不过，在刑狱方面，唐太宗也不是没有做过错事。
贞观二年，交州都督、遂安公李寿因贪婪而得罪，唐太宗觉得瀛州（今河北省河间市）刺史卢祖尚是个文武全才，又清廉正直，遂将其征召入朝，对他说：“交州是个大州，距离京师很远，需要有个好的长官进行管理，你有安抚边疆的才能，为我镇守南方，不要以路远推辞。”卢祖尚拜谢出宫，可不久，他又后悔了，以生病为由推辞不干了。唐太宗派杜如晦以及杜如晦的妻兄周范等人再劝：“就是一介平民尚且讲究诚信，为何你既然答应了朕，却又反悔了呢！最好早早上路，三年之后一定召还你，你不要推辞，我一定守信。”可是，卢祖尚就是不从。十月十五日，唐太宗再次召见卢祖尚，当面劝说，卢祖尚还是推辞不干，坚称：“岭南有瘴气，需要终日饮酒，臣不会喝酒，肯定会死在那里。”卢祖尚的话惹得唐太宗勃然大怒，说道：“我连个人都指挥不动，将如何治理天下！”当即下令把卢祖尚就地斩杀。卢祖尚年轻时就勇力过人，在李孝恭讨伐辅公祏之战中，他担任前军总管，立下大功，后历任蒋州刺史、寿州都督、瀛州刺史，是个不可多的文武全才，他被杀时才三十多岁。当然，卢祖尚既不是李渊的嫡系，更不是唐太宗的嫡系，唐太宗杀起来也不心疼。
卢祖尚被杀不久，唐太宗与侍臣们探讨：“北齐文宣帝高洋是个什么样的人？”魏征回答：“文宣帝狂暴，然而他与人争论，理屈后就会听从他人的意见。有一个前任青州长史叫魏恺的出使南梁回国后，被任命为光州长史，却拒绝上任，杨愔提出弹劾。文宣帝大怒，把魏恺召来问话，魏恺说：‘臣过去担任大州的长史，出使回国后，有功劳没有过失，却仅仅得到了一个小州的长史，这是臣不上任的原因。’文宣帝听了，对杨愔说：‘这话有道理，你放了他。’这就是他的长处。”唐太宗听后说道：“确实。近期虽然卢祖尚不像个当臣子的，但我杀了他也太残暴了，以此而言，我还不如高洋呢！”遂下令恢复了卢祖尚的官爵和荫子。按：唐代荫子制度：职事官一品的，儿子的散阶为正七品上，二品子为正七品下，自三品起始有正从之分，其子所叙品阶递降一阶，从五品子从八品叙。严格说，门荫只限于五品以上官员，但是对六品至九品官，也给予一定的照顾，他们的子弟可以“品子”身分服职役后获得做官资格。大多数高官子弟在取得散阶后，要充任三卫、千牛备身、殿中省进马、太庙及郊社斋郎等职，然后逐步升迁；国子监下设的六学、门下省弘文馆、太子东宫崇文馆也多由高官子弟荫补。
一百三十九、贞观初年（7）
由于唐太宗担心宰相专权，不仅从制度采取分权制衡，而且还大肆鼓励御史们进行监督。
治书侍御史权万纪，其兄权弘寿曾担任秦王府长史，深得李世民的信任，而权万纪性格刚正，喜欢直言，他担任侍御史以来，与侍御史李仁发一起忠于职守，不避权贵，深得唐太宗的礼遇。他曾弹劾房玄龄、王珪、魏征、温彦博等人，贞观初期朝廷执政大臣几乎无一幸免，经常受到唐太宗的斥责。房玄龄和王珪负责选拔人才，权万纪弹劾二人选举不公，唐太宗命令侯君集负责调查。魏征劝谏道：“房玄龄和王珪都是朝廷旧臣，素来忠心耿耿，正直无私，深受陛下的厚遇，他们考核的人员多了，其中岂能没有一两个不当的？但探究其间的情节，并非是二人故意包庇。假如仅仅据此就推翻二人考核的全部结果，那么二人岂能再被委以重任？况且，权万纪一直也参与了考核，为何不及时指出？等他不参与考核后，才开始弹劾，这就是为了激怒陛下，并非为国尽忠。就算查出是真，对朝廷也没有什么好处；如若是假，也会令重臣寒心。臣爱惜的是治国的大道，不敢袒护他们二人。”唐太宗才下令停止追查。
河内人李好德精神不正常，口出狂言，被人告发，贞观五年（公元631年）八月，唐太宗下诏命令有关部门予以追究。大理丞张蕴古上奏：“李好德身患疾病，依法应予免刑。”治书侍御史权万纪弹劾道：“张蕴古的籍贯在相州，李好德的哥哥李厚德是相州刺史，肯定是其徇私枉法，未依法处理。”唐太宗听后大怒，遂不假思索就下令将张蕴古斩首，不久，他就又后悔了，下诏：“从今往后，有死罪的，即使我下令当即斩杀的，也要经过三次上报以后，再行刑。”
监督与被监督本身就是一对矛盾：监督过分，就有越俎代庖之嫌；监督不力，又形同虚设。权万纪等人的监督，符合唐太宗削弱相权的指导思想，虽然遭到魏征的反对，但唐太宗并没有改变。张蕴古被杀事件后，魏征又劝谏道：“权万纪等人就是一些得志小人，不识治国大体，把揭发当作正直，以进谗为忠诚。陛下您并非不知道他们不足委以重任，只是取其不避权贵，想要警戒群臣罢了，可是，权万纪等人却依仗陛下的信任，包藏祸心，他们弹劾的，均没有罪过。陛下纵然不能推出好的榜样来移风易俗，又为何要亲昵这些奸臣而自毁形象呢！”唐太宗听了，只是沉默不语，赏赐魏征五百匹绢，不了了之。
贞观五年十二月，唐太宗对侍臣们说：“因为死刑很重，朕才命令三次上报，就是为了深思熟虑啊，可是，在实际执行中，有关人员片刻之间就上报了三次，也就失去了设置这一制度的价值。另外，在古代，诛杀犯人，君主要撤去音乐，减少饭菜，我吃饭的时候本来就没有常设的乐队，遇到上述情形，我还是会不吃酒肉的，只不过没有明文规定罢了。还有，法官断案时，只能依据法律条文，就算情有可原的，也不敢违法判案，这样下来，判决的案件岂能没有冤枉的？”二日，唐太宗下诏规定：“凡是在京师执行死刑的案件，在行刑前两天之内要向皇帝汇报五次，经过皇帝五次批准才可行刑，由各州处决的犯人，则要经过三次汇报。行刑当天，皇宫主管膳食的不得安排酒肉，内教坊和太常不得演奏音乐，一律由门下省监督。依法当死，但情有可原的，要专门汇报。”于是，有很多罪犯得以免死。五复奏的案件，在行刑前一两日内复奏两次，临刑当天，复奏三次，犯恶逆大罪（谋杀长辈之罪）的只复奏一次。唐太宗对执政大臣们说：“朕经常担心自己会因喜怒而随意进行赏罚，因此才想让你们极力劝谏。你们也要做到能接受别人的劝谏，不要自己想干什么，讨厌别人违背自己的意愿。假如你们自己就不能接受谏言，又怎能劝谏别人呢？”