除了讨论讨伐高丽之事，回到洛阳的隋炀帝还做了以下几件事：
一是任命老将王仁恭为马邑太守。杨玄感之乱中，因王仁恭的侄儿、虎贲郎将王仲伯加入了杨玄感集团，王仁恭受到牵连而被免官。如今，东突厥不断南下、骚扰隋朝北部边境，隋炀帝又想到了他。王仁恭上任不久，始毕可汗就又率领数万突厥骑兵进攻马邑，并分兵命令两名特勤率军继续南下。当时，马邑城内的隋军不足三千人，王仁恭挑选精锐奋击，突厥人猝不及防，被打得大败。王仁恭乘胜纵兵追击，斩杀了那两名特勤及其手下数千人；后来，突厥人再次攻入定襄（今山西省平鲁区西北），王仁恭率领四千人马掩杀，斩首一千多级，缴获了突厥人大量牲畜。为加强北部边境的防御，隋炀帝又下诏命令自己的表哥、太原留守李渊率领本部人马与王仁恭一起防御突厥。
二是旧态复萌，继续拒谏饰非。隋炀帝回到洛阳后，再反思在雁门时众人的建议，对个别人就气不打一处来了。他对群臣说：“突厥人狂妄无礼，他们能有什么作为？只因一时没有将他们击退，萧瑀就吓得魂不附体，还来吓唬我，决不能饶恕。”当即把他贬为河池郡守，还命当天就离京赴任。候卫将军杨子崇（隋文帝杨坚的同族弟弟、隋炀帝的族叔）侍从隋炀帝在汾阳宫的时候，就担心突厥会突然南下，屡屡请求隋炀帝早日回到京师，当时，隋炀帝固执己见，未予理睬。等到解围后，隋炀帝不是向人家道歉，并鼓励人家以后多多进言，相反，却说：“杨子崇胆小如鼠，惊动人心，不可让此人充当禁军首领。”又把他贬为离石郡守。
三是为逃离东都做好准备。杨玄感之乱中，停留在洛阳的龙舟、水殿全部被叛军焚毁，如今，隋炀帝又下诏命令江都重新再建造数千艘，规模比原来的还大，这显然是为自己南下江都做好准备。除此之外，隋炀帝也为没有忘了东都洛阳周边的安全。绛县（今山西省新绛县）的叛军敬盘陀、柴保昌等部拥有数万人马，骚扰河东地区。十二月二十二日，隋炀帝下诏命令民部尚书樊子盖调发关中军队讨伐。樊子盖作战没有多少谋略，但有一点就是稳扎稳打，因此，从未战败过。他对隋炀帝忠心耿耿，也敢于直言，但却非常残暴，是个杀人不眨眼的主。他率领来到河东地区以后，不分是良民还是变民，从汾河以北开始，见人杀人，见村庄就烧毁；投降的，全部活埋。当地百姓一片惊慌，纷纷反抗，樊子盖率领数万大军到了第二年也未能剿灭变民，相反，变民越剿越多，隋炀帝遂下诏命李渊接替了他的职务。李渊接任后，改变了策略，以安抚为主、打击为辅，变民归降了数万人，剩余的则逃到了其他地方。
不久，樊子盖就病死了，终年七十二岁。隋炀帝问黄门侍郎裴矩：“樊子盖临死前说了什么？”裴矩回答：“樊子盖病重期间，深恨雁门之耻。”隋炀帝听后，喟然叹息，命令百官都去吊唁，参加樊子盖葬礼的就有一万多人。
五十四、窜身江都
大业十二年（公元616年），整个隋朝的局势已无法收拾。
从地域上划分，隋末民变大致可以分为七大区域：
一是河济地区。长白山（今山东省章丘市、邹平县境内）王薄（屡屡被张须陀击败，后相继投降宇文化及、窦建德、唐朝），平原、清河郡一带活动的刘霸道、窦建德、张金称、孙安祖、高士达（其中，张金称火并了孙安祖，刘霸道下落不明）、济北韩进洛、甄宝车（后下落不明），济阴孟海公（后归降窦建德），北海郭方预（曾被张须陀击败，后下落不明），济阴吴海流（后下落不明），东郡吕明星（被费青奴击破），齐郡孟让（转战江淮，被王世充击败，后投奔瓦岗），渤海格谦（自号燕王，后被王世充【一说杨义臣】所杀）、孙宣雅（自号齐王，后曾与王薄、郝孝德、张金称、高士达等部联合进攻章丘、黎阳仓，后不详），邯郸杨公卿（后下落不明），汲郡王德仁（后归顺瓦岗），齐郡左孝友（投降张须陀），
二是江淮地区。东海彭孝才（被董纯所杀），淮南杜伏威、辅公祏（杜后降唐，辅被唐军所杀），彭城张大虎，琅邪郡宋世谟（后下落不明），东海李子通（自称楚王，后被唐军所杀），淮南张起绪（后下落不明），余杭刘元进，吴郡朱燮，晋陵管崇（后三人被王世充所杀），东阳李三儿、向但子。
三是荆襄地区。涿郡卢明月（南下劫掠山东、南阳，后被王世充消灭），朱粲，萧铣（次年起兵巴陵）。
四是山西地区。离石胡刘苗，河东毋端儿，绛县敬盘陀，上谷王须拔，魏刀儿，长平郡司马长安，其后，又有刘武周，梁师都等人。
五是关西地区。灵武白瑜娑，扶风唐弼、李弘芝（称帝）、向海明，延安刘迦伦（称皇王），此后，又有河西李轨、金城薛举。
六是岭南地区。信安郡（今广东省高要市）陈瑱，苍梧郡（今广东省封开县）梁慧尚。
大业十二年的一月一日，各附属国似乎也没有再派来使者，即便是国内该来进贡的各地朝集使也有二十余郡的因变民阻隔而未能来到洛阳，隋炀帝这才开始研究向全国派出十二道使者，调派军队进行镇压。与此同时，他也开始考虑自己的后路了，是西回长安，还是南下江南？思来想去，他更倾向于南下江都，真不行，就把大乱中的中原扔掉，自己南渡长江，当一个陈后主，于是，他下令毗陵（今江苏省常州市）通守路道德调集周边十余郡数万士兵，在郡的东南修建宫殿，方圆十二里，里面建了十六座行宫，大抵与东都洛阳西苑的样式，但又华丽得多。隋炀帝还打算在会稽修筑行宫，这都是在为自己南逃做准备。