到了第九天，吕布军中叟兵（益州兵）突然发动兵变，六月一日，叟兵偷偷打开了长安城门，引叛军入城。叛军入城之后，即纵兵劫掠，叛军见人就杀，长安城内的百姓面临了一场空前的浩劫，死了一万多人。吕布率军与叛军在城内交战，却无法取胜，他把董卓的人头悬挂在马鞍上，率领数百骑兵来到青琐门外，对王允说：“大人一起逃吧。”

王允说：“如果蒙上天之灵，能够让国家安定，这是我的心愿；如果不能，我将以死报国。朝廷幼主只能依靠我了，面临大难却要逃避，我不会这么做。请你勉励关东各位大人，要时刻以皇上为念。”

太常（一说卫尉）种拂说：“身为国家大臣，不能禁止暴乱，致使他们兵向皇宫，我又能逃往何处！”遂挺身出战而死。

李傕、郭汜等人驻扎在南宫侧门，杀害了太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、越骑校尉王颀。

王允护卫着汉献帝登上宣平门（长安城东最北的城门楼），躲避乱兵。李傕等人于城门下跪地叩头，汉献帝对他们说：“你们不要作威作福，却发兵纵横，意欲何为？”李傕回答：“董卓忠于陛下，却无故被吕布所杀，臣等替董卓报仇，不敢叛逆。等事情处理完了，我等亲自去廷尉自首。”

李傕等人包围了宣平门楼，一起请求司徒王允下来，问：“董太师有什么罪过？”王允无奈，只好走了下来。

六月二日，东汉朝廷宣布大赦，以李傕为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠等人均为中郎将。李傕等人将司隶校尉黄琬打入大牢，处死。

王允原来任命同郡宋翼、王宏分别担任左冯翊和右扶风，李傕等人打算杀掉王允，但又担心这两个郡会找麻烦，遂以朝廷之命征召二人入朝。王宏对宋翼说：“李傕、郭汜以我二人在地方上，所以不敢加害王大人，今日你我入朝，明日就会与王大人一起被灭族，该如何应对？”宋翼说：“虽然祸福难料，但却不能违抗王命啊！”王宏又说：“关东义军四起，就是为了诛杀董卓，如今董卓已死，其党羽容易对付。如果举兵讨伐李傕等人，与关东义军相互联络，这是转祸为福之计啊。”但宋翼却不从，王宏一人孤掌难鸣，于是，二人一起入朝。

六月七日，李傕下令逮捕王允、宋翼、王宏，将三人一起诛杀；王允死时五十六岁，长子侍中王盖、次子王景、王定以及王氏宗族十余人，全部被害，唯独侄儿王晨、王陵（又记作王凌，后官至曹魏太尉，因反抗司马懿而被杀）逃归家乡。临死前，王宏大骂宋翼说：“宋翼你这个穷酸儒生！我怎能与你商量大事！”李傕下令将王允的尸体拖到闹市里示众，长安城中不分男女老幼均悲痛哭泣，但却无人敢来收尸，只有王允的老部下、平陵县令赵戩弃官前来，将王允予以安葬。董卓被杀后，王允把功劳全揽到自己头上，士孙瑞也归功于王允，所以没有被封侯，如今也因此躲过了李傕的报复。

此时，距离董卓被杀不足两个月。由于王允的措置失当和贾诩的这一番话，让东汉王朝陷入一场更大的混乱，因此，历代学者都把王允、贾诩视为东汉灭亡的罪魁祸首。《通鉴辑览》称：“诛首恶，赦胁从，非特自安，亦所以安朝廷也。允不审权变，自复骄傲，且议赦议罢，毫无断制，以致酿成乱阶，无足深惜。”

李傕等人打算以贾诩为左冯翊，并要给他封侯，贾诩推辞道：“那只不过是临时救命之计，有什么功劳可言！”拒不接受。又要任命其为尚书仆射，贾诩再次推辞说：“尚书仆射是全国官员们的领袖，德高望重，贾诩我历来没有什么名气，难以服人。”遂担任了一名尚书，负责选举。李傕等人将董卓安葬在郿城，并将董氏家族的骨灰搜集起来装到一口棺材里，合葬在一起，下葬当天，天上刮起了狂风，下起了暴雨，雨水将墓门冲开，将棺材冲出。每次放入棺材，总是被水冲出，如此三四次，坟墓里积满了水。最后，樊稠等人亲自下棺，可是风雨更大，无奈，樊稠等人只好将棺材放入后，匆匆关上了墓门，墓门关上后，大风又毁坏了董卓的坟墓。

六月十九日，东汉朝廷任命前将军赵谦为司徒；七月十三日，以太尉马日磾为太傅，录尚书事；八月，以车骑将军皇甫嵩为太尉。汉献帝下诏命令太傅马日磾与太仆赵岐持节前去关东，和解关东诸侯。其中，马日磾负责黄河以南地区，赵岐负责黄河以北。九月，又任命李傕为车骑将军、兼任司隶校尉、假节，封池阳侯；郭汜为后将军，封美阳侯；樊稠为右将军，封万年侯；张济为镇东将军（后为骠骑将军），封平阳侯。李傕、郭汜、樊稠总揽朝政，张济率军驻扎在弘农（今河南省灵宝市）。《后汉书·董卓传》称，李傕、郭汜、樊稠均加开府，与三公合称六府，都管选举。《献帝起居注》称：李傕等人都想任用自己的人，一旦违背他们的意愿，就勃然大怒，朝廷方面只好定下规矩，先从李傕开始，依次郭汜，然后轮到任用樊稠的人，三公举荐的人却没有机会得到任命。

九月二十九日，东汉朝廷又以司空淳于嘉代替赵谦为司徒，以光禄大夫杨彪为司空，录尚书事。李傕等人以韩遂为镇西将军，让其返回金城（今甘肃省兰州市），以马腾为征西将军，让其率军驻扎在郿城。