夏侯渊回到大本营后，曹操即拜其为典军校尉。济南、乐安的黄巾余党徐和、司马俱等人也趁乱再起，攻杀郡县长官，曹操命令夏侯渊率领泰山郡、齐国、平原郡的部队前去讨伐，大破徐和，平定了各县。《三国志·臧霸传》称：“霸等执义征暴，清定海岱，功莫大焉，皆封列侯。霸为都亭侯，加威虏将军。又与于禁讨昌豨，与夏侯渊讨黄巾余贼徐和等，有功，迁徐州刺史。”另据《三国志·何夔传》称：“徵还，参丞相军事。海贼郭祖寇暴乐安、济南界，州郡苦之。太祖以夔前在长广有威信，拜乐安太守。到官数月，诸城悉平。”郭祖事也可能在此期间，也可能是以后的事。
经过近半年的征讨，曹操平定了青徐叛乱。也许是昌豨的再度叛乱以及臧霸、于禁二人在叛乱中截然不同的态度，让曹操感到控制诸将人质的必要性。李典宗族三千多家居住在乘氏（今山东省巨野县西南），战后，李典就主动向曹操提出愿意将家族全部迁居魏郡，即邺城。曹操笑道：“你是想效法耿纯吗？”李典谦虚地回答：“李典我蠢笨，功劳不大，可是主公对我的封赏太厚了，理应举宗族之力为主公效命，再加上征讨不息，更应充实核心城市，以控制四方，并不是效法耿纯。”李典遂把自己家族以及部众的家眷一共一万三千多人全部迁到了邺城，曹操对此非常赞赏，李典刚因讨伐管承之功晋升为捕虏将军，封都亭侯。又因此举，被曹操晋升为破虏将军。李典父子是曹操的旧将，李典此举显然是在曹操的暗示下做出的，其目的就是为了给其余众将做出一个榜样。
平定青徐、控制众将，曹操还为讨伐乌桓做了以下几件事：
一是废除齐国、北海国、阜陵、下邳、常山、甘陵、济阴、平原等八个王国，只留下与曹氏家族关系密切的前琅邪王刘容的儿子刘熙为琅邪王。废除这八个汉室皇室的王国，进一步打击了汉室的宗族力量。
二是开凿平虏渠、泉州渠以通粮道。兵马未动粮草先行，要远征乌桓，就必须先确保军粮的运输。谏议大夫董昭向曹操提出了开挖平虏渠、泉州渠的建议。平虏渠、泉州渠的具体路径历代说法不同，《三国志·董昭传》称：“凿平虏、泉州二渠入海通运，昭所建也。”《三国志·武帝纪》称：“公将征之，凿渠，自呼沱入泒水（潴龙河），名平虏渠；又从泃河口凿入潞河（白河），名泉州渠，以通海”由此可知，平虏渠是连接滹沱河与泒水之间的运河；泉州渠是泃河与潞河之间的运河。个人认为，平虏渠大体在今河北省献县、饶阳附近这一滹沱河与泒水最近的地区，而泉州渠则在南起今天津市武清县、宝坻县境。这样，河南、河北的粮食就可以从河南的睢阳渠进入改道后的淇水、白沟、洹水、再由邺城一路北上，入滹沱河，进平虏渠，进入泒水，再入海，沿渤海沿岸北上，再逆流而上进入泉州渠，运抵幽州。
三是征求直言。建安十一年十月，曹操分别下达了两道《求言令》，其一为：“夫治世御众，建立辅弼，戒在面从，《诗》称‘听用我谋，庶无大悔’。斯实君臣恳恳之求也！吾充重任，每惧失中，频年以来，不闻嘉谋，岂吾开延不勤之咎邪？自今以后，诸椽、属、治中、别驾，常以月旦各言其失，吾将览焉。”其二为：“自今诸掾属、侍中、别驾，常以月朔各进得失，纸书函封，主者朝常给纸函各一。”他要求各级主要官员每月月初月底都要给自己写出意见建议。
四是大封功臣。建安十二年（公元207年）二月，曹操在平定青徐地区后，由淳于回到了邺城，二月五日，他就向汉献帝上书大封功臣，被晋封的功臣多达二十余人，全部封为列侯。他在《封功臣令》中说道：“吾起义兵，诛暴乱，于今十九年（从曹操中平六年【公元189年】起算），所征必克，岂吾功哉？乃贤士大夫之力也。天下虽未悉定，吾当要与贤士大夫共定之；而专飨其劳，吾何以安焉！其促定功行封。”在这些功臣中，他尤其推崇尚书令荀彧、军师荀攸，他说：“忠诚、正直、缜密、谋略，能够安定内外的人，是荀彧，其次是荀攸。”特意提出要求增封万寿亭侯荀彧的食邑，他指出，在官渡之战时，自己心生动摇，是荀彧的坚持，促成了官渡之战的胜利；官渡之战后，自己又想南下进攻刘表，又是荀彧予以阻止，让自己能够平定了河北。荀彧又反复推辞，曹操给荀彧写信说：“前前后后你献上的良策当然不止我说的那两条，你一直谦虚辞让，难道是想效仿鲁仲连先生吗？这并不是通达世事的圣人该做的。过去，介子推曾经说过：‘偷窃别人的钱财就是强盗。’何况你多次给我献计，令我得到上百次的荣耀，我只以这两件事来报答你，你还要推辞，为何如此谦虚呢！”三月，汉献帝下令增封荀彧一千户。曹操还想让荀彧登上三公高位，荀彧让荀攸在曹操面前推辞，一直推辞了十次，曹操这次作罢。曹操不仅大封功臣，而且还下令免除军中死难将士们家属的税赋，还下令将自己封地中的收入分配给下属、老兵以及死难将士的遗孤。他在《分租与诸将掾属令》中说：“昔赵奢、窦婴之为将也，受赐千金，一朝散之，故能济成大功，永世流声。吾读其文，未尝不慕其为人也。与诸将士大夫共从戎事，幸赖贤人不爱其谋，群士不遗其力，是夷险平乱，而吾得窃大赏，户邑三万。追思窦婴散金之义，今分所受租与诸将掾属及故戍于陈、蔡者，庶以畴答众劳，不擅大惠也。宜差死事之孤，以租谷及之。若年殷用足，租奉毕入，将大与众人悉共飨之。”