韦福嗣等人被送到高阳以后，隋炀帝将他们送交大理寺审判。宇文述上奏道：“对这些大逆不道之徒，理当严加惩处，不然不足以震慑后人。”隋炀帝回答：“那就随你的便吧。”大业九年十二月十五日，宇文述下令在高阳郊外竖下木桩，把韦福嗣等一帮罪犯捆绑在木桩上面，用车轮子套住脖颈，命九品以上的文武百官持刀乱砍或弯弓射箭，韦福嗣等人身上被射得像刺猬一般，身躯也已破碎，但头颅仍套在车轮内。然后，又将他们施以车裂之刑，再举火焚烧，将骨灰散尽。杨积善在临刑前称自己亲手杀死了哥哥杨玄感，希望能免去一死。隋炀帝说道：“这更说明你不过是一个恶毒的枭鸟罢了！”不仅没有免他死罪，而且还将杨家改为枭氏。

隋炀帝虽然扑灭了杨玄感的叛乱，但正如苏威预计的那样，在杨玄感叛乱之后，各地变民纷纷而起，声势也越来越大了。

九月八日，东海百姓彭孝才起兵，拥有数万人马。

十月七日，变民头领吕明星率军包围了东郡（今河南省滑县），虎贲郎将费青奴将其击破。

同月，余杭的变民头领刘元进率军北上，企图过江接应杨玄感，当其行至吴郡时，就传来了杨玄感已被杀的消息，吴郡的变民头领朱燮、管崇奉迎刘元进，拥立他为主。就这样，刘元进就占据了吴郡，自称天子，任命朱燮、管崇为尚书仆射，设置百官，毗陵（今江苏省常州市）、东阳（今浙江省金华市）、会稽（今浙江省绍兴市）、建安（今福建省福州市）等豪强纷纷逮捕地方官员，举兵响应。隋炀帝命令左屯卫大将军吐万绪、光禄大夫鱼俱罗率军南下，前去讨伐。吐万绪，字长绪，代郡鲜卑人。北周时历任抚军将军、少司武。入隋后，历任襄州总管、青州总管、朔州总管、徐州总管、夏州总管。杨广为太子时，引其为左虞候率。隋炀帝继位后，吐万绪因平定杨谅之功而被晋升为左武候将军，后拜为光禄卿。贺若弼一案，引吐万绪作证，吐万绪证明贺若弼无罪，因此吐万绪也被免官。一年以后，隋炀帝又起用他担任东平太守，不久，隋炀帝南巡江都，路过东平，吐万绪拜伏路旁，隋炀帝命其登上龙舟，吐万绪借机叩头向隋炀帝谢罪，隋炀帝大喜，晋升其为金紫光禄大夫。辽东之战中，吐万绪主动请缨，要求担任先锋，隋炀帝拜其为左屯卫大将军，率领数万人马直指盖马道。等到撤离后，吐万绪又被留镇怀远，进位为左光禄大夫。鱼俱罗，冯翊下邽。身长八尺，膂力过人，还是个大嗓门，喊话能声闻数百步，又是个重瞳子。历任大都督、开府、上开府、叠州总管、柱国、丰州总管、赵郡太守等职。后因向朝廷进贡，隋炀帝不接受，鱼俱罗就将贡品送给了朝廷重臣们，因结交内臣而受到了御史的弹劾，隋炀帝大怒，将其除名。第二次讨伐高丽时，隋炀帝任命其为碣石道军将。

刘元进率军进攻润州（今江苏省镇江市）。吐万绪率军推进到润州对岸的扬子津（今江苏省扬州市南长江北岸渡口），刘元进将从茅浦（确址不详）渡江，吐万绪将其击破，并乘胜渡过了长江，背靠长江构筑营栅。第二天，刘元进率军来攻，吐万绪又将其击败，刘元进遂解除了润州之围，向南撤退，吐万绪遂乘胜推进到曲阿（今江苏省丹阳市）。刘元进构筑营栅抵御，双方相持一百多天，此后，吐万绪率军挑战，没等刘元进列好阵势，吐万绪就突然率领骑兵发起了攻击，叛军顿时大乱，被斩杀了数万人，刘元进趁夜逃掉，固守城堡。朱燮、管崇等人驻扎在毗陵（今江苏省常州市），连营一百多里，吐万绪乘胜进击，再次将叛军击破。朱燮、管崇等人退守黄山（今江苏省苏州市西南十五里，又称笔格山），吐万绪将其团团围住，叛军投降。隋军临阵斩杀了管崇、陆顗等五千余人，俘虏三万多叛军家眷，全部送到江都，刘元进、朱燮二人侥幸逃出一命。吐万绪又率军继续南下，解除了会稽之围。鱼俱罗也在吐万绪军中，战无不胜，然而，百姓们再也不愿继续忍受隋朝的暴政了，他们败了以后，又像赶集一样重新聚集起来，人数越来越多。

刘元进退到建安，隋炀帝下令吐万绪继续进剿，吐万绪上书称士兵们已非常疲惫，请求让士兵们休整一段时间，等到来年开春再进兵，隋炀帝很不高兴。鱼俱罗也见天下已经显现出将要大乱的迹象，而几个孩子们还留在京师，担心道路被变民切断，父子不能团聚。当时东都洛阳的米价很贵，鱼俱罗派仆人带了一船大米前往洛阳贩卖，暗中想把几个儿子接到军中。朝廷方面风闻了此事，担心鱼俱罗会发动叛乱，但调查下来却没有任何证据。鱼俱罗是个重瞳子，隋炀帝早就对他心存猜忌，遂下令大理司直梁敬真在军中将其逮捕，送到东都，并诬陷鱼俱罗出师不利。隋炀帝遂下令将其斩首示众，没收全部家产。吐万绪同样也受到了隋炀帝的猜忌，隋炀帝暗中命人搜罗吐万绪的罪名，有关官员就上奏弹劾吐万绪怯战；隋炀帝下令将其征召回京，吐万绪非常气愤，行至永嘉，发病而死。

为了因应越来越严重的国内局势，这一年八月七日，隋炀帝下诏命令各地可以将变民的家产全部没收。这一政策本来的目的是想要震慑变民，但却是一个双刃剑，当时，全国各地到处都有变民，各地地方官手里有了这一政策，遂开始作威作福，生杀自由，动辄将人说成是变民，把人弄得倾家荡产，社会矛盾也更加激化了。