97、南下荆州
曹操在消灭乌桓后，即将目光扫视了西面、南面和内部。
南下是必然的，但在南下之前，势必要想以往那样，先稳定住关中诸将和朝廷内部。关中诸将以前将军马腾和镇西将军韩遂为最强，二人还结为异性兄弟，在乱世中相互取暖，但是后来，二人的手下因为相互争斗，进而让二人关系开始恶化，最终变为仇敌。许都朝廷命令司隶校尉钟繇、凉州刺史韦端前去调解，并让马腾移防槐里（今陕西省兴平县）。曹操决心南征荆州后，先派张既前去说服马腾，让其脱离部队，前往许都上任，马腾当时答应了，但不久，又有点犹豫。曹操担心马腾会中途变卦，下令沿途各县准备好充足的粮食，并命二千石高官在郊外迎接，马腾不得已留下儿子马超统领军队，自己率领家眷来到了许都。马腾来到许都后，曹操即上表汉献帝，任命其为卫尉，又以马超为偏将军，统领在槐里的旧部。
在内部，曹操一方面加紧调兵遣将，为即将到来的战斗做好准备，另一方面则加大了清除异己势力的力度。曹操命令荡寇将军张辽率军南下，进驻长社（今河南省长葛市东）；虎威将军于禁进驻颍阴（今河南省许昌市）；折冲将军乐进驻扎在阳翟（今河南省禹州市）。张辽军出发前，军中有人谋反，趁夜纵火作乱，全军顿时一片惊扰。张辽对身边的侍从说：“都不许动！这并非全军都反了，一定是有人在搞鬼，想扰乱军心而已。”于是，传令全军：不反的，静坐不动！张辽亲自率领数十名亲兵，站在军营中间。不一会儿，全军就安定了下来，抓获了叛乱分子，全部斩首。张辽、于禁、乐进三将相不服气，曹操命令主簿赵俨当三军共同的参军，负责协调三将的关系，在他的调和下，三将又重归于好。
在清除异己势力方面，曹操杀害了名重一时的太中大夫孔融。
孔融自恃才能、名望，屡屡戏弄曹操，令曹操非常不满。曹军攻陷邺城后，袁氏家族的妇女很多都被曹操家的人掳掠为妻妾，曹丕私自纳了袁熙的妻子甄氏。孔融听说后给曹操写信，信中引用了一句貌似典故的话：周武王伐纣后，把妲己赏赐给了周公。曹操看后，搞得丈二和尚摸不着头脑，回信询问出自哪部经典。孔融回复道：“我是根据当前发生的事，私下推测的。”后来曹操率军北伐乌桓，孔融又写信嘲弄道：“大军远征，过去，肃慎不向周朝进贡楛矢，丁零人还偷了苏武的牛羊，可以一并予以惩处。”当时，天下饥荒，粮食短缺，曹操下令禁酒，但孔融身为名士，一刻也离不开喝酒，遂屡屡写信劝阻，信中说了很多嘲讽曹操的话。等到曹操消灭乌桓后，逐渐显露出奸雄的本色，孔融更是牢骚满腹，对曹操是冷嘲热讽，又曾向汉献帝提议按照古代的制度，在京畿方圆一千里之内不得建立封国。如果按照孔融的建议，邺城与许都相距五百多里，曹操也不得居住在邺城了。这一动议立即引起了曹操的警觉，过去，虽说孔融不时对自己进行人身攻击，那倒也罢了，如今，曹操突然发现孔融竟然开始插手政治了，这令他对孔融越发忌惮起来。
侍中、光禄勋郗虑素来与孔融不和，一次汉献帝把二人召来，问孔融：“郗虑有什么优点？”孔融回答：“可以与他一起研讨理论问题，但不可给他实权。”郗虑听了，当时就急了，起身反唇相讥：“昔日，孔融当北海相，致使百姓流离失所，给他的实权又有什么用！”一句话说到孔融的痛处，两人从此形同水火，曹操又从中进一步挑拨二人的关系。在曹操的挑拨下，郗虑逐渐开始死心塌地地替曹操卖命，曹操罢免司徒赵温，就是派此人宣布的诏书。
曹操当上丞相后，于同年八月二十四日，即以汉献帝之名任命郗虑为御史大夫。郗虑善于察言观色，当上御史大夫不久，即暗示军谋祭酒路粹上书弹劾孔融，提出了他条大罪：一是在北海时招募军队，图谋不轨；二是与孙权写信，诽谤朝廷；三是身为朝廷命官，却不遵守朝廷礼仪，经常便装出行；四是曾与祢衡一起口出狂言说：“父亲与儿子有什么可亲的？从开始时，只不过是情欲发作而已。儿子与母亲又是怎样？就仿佛是在缸中盛的一件东西而已，拿出来以后就没什么关系了。”还与祢衡二人相互夸耀，祢衡对孔融说：“孔子没死。”孔融回答：“颜回复活。”这些均大逆不道，理应被斩杀。
八月二十九日，曹操下令将其斩杀。死时五十六岁。孔融有一儿一女，儿子九岁，女儿七岁，因年幼被寄养的别处。孔融被逮捕时，两个孩子正在下棋，一动不动，身边的人问道：“你们的父亲被逮捕了，你们为何一动不动？”回答：“覆巢之下安有完卵？”主人家有一碗肉汁，哥哥口渴了想要喝，妹妹说：“今日我家遭遇如此大祸，你我岂能活下去，还需要尝尝肉的滋味吗？”哥哥听后大哭，放下了碗。有人向曹操报告，曹操遂下令将两个孩子都杀了。等到官吏来后，妹妹对哥哥说：“如果死人还有知觉，在地下能见到父母，这岂不是我最大的愿望！”遂引颈就死，神色不变。人们听到后，无不伤心落泪。过去，京兆人脂习与孔融关系密切，认为孔融性格过于刚直，势必会招致大祸。等到孔融死后，许都无人敢去收尸。脂习抚摸着孔融的尸体大哭道：“孔文举离我而去，我活着还有什么意义！”曹操下令逮捕了脂习，后又将其放了，迁至许都东面土桥下居住。后来，曹操见到脂习后，脂习谢罪，曹操说：“元升（脂习的字），你是故作慷慨！”遂将其迁到新居，并赏赐了一百斛谷子。曹丕对孔融非常欣赏，每次翻阅孔融的文章，总是叹息说道：“这是杨雄、班固之类的才子啊！”曹丕称帝后，特意下令搜集孔融散落在民间的文章，凡是上缴的均赏赐金银财帛；他还觉得脂习像栾布那样有气节，任命其为中散大夫。孔融被杀后，特意写了《宣示孔融罪状令》，发给各地，以平息社会舆论。
在曹操诛杀孔融之前，就向荀彧问计，荀彧说：“如今河北已经平定，南方也自知处境不妙了。可以大张旗鼓地从宛城、叶县一带出兵，而另行从小路倍道兼行，出其不意，迅速南下。”曹操遂于七月下令军队开赴前线，开始了南征刘表的战役，并另外派兵从合肥南下，以牵制孙权。
听到曹军大举南下的消息后，荆州内部一片混乱，孙权又在咫尺之遥的夏口虎视眈眈，这让曹操不得不加快行动的步伐，抢在孙权前面拿下荆州！就在曹军大举南下不久，荆州又传来了噩耗：一病不起的荆州牧刘表竟然于八月病死了！
《魏略》及《英雄记》均记载，在刘表病重期间，他曾将荆州托付给了刘备，他把刘备叫到床榻跟前，说：“我的儿子们都没有什么才能，而众将也都去世了，等我死以后，你就接管荆州。”刘表与蔡夫人早就钟意于次子刘琮，“外表儒雅、而心多疑忌”的刘表怎会在临终之际垂青于他一直猜疑的刘备呢？显然，面对内忧外患，刘表深知只有团结刘备，才能抵御外侮，他临终时这一番话，只不过是在演戏，告诫刘备不要趁火打劫。刘备当即表示：“您的儿子们都很贤能，你要好好养病。”刘表死后，有人（可能是诸葛亮，见下）劝说刘备接管荆州，刘表说：“此人对我很优厚，如今这样，人们就会说我刻薄，不可。”其实，荆州高层大部分人是降曹派，对刘备并不感冒，因此，即使刘备想袭占荆州，也是有很大难度的。
大战之前，刘表病死，这令荆州政局更是雪上加霜。蔡瑁、张允等人拥立刘琮为荆州牧，为了安抚刘琦，刘琮把父亲武成侯的印绶送给刘琦，刘琦大怒，把印绶扔到地上，将趁奔丧之机突袭襄阳。刚好曹军来到，刘琦遂率领本部人马逃奔到了长江南岸。
章陵太守蒯越、东曹掾傅巽以及韩嵩等人劝刘琮投降曹操，刘琮说：“今与各位占据整个荆州，守住亡父留下的基业，以观天下成败，这不是很好吗？”傅巽说：“顺逆有一定的规律，强弱是一定的走势。以人臣去对抗君主，这就是忤逆；以刚刚接管的荆州去对抗中原，肯定危险；以刘备去抵御曹公，也是打不过的。从这三方面来看，我们都处于劣势，将如何阻挡敌人？况且，将军自忖与刘备相比如何？”刘琮回答：“不如。”傅巽又说：“如果刘备都打不过曹公，那么，我们把整个荆州的力量都用上，也是打不过的；如果刘备能打过曹公，也肯定不会屈居将军您之下。请将军不要再迟疑了！”《三国志·王粲传》以及注引的《文士传》也记载，王粲也参与劝说刘琮一事。于是，刘琮听从了。
曹操得知刘表已死，遂亲自率领轻装骑兵奔赴襄阳。九月，曹操来到新野，刘琮遂派人带来符节，向曹操投降。曹军众将都觉得其中有诈，曹操征求娄圭的意见，娄圭回答：“天下大乱，各个割据一方的军阀都贪图朝廷之命以自重，如今，刘琮把朝廷授予的符节都送来了，这肯定不假。”于是，曹操遂发兵南下。