黄琬退下后，又亲自写了一篇反对迁都的奏章。二月五日，董卓借口出现天文灾异，罢免了黄琬、杨彪的官职，任命光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒。城门校尉伍琼、督军校尉周毖强烈劝谏迁都，董卓大怒，说道：“我董卓刚入朝时，正是你们二位劝我提拔正人君子，因此，我董卓就听信了你们。可是，提拔的这些人一到地方上任职，立马起兵造反，是你们二人出卖了我董卓，我董卓就是对不起你们又有什么关系！”二月十日，董卓下令逮捕伍琼、周毖，处死。杨彪、黄琬吓得魂不附体，赶忙前去董卓那里谢罪，董卓也后悔杀了伍琼、周毖二人，遂上书献帝又任命杨彪、黄琬二人为光禄大夫。
河南尹朱儁给董卓出谋划策，董卓却轻蔑地说：“我百战百胜，心中自有谋略，你不要胡说八道，免得你的血污了我的宝刀！”盖勋说：“过去，武丁是那么贤明，尚且屡屡征求他人的意见建议，何况像你这样的人，却想堵上别人的嘴巴吗？”董卓说：“我是开玩笑呢。”盖勋反唇相讥：“我没听说过发怒的话还是开玩笑的！”董卓这才向朱儁表示歉意。
《后汉书·董卓传》称：“初，灵帝末，黄巾余党郭太等复起西河白波谷，转寇太原，遂破河东，百姓流转三辅，号为‘白波贼’，众十余万。卓遣中郎将牛辅（董卓女婿）击之，不能却。又闻东方兵起，惧，乃鸩杀弘农王，欲徙都长安。”这段记载清楚地说明了董卓迁都的原因：在无法消灭白波贼和南匈奴左贤王于扶罗的十余万大军的情况下，关东义军又纷纷而起，自己又刚刚来到洛阳不足半年，在洛阳的统治基础并不牢固，一旦义军逼近洛阳，城内军民是否会倒戈相向都是未定之数，将朝廷大臣们西迁长安，一则是暂避义军锋芒，二则是挟持朝廷群臣，掐断他们与关东义军的联系。但是，董卓此举其实是一步臭棋，正如杨彪等人说的那样，迁都一事非同小可，不迁都，你董卓高居朝廷之上，还有一定的号召力，一旦迁都，这种仅存的正义性就丧失了。
二月十七日，十岁的汉献帝刘协正式起驾，离开洛阳，踏上了西去之路。董卓将洛阳城内的富豪们全部逮捕，个个扣上一个莫须有的罪名，全部诛杀，没收财产，因此而被诛杀的人数不胜数。强行将洛阳周边数百万百姓全部西迁到长安，董卓的军队在一旁驱赶，百姓们相互推搡践踏，饥饿时又转而劫掠，一路上到处是死尸。蔡琰（蔡邕之女蔡文姬）的《悲愤诗》（一）记载了当时的惨状：“卓众来东下，金甲耀日光。平土人脆弱，来兵皆胡羌。猎野围城邑，所向悉破亡。斩截无孑遗，尸骸相撑拒。马边悬男头，马后载妇女。长驱西入关，迥路险且阻。还顾邈冥冥，肝脾为烂腐。所略有万计，不得令屯聚……”
董卓并没有立即西迁，他率军驻扎在洛阳城内毕圭苑（御花园之一）中，下令把洛阳的宫殿、官衙、民居全部焚毁，洛阳周边方园二百里内的房屋全被焚毁，鸡犬不留。他又命令骑都尉吕布率军掘开洛阳附近的各座帝王陵墓以及公卿大臣们的祖坟，盗取陵寝之中的奇珍异宝。
三月五日，经过二十余天的跋涉，汉献帝一行终于来到了长安，暂居在京兆尹的府衙之内，后来，又整修了未央宫，汉献帝才迁入宫中。当时，董卓还在洛阳，司徒、守尚书令王允主持朝政。王允曲意侍奉董卓，表面上非常顺从董卓，董卓也对王允推心置腹，毫不生疑，上自献帝下到群臣都把王允当作主心骨。
由于袁绍在后来与曹操的争斗中是个失败者，因此，史书有意无意忽略了袁绍在举兵之初的行动，实际上，最初，在各路义军中，只有袁绍和河内太守王匡是最积极的。王匡，字公节，泰山郡人，史称，他轻财好施，以侠义闻名天下。他派遣泰山兵进屯与洛阳一河之隔的河阳津（今河南省孟州市南黄河北岸渡口），直接威胁到对岸的洛阳。当张邈等人还驻扎在酸枣时，袁绍已经率领本部人马前推至河内（今河南省武陟县），增援王匡。《三国志·常林传》记载：“太守王匡起兵讨董卓，遣诸生於属县微伺吏民罪负，便收之，考责钱谷赎罪，稽迟则夷灭宗族，以崇威严。”
当时，河内周边地区情况非常复杂，除了袁绍等部外，还有态度暧昧的张扬所部、白波贼、于扶罗部以及黑山贼等数支力量。张扬，字稚叔，云中（今内蒙古自治区托克托县）人。《英雄记》称：“（张）杨性仁和，无威刑。下人谋反，发觉，对之涕泣，辄原不问。”原为并州刺史丁原下属的武猛校尉，与吕布曾是同僚，私交甚深，灵帝成立西园八校尉时，丁原派其率部进京，灵帝将其划归上军校尉蹇硕，担任假司马。灵帝驾崩后，大将军何进又命其回乡招募部队，张扬招募了一千多人，返回途中，何进被杀，遂滞留在上党郡（今山西省壶关县），率部进攻壶关，但没有得手，遂劫掠上党郡下属各县，部队也增至数千人。在河内，袁绍虽然没有立即与董卓的军队正面交锋，但却成功地拉拢张扬、南匈奴于扶罗等人加入了义军，壮大了义军的队伍。
三月十八日，由于袁绍为关东义军首领，董卓迁怒于袁氏家族，命令司隶校尉宣璠将袁绍叔父、太傅袁隗，太仆袁基杀害，一同被杀的还有袁家五十多人。又担心有人发掘尸体，又将尸体挖出，送到郿县藏匿起来。原任太尉崔烈长子、西河（治所离石，今山西省吕梁市离石区，此地即白波贼初起之地）太守崔均，也响应袁绍，董卓将崔烈也打入郿县大牢。