宇文化及杀害隋炀帝以后，打算拥立杨秀为帝，但众人都不同意，遂杀害了杨秀以及他的七个男孩；隋炀帝的次子、齐王杨暕早已失宠，叛乱发生后，隋炀帝对萧皇后说：“难道是阿孩（杨暕的乳名）干的？”而当宇文化及派人来到杨暕的住处时，杨暕也误以为是隋炀帝派人来杀他，说道：“钦差大臣切莫动手，孩儿没有对不起父皇啊！”但叛党并不搭话，将他拖到街上，一刀杀掉，杨暕至死也不知道是谁杀的自己，隋炀帝父子二人之间的误会至死也没能解开，死时三十四岁。叛党又杀死了杨暕的两个儿子以及文昭太子的次子、燕王杨倓。隋朝宗室、外戚，不论老少全部被处死，只有隋炀帝的三弟秦王杨俊的儿子杨浩素来与宇文智及有来往，才得以暂时逃过一劫。

叛党们又诛杀了内史侍郎虞世基、御史大夫裴蕴、左翊卫大将军来护儿、秘书监袁充、右翊卫将军宇文协、千牛宇文皛、梁公萧钜等人以及他们的儿子共计几十人。政变将要发生时，江阳长张惠绍飞奔向裴蕴告密，二人商议谎称圣旨命令江都城内的军队逮捕宇文化及等人，并前往宫城，解救隋炀帝。决定后，裴蕴又派人去告诉虞世基，但虞世基却怀疑张惠绍得到的情报不实，就没有答应。不一会儿的功夫，政变就发生了，裴蕴叹息道：“与虞世基这种人商议大事，果然坏事！”虞世基的同族虞伋对虞世基的儿子符玺郎虞熙说：“世事如此，我带你南逃，一起死掉又有什么益处？”虞熙回答：“抛下父亲、背弃君主，又能到哪里求生呢？感谢您对我的关怀，从此永别了！”虞世基死时，弟弟虞世南抱住哥哥哭号，请求代替哥哥一死，但宇文化及没有答应。百官都到朝堂上向宇文化及道贺，唯独给事郎许善心不到。许弘仁飞马前去催促：“天子已死，宇文将军摄政，朝堂全体官员都前去道贺，万事都会循环，这与叔父您又有什么关系？叔父又何必郁郁不乐呢？”许善心勃然大怒，执意不去。许弘仁转身上马，流泪而别。宇文化及派人来到许善心家中，把他押到朝堂，不一会儿又放了他，但许善心却掉头就走，也不叩头谢恩，表现出对宇文化及的极度轻蔑。宇文化及大怒，说道：“这人太可气了！”又命人将他拉回，斩杀，死时六十一岁。许善心的老母亲已九十二岁了，她抚摸着儿子的灵柩，没有落下一滴眼泪，说道：“能为国难而死，真不愧是我的儿子！”遂卧床绝食，十几天后也死掉了。被李密杀掉的箕山府郎将张季珣，还有两个弟弟，一个叫张仲琰，另一个叫张琮。唐王李渊入关时，张仲琰担任上洛令，率领军民据守，结果被部下所杀；张琮担任隋炀帝的千牛左右，此时也被宇文化及所杀。来护儿的长子、朝散大夫来楷，次子果毅郎将、金紫光禄大夫来弘，六子虎贲郎将、右光禄大夫来整全部遇害，其中，来整非常骁勇，在讨伐变民时，因作战勇敢，而被变民传唱：“长白山头百战场，十十五五把长枪，不畏官军十万众，只畏荣公第六郎。”来护儿的小儿子来恒、来济因年少而得以幸免。后来，来济在唐太宗时与令狐德棻一起写作了《晋书》，二兄弟在唐高宗时相继当上了宰相。

宇文化及政变后，苏威主动前去参拜。苏威素来名气很大，又已年迈，宇文化及故意在大庭广众之下接见了苏威，对他非常尊重；黄门侍郎裴矩早就知道会有这一天，所以，对人处事姿态很低，即便是对仆人也都非常谦和，他还建议给骁果们娶妻，因此，等到政变发生时，乱兵把他抓到孟景那里，骁果们一见都说：“这不是裴黄门的罪过！”不久，宇文化及兄弟率领数百骑兵路过，裴矩连忙跪在宇文化及的马前，宇文化及安慰了裴矩一番，就放了他。右候卫大将军赵才因劝谏隋炀帝而被疏远，政变发生时，他在北苑领兵，宇文化及派席德方谎称圣旨将他骗出，囚禁在宇文化及那里，宇文化及对他解释说：“今天之事，确实是出于无奈。”赵才默然不语。宇文化及非常恼火，想杀掉他，但又考虑到赵才在士兵们中间的威望，只好强忍下来，也没再追究。

政变后，宇文化及自称大丞相，总百揆。以萧皇后的命令拥立秦王杨浩为帝，住在别宫，由宇文化及派兵看守，只在诏命上签字画押，完全是一个受制于宇文化及的傀儡皇帝——与身在长安的受制于李渊的傀儡皇帝、他的堂侄杨侑毫无二致。宇文化及任命弟弟宇文智及为尚书左仆射，宇文士及为内史令，以裴矩为尚书右仆射。

宇文化及以左武卫将军陈稜为江都太守，负责江都留守事宜。三月二十七日，宇文化及下令戒严，开始准备西返长安。皇后六宫还按照过去的那样作为御营，御营前面又设置了一座大帐，宇文化及在大帐内处理事务，仪仗、警卫与皇帝的一样。搜刮江都人的船只，计划取道彭城（今江苏省徐州市）水路西返。宇文化及认为折冲郎将沈光骁勇善战，命其率领给使负责御营的安全。行至显福宫（《嘉庆一统志》：“显福宫在甘泉县东北，隋城外离宫……江都宫在甘泉县西七里，故广陵城内。”据此，显福宫应为江都城东北的离宫），虎贲郎将麦孟才、虎牙郎钱杰与沈光商议：“我等受先帝（指隋炀帝）的厚恩，却不能以死守卫社稷，这是古人最感羞耻的。如今却又甘心听命于仇敌，受其驱使，我们还有什么脸面继续活在世上呢？我一定要杀掉此人，就是死了也没有什么遗憾的！大人是位义士，肯与我等一起起事吗？”“肉飞仙”沈光同样深受隋炀帝的厚爱，听了二人的话，他哭着说道：“这正是我期望将军做的！我率领数百名给使，也都深受先帝厚恩，如今都在宇文化及的内营。以此复仇，如同苍鹰驱赶鸟雀一般容易。万世之功，在此一举，希望将军努力！”麦孟才，字智棱，是奇人兼名将麦铁杖的儿子，像他的父亲一样刚烈。隋炀帝因麦铁杖战死在辽东战场，对麦孟才非常眷顾，破格提拔为虎贲郎将。