当初，窦建德杀掉宇文化及之后，隋炀帝的女儿南阳公主与宇文士及生有一子，取名宇文禅师，窦建德的虎贲郎将於士澄问南阳公主道：“宇文化及大逆，按照法律，他的侄儿也该受到牵连被杀，假如您割舍不掉禅师，我将替您从中周旋。”南阳公主哭着说道：“虎贲你既然是我大隋的贵臣，这种事情还用多问？”窦建德遂下令杀了宇文禅师。国破家亡的南阳公主万念俱灰，不久就削发为尼了。等到齐善行投降后，南阳公主也随之一起被送往长安，途径洛阳，遇到了他的丈夫宇文士及。此时的宇文士及在新朝中因与李渊的特殊关系，再加上其妹又是李渊宠爱的宇文昭仪，因此是如鱼得水，甚至比他在隋朝还受到重用。他请求与公主再见一面，但公主却拒不同意。宇文士及站在门外，恳请二人重归于好，再做夫妻。公主说：“我和你是仇人，如今之所以没有亲手杀死你，是因为你哥哥杀害我父皇时，你并不知情。”呵斥令其速速离开。宇文士及再三恳请，公主发怒道：“你要真想死，那就来见吧！”宇文士及知道公主根本不可能屈从，只好拜别而去。

五月二十一日，王世充的徐州行台杞王王世辩献出徐州（今江苏省徐州市）、宋州（今河南省商丘市）等三十八个州向唐朝河南道安抚大使任瓌投降，至此，王世充在河南的统治区全部被平定。六月十九日，李渊任命右骁卫将军盛彦师为宋州总管，命其安抚刚刚归降的河南地区。六月二十九日，海州（今江苏省东海县）变民头领臧君相献上自己占领的五个州，也向唐朝投降，李渊任命其为海州总管。与此同时，齐善行降唐之后，窦建德的博州（今山东省聊城市）刺史冯士羡又推举被俘的唐淮安王李神通为慰抚山东使，接连招降了三十多个州，原窦建德统治区也全部降唐。李渊任命陈君宾为洺州刺史，以将军秦武通等人率军来到洺州，打算分兵驻守河北各州；又以郑善果等人为慰抚大使，在洺州就地选任地方官员。

到了七月五日，郑国襄州行台王弘烈、王泰、左仆射豆卢行褒、右仆射苏世长也献出襄州降唐。李渊与豆卢行褒和苏世长二人都是老相识，过去曾多次下书招降二人，但豆卢行褒杀掉了好几个唐朝使者，等到王弘烈一行来到长安之后，惯于杀降的李渊下令将豆卢行褒杀掉，又当面斥责苏世长来晚了。苏世长灵机一动，说道：“隋朝失去权柄，天下之人都起来争抢，陛下您既然已经得到了，岂能再追恨那些与您一起追赶之人、追究与您争夺一块肉的罪过呢？”李渊听了，不禁哑然失笑，就放了他，任命其为谏议大夫。后来，一次，苏世长侍从李渊在高陵（今陕西省高陵县）打猎，打了很多野兽，李渊看了看群臣，说道：“今天打猎，大家高兴吧？”苏世长讽刺道：“陛下外出打猎，荒废了政务，我们出来还不足一百天呢，实在说不上高兴！”李渊听后，顿时脸色大变，不一会儿，他又转怒为喜，笑道：“你疯癫的老毛病又犯了是不？”苏世长回答：“对我自己来说确实是疯癫，但对于陛下您而言，则是莫大的忠诚。”还有一次，苏世长在披香殿陪着李渊喝酒，酒酣耳热之际，苏世长对李渊说道：“这座大殿是隋炀帝修的么？”李渊也是聪明人，当即就明白了他想要说什么，回答：“你劝谏的这些话看似忠诚，但其实却很诡诈，你难道不知道这座大殿是朕下令建造的吗？为何故意说是隋炀帝建的？”苏世长说道：“臣的确不知，只是我看到它与倾宫、鹿台（均为商纣王所建）一样华丽，不是创业之君该建的，所以才说出此言。如果真是陛下下令建造的，确实是不应该的。臣昔日在武功的时候就曾侍奉过陛下，那时，陛下居住的房屋仅仅能遮风挡雨，在当时陛下就觉得已经很不错了。如今，继续使用隋朝的宫殿，这本来就已经够奢侈了，反而还加以增修，如此一来，又怎能改正隋朝的过失呢？”我们都知道唐太宗身边有一个魏征，而苏世长就是唐高宗的魏征。

七月九日，得胜还朝的秦王李世民率军回到了长安。从去年七月出征，到如今，过去了整整一年，在这一年里，李世民率领唐军主力，一举而生擒两主，灭掉两个大国，立下了赫赫战功。立下如此大功的李世民，这一年，年仅二十四岁。只见他身披黄金铠甲，在他的身后紧紧跟随着齐王李元吉、李世勣等二十五员大将，再后面是一万铁甲骑兵和三万全副武装的步兵，押送着战俘王世充和窦建德以及缴获的隋朝御用物品，吹吹打打，进入城内，在太庙献俘，向先祖报告得胜的消息。李渊当面数落王世充，王世充回答：“臣犯下的大罪固然该死，但秦王曾答应不杀我。”李渊听了，只好作罢。七月十一日，李渊下令废王世充为平民，与其兄弟、儿子、侄儿们一起流放到蜀地；在长安街市将窦建德斩首示众。就此放王世充一马，李渊当然是于心不甘，虽然不好意思公开杀掉，但办法还是有的。李唐朝廷对外宣称押解王世充一行的人员还未凑够，遂把他们暂时关押在雍州官衙之内。独孤机的儿子、定州刺史独孤修德率领兄弟们闯入官衙，称接到圣旨要见郑王，王世充及其哥哥王世恽赶忙从屋内出来，当即被独孤修德等人杀害。事后，李渊仅仅下令免去独孤修德的官职了事，这显然是他在借刀杀人。王氏其余兄弟、侄儿们在流放途中，也被李渊以谋反的罪名全部杀死。