之前，曾给党项人送去大量金银财帛，想让他们给唐军当向导。党项酋长拓跋赤辞来到唐军大营，对唐军众将们说：“隋朝人言而无信，总是抢掠我们，如今，各路唐军假如没有二心，我一定会给大军供应粮草，如若不然，我将率军占据险要，切断大军的通路。”李靖率领众将与拓跋赤辞歃血为盟，然而，当李道彦所部行至阔水（唐朝的党项羁縻州阔州境内，今四川省松潘县西）时，看到党项人毫无防备，顿生歹意，向党项人发起了突然袭击，缴获了数千头牛羊。李道彦这一短视之举立即点燃起各部羌人的怒火，他们集结在野狐峡（今甘肃省迭部县达拉），挡住了唐军的去路。李道彦与羌人交战，结果大败，唐军被杀数万人，只好退守松州（今四川省松潘县）。左骁卫将军潘兴逗留不进，误了军期，所部损失最多。七月二十二日，李道彦和潘兴二人均被判为死刑减轻一等，流放到边地。
高甑生所部也耽误了军期。高甑生在三月曾进攻叛羌，此后再无消息，直到七月七日，该路军副总管刘德敏还在和叛羌缠斗，而李靖在一个月之前已平定了吐谷浑。李靖之所以能够顺利进入吐谷浑腹地，与其拉拢党项等羌人有很大关系，但高甑生途经洮州时，洮州羌人却发动了叛乱，他当然不能坐视不顾，对羌人采取了武力镇压的政策，然而，这一政策却让其深陷泥潭，无法按期到达预定区域。李靖以军法对高甑生予以追究，高甑生怀恨在心，回到长安以后，就与广州都督府长史唐奉义一起向唐太宗诬告李靖谋反。
唐太宗与李靖的私交并不深，玄武门之变时，唐太宗曾请李靖给自己出谋划策，却遭到李靖的拒绝。在李靖灭掉突厥后，温彦博就曾举报李靖治军不严，唐太宗当面把李靖痛斥了一顿，此后，李靖虽然官拜尚书右仆射，但在讨论军国大事时，他“恂恂然似不能言”，当了几年尚书右仆射后，李靖又以年老体弱为由主动提出辞职，其实这一年他才六十三岁，这都是李靖的全身避祸之道。几年前，李靖灭掉突厥时受人诬陷，如今，立下大功的他再度官司缠身，并且，这一次，唐太宗命令司法部门彻查此事，经过一番折腾，却查无实据。八月十七日，高甑生被判处死刑减轻一等，流放边地。
高甑生不仅是秦府旧将，还是一员猛将。还在李世民率军进攻洛阳时，正是他与尉迟敬德、梁建方三将杀入郑军军中，如入无人之境，生擒王世充的侄儿王琬，牵回王琬所骑的骏马。在高甑生被判刑后，有人对唐太宗说：“高甑生是秦王府的旧人，应该予以宽恕。”唐太宗回答：“高甑生违背李靖的将令，又诬陷李靖谋反，如果宽恕此等事，法律还如何实施？况且，自从晋阳起义以来，功臣很多，假如赦免了高甑生，那么以后人人犯法，岂能禁止？我从未忘掉功臣们立下的功劳，正因如此才不敢轻易赦免啊！”经过此事后，李靖更加小心翼翼，他闭门谢客，不问世事，即使是亲戚很难见上他一面。
唐太宗派使者前往大斗拔谷（今甘肃省山丹县境内）慰问远征军将士们，薛万均竟然诋毁曾经救过自己性命的契苾何力，把功劳算到自己头上。契苾何力忍无可忍，从座上站起，抽出佩刀，就要杀掉薛万均，众将见状，赶忙拦住。使者回朝后，向唐太宗汇报了此事，唐太宗责备契苾何力，契苾何力这才将事情的原委说了一遍。唐太宗得知实情后不禁勃然大怒，打算把薛万均的官职让给契苾何力，契苾何力坚决推辞，说道：“陛下因臣的缘故而免去了薛万均的官职，少数民族部众没有见识，肯定会认为陛下重视少数民族而轻视汉族，以讹传讹，民族矛盾会越来越深。另外，还将会让少数民族认为汉族将帅的素质都像薛万均这样，会产生轻视汉族之心。”唐太宗连连称善，对契苾何力非常欣赏，不仅就改任他统领北门禁卫军，代理城门驻军司令，还把宗室之女临洮公主嫁给了他。
一百五十四、吐蕃崛起
贞观九年唐朝平定吐谷浑几乎与处理唐高祖李渊的丧事同时进行着。
等到安葬唐高祖李渊之后，唐太宗又想起了曾是李渊心腹旧臣、已靠边站了5年的萧瑀，到了十一月二十六日，他下诏以光禄大夫萧瑀为特进，参预政事。他说：“武德六年以后，高祖有废立之心，但一直没有定下来，兄弟们不容我，当时的确有功高不赏之忧，萧瑀为人不受利益引诱，不怕死亡威胁，真是位社稷之臣啊！”遂赏赐给萧瑀一首诗：“疾风知劲草，板荡识诚臣。”并说：“爱卿的忠诚正直是古人也比不过的，然而就是善恶分得太清，有时也不太好。”魏征道：“萧瑀独立特行，与众人对抗，只有陛下深知他的忠诚，假如他没有遇到圣明的陛下，恐怕难以免祸。”
唐朝五月份册立慕容顺为吐谷浑王之后，仅仅过去十天，慕容顺就被吐谷浑部众杀了。慕容顺的儿子燕王诺曷钵继位，诺曷钵年幼，吐谷浑国内派系斗争激烈，一片混乱。十二月，唐太宗下诏命令兵部尚书侯君集等率军再次进入吐谷浑国，先向各股势力派人劝慰，如果不听从命令，唐军再进行讨伐。
在唐军的直接干预下，吐谷浑国内秩序渐趋稳定。贞观十年（公元636年）三月，诺曷钵请求唐朝颁布唐朝日历，尊奉唐朝的年号，并向唐朝派来子弟充当人质。唐太宗接受了诺曷钵的请求，随即颁发了《宥吐谷浑制》，正式册命诺曷钵为河源郡王、乌地也拔勤豆可汗，至此，吐谷浑国也成为唐朝的一个附属国。到了该年十二月，诺曷钵又前往长安觐见唐太宗，并向唐朝求婚，十一年十一月，又献上一万三千头牛羊，双方之间的关系步入蜜月期。
经过数年的努力，唐太宗相继平定了突厥、吐谷浑，安定了中国北方和西北方，然而，就在此时，在吐谷浑国的南面即如今的西藏地区兴起了一个强大的政权——吐蕃。