天策府司马宇文士及从东上阁门出宫宣布诏书，局面才平定了下来。李渊又命令黄门侍郎裴矩（据《旧唐书》的记载，此时裴矩的职务是太子詹事兼检校侍中）来到东宫命令东宫将士们，东宫将士这才各自散去。
这时，李渊才把李世民召来，抚摸着李世民的脊背说道：“这些天来，我差一点犯下了‘投杼’的错误（曾母投杼，意思是说自己差一点听信了流言，冤枉了好人）。”
李世民跪在地上，把脸贴在李渊的胸前，吮吸李渊的『乳』头，嚎啕大哭了很久。
当天，李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、巨鹿王李承义；李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度全部被杀，并把他们从皇家户口中剔除。
这就是旧史上描述的玄武门之变的整个过程。
然而，仔细研读这些记载，我们会产生很多不尽合理的地方：玄武门是皇宫的北门，李世民等人是这么把军队埋伏到玄武门内的呢？李世民究竟带了多少兵？是旧史上说的仅仅九个人吗？（如《新唐书?李建成传》称：“迟明，乘马至玄武门，秦王先至，以勇士九人自卫。”）还是尉迟敬德说的已有八百多人入宫了呢？所谓的玄武门之变，主战场是在玄武门还是在临湖殿？既然李世民已经伏兵于玄武门了，难道就没有一丝动静？外人竟然没有觉察出一丝反常？裴寂等人究竟是李渊召来的还是得手后的李世民召来的呢？李建成和李元吉在临湖殿究竟看到了什么，让他们大为惊恐，拨马而回？冯立等人既然在率军围攻玄武门之前就已经得知李建成已经被杀的消息，为何在尉迟敬德把李建成和李元吉的人头向士兵们展示以后，东宫、齐王府的士兵们会散去呢？为何李世民又要令尉迟敬德从李渊手中索取手诏，先后由宇文士及和裴矩二人安抚，大家才散掉？当李世民等人诛杀李建成和李元吉时，李渊为何没有听到动静？宫中禁卫军又去向了何方？竟然无人向李渊禀报？如果李渊当时没有失去人身自由，他身边又有这几位位高权重的近臣，岂能不会出面弹压？既然早已约定好了今日审理此事，为何一大早李渊要泛舟湖上？当尉迟敬德来到李渊那里时，李渊已不在湖上了，那李渊到了哪里？如果他当时还有自由，为何不有所作为？如果没有了自由，又是何人把他挟持到了某地？李世民射杀李建成、尉迟敬德射杀李元吉之后，尉迟敬德先到玄武门展示二人的人头，而后又闯入李渊身边索要手诏，在这一大段时间里，李世民又在何处？李渊身为皇帝，身边当有数百贴身卫士，岂容尉迟敬德径直闯入？当李元吉劝说李建成暂时观望时，李建成为何要执意与李元吉一起入宫？李建成和李元吉身边的谋士们诸如魏征又在何处？竟无一言相劝？还是李建成和李元吉身边的人都一味劝说二人入宫？玄武门之变到底是李世民被逼之下发动的还是蓄谋已久的？在整个事变中，李世民究竟是怎么部署的？他是否控制了李渊？如果是，那么是先控制了李渊而后才杀死了李建成和李元吉还是相反？在紧急关头，精于骑射的李元吉为何拉不满自己的强弓？他的弓箭是否已提前被人做了手脚？正如以前的“杨文干事件”、“毒酒事件”、“昆明池密谋”、“傅奕密奏”、“秦王密奏”一样，高祖的“泛舟池上”又有多少真实性呢？
带着种种疑问，我们不得不回过头来再次梳理一下李建成、李元吉集团与李世民集团这几年来在争夺皇位继承人的斗争中各自采取了什么手段，总结起来，双方的手段大体相同：一是都争取朝中重臣的支持。在朝廷中，尚书左仆射裴寂和中书令封德彝倾向于太子李建成，但封德彝做得更为隐秘，以至于在他生前李世民始终没有发现；而内史令萧瑀和侍中陈叔达则倾向于李世民。萧瑀是隋炀帝萧皇后的弟弟，又是李渊、隋炀帝母亲独孤氏娘家的女婿，李渊对他非常看重，史称：“时军国草创，方隅未宁，高祖乃委以心腹，凡诸政务，莫不关掌。高祖每临轩听政，必赐升御榻，瑀既独孤氏之婿，与语呼之为萧郎。”二是争取宫中嫔妃的支持。李建成和李元吉拉拢宫中嫔妃，自不待言，李世民也没有闲着，不过，他做得更加隐秘，拉拢不到高祖身边的红人，他就退而求其次，拉拢一些并不显眼、但不见得起不到作用的人，如《旧唐书?长孙皇后传》称：“后孝事高祖，恭顺妃嫔，尽力弥缝，以存内助。”三是罗织党羽。不论是在京师还是在地方，双方都大肆培植自己的势力。四是挖对方的墙角。这在以前也提到过，但对比李建成和李世民的做法，李建成一上来就要挖秦王府的主要将领尉迟敬德、段志玄等人，这不仅成功的可能性很小，而且还暴露了己方的动向，可谓得不偿失。细节决定成败，同样的，在这件事上，李世民就做得更加高明，他没有从太子、齐王一党的骨干力量入手，而是暗中收买了更低一层的人。这些人原本地位就低，容易产生投机心理；主子对他们的恩典不多，更易被收买；收买他们目标不大，比较隐秘；令他们做内线，不见得就探听不到绝密信息，可以说是投入少，而产出多。比如，陈寅恪在巴黎图书馆见到李义府撰的《常何墓志铭》称：“七年,奉太宗令追入京,赐金刀子一枚,黄金卅挺,令于北门领健儿长上,仍以数十金刀子委公赐骁勇之夫,趋奉藩朝,参闻霸略,承解衣之厚遇,申绕帐之深诚。九年六月四日令总北门之寄。”该墓志铭透露出起码几点信息：一、李世民收买了常何，并命常何在禁卫军中培植心腹，采用的手段就是送钱；二、玄武门事变这一天，是常何率军在玄武门值班的。再如，太子率更丞王晊也被李世民所收买，当李建成与李元吉密谋在昆明池杀死李世民时，李世民很快就知道了。又如，当李元吉打算派人刺杀尉迟敬德时，尉迟敬德也提前得到了消息，这也说明齐王府内也有李世民的内鬼。