黄巾起义后，董卓被晋升为东中郎将。此时，由其取代卢植讨伐张角。
八月，转兵北进的皇甫嵩与东郡黄巾军在苍亭（今河南省范县）激战，官军再次取胜，生擒黄巾军将领卜巳。但此时，在下曲阳（今河北省晋州市）与张角作战的董卓却被黄巾军击败，受到惩处。八月三日，灵帝下诏命令皇甫嵩继续北上，讨伐张角。
十月，皇甫嵩与张角的弟弟张梁在广宗（今河北省威县）血战。张梁的军队非常骁勇，官军无法取胜。第二天，皇甫嵩紧闭营门，养精蓄锐，观察黄巾军的动向，经过一整天的观察，到了夜晚，皇甫嵩判断黄巾军已经懈怠，遂于当晚偷偷部署军队，等到黎明时分，他率领军队向黄巾军发起了总攻。这场你死我活的搏杀，一直从清晨持续到下午，打了一整天，直杀得天昏地暗，日月无光，大破黄巾军，阵斩张梁，斩首三万级，有五万多黄巾军将士们走投无路，投河淹死。张角已在不久前病死，官军开棺斩尸，将头颅传至京师。
十一月，皇甫嵩乘胜进攻驻守下曲阳的张宝部，再次取得了辉煌的胜利，斩杀张宝，俘斩十余万人。河北黄巾军主力被消灭。朝廷晋升皇甫嵩为左车骑将军，领冀州牧（二千石），封槐里侯。
再看南线的战事。
朱儁与荆州刺史徐璆（qiu）等人将宛城团团包围，但从六月一直到八月一直无法攻克。有关部门上书要求将朱儁召回问罪，司空张温劝阻说：“过去秦国以白起为大将，燕国以乐毅为大将，都是经过旷日长久的战争，才最终克敌制胜。朱儁讨伐颍川黄巾，已经取得战功，率军南下，谋略已定。临阵换将，兵家所忌，应当再宽缓些时日。”灵帝这才停下了。朱儁进击赵弘，将其斩杀，但黄巾军将领韩忠又重新占领了宛城。
朱儁擂鼓进攻宛城西南角，城内黄巾军全部到西南角抵挡，见此情形，朱儁率领五千精兵突然向东北角发起了猛攻，并顺利登上了城墙。韩忠只好退入内城，请求投降。司马张超、荆州刺史徐璆、南阳太守秦颉等将都打算接受，但朱儁却说：“军事行动有时候看起来相同，但其实质却不同。过去，在楚汉争霸时，百姓们并不属于一个固定的君主，因此，需要奖励那些叛乱后又归附的人。如今四海一家，唯独黄巾军犯上作乱，接受他们的投降，就无以给那些安分守己的百姓们树立榜样，严厉地惩罚他们才能起到惩治罪恶的目的。如今接受了他们的投降，就等于是又让他们多了一项选择的余地，他们有利的时候就会与官军作战，失利时又去请降，这种纵容敌人、帮助敌人壮大的做法不是良策啊！”于是，朱儁率领官军对宛城内城发起了猛烈进攻，但经过连续作战却一直未能得手。
朱儁登上土山察看，对司马张超说道：“我知道原因了。如今，敌人被团团围住，内城又非常狭隘，求降又不被接受，想突围又突围不成，因此，只好拼死抵抗。万众一心，尚不可抵挡，何况城内有十万之众呢！危害更是不可估量。我们不如暂时撤去包围，全部登上外城城墙，韩忠见我们撤去包围圈，必定会率众冲出内城，一旦敌人出了内城，人心就散了，就容易被击破。”遂撤去包围。韩忠果然出战，朱儁率领官军进击，大破黄巾军，斩杀一万多人，韩忠等人遂投降了官军。
原本南阳黄巾军就此被平定了，但是，节外生枝，南阳太守秦颉把韩忠恨得牙根痒痒，竟然诛杀了韩忠。韩忠一死，唇亡齿寒，黄巾降众人人自危，又推举孙夏为主，再次逃入宛城。朱儁率军猛攻，司马孙坚率众第一个爬上城墙，十一月二十二日，官军再度攻克宛城。孙夏率领残兵败将突围逃走，朱儁跟踪追击，在西鄂县（今河南省南阳市北）精山再次击败黄巾军，斩首一万多级。
于是，全国范围内的黄巾军全部被打散，其余各郡每个郡诛杀的黄巾军也都达数千人。十二月二十九日，灵帝大发奇想，将剩余的两天改元为中平元年，第二年（中平二年，公元185年）二月，派使者持节拜朱儁为右车骑将军，朱儁率军凯旋回到京师。灵帝改任其为光禄大夫，增加食邑五千户，加特进。朱儁上表奏闻孙坚的战功，灵帝拜孙坚为别部司马（比一千石）。
孙坚，字文台，时年三十一岁，会稽郡富春县（今浙江省富阳市）人。孙氏上辈无闻，据说是孙武之后，世系亦不详。南朝宋刘敬叔《异苑》、《太平御览》引《幽明录》、《宋书?符瑞志上》、鲁迅《古小说钩沈》辑录《幽明录》均记载了一则故事，内容大同小异，说的是：孙坚的父亲（一说是祖父）名叫孙钟，与母亲一起生活，非常孝顺，以种瓜为生。一天，瓜田里忽然来了三个容貌俊美、衣着艳丽的少年索要瓜吃，孙钟殷勤招待。三人吃完后，对孙钟说：“我们三人是掌管命运的，感谢你殷勤相待，无以为报，给你找一个墓地，你是想让后代当世代诸侯呢？还是当几代天子？”孙钟回答：“当几代天子当然好玩了。”三人遂对孙钟说：“你下山走一百步，不要回头，等到看到我们的时候，那就是墓地。”孙钟下山走了三十步（一说六十步）就回头看去，只见三人化为白鹤飞上天去。此后，孙钟即在看到白鹤飞去的地方安葬了父母（一说父亲，一说母亲，一说他自己）。《三国志》裴注引韦昭《吴书》称：孙氏祖坟在富春城东，坟上经常出现发光现象，五彩云蔓延数里，上达天空，引得众人前去观看。老人们说：“这可非同寻常，孙家要出大人物了！”孙坚母亲怀上孙坚时，曾梦见自己的肠子缠绕着阊阖门，醒来后非常害怕，偷偷告诉邻居大妈，邻居大妈说：“谁知道这不是吉兆呢！”
孙坚生下后，相貌不凡，性格豁达，喜欢有奇节的人。灵帝建宁四年（公元171年），孙坚十七岁，与父亲一起乘船去钱塘（今浙江省杭州市）办事。途中遇到海盗胡玉等人正在岸上瓜分抢来的财物，过往船只远远望见都停了下来，不敢前进。孙坚对父亲说：“让我去搞定这帮蟊贼！”孙坚的父亲说：“你哪能办到！”孙坚不听，遂持刀跳上岸来，挥舞手臂东西指点，仿佛在指挥兵丁包围海盗们。海盗们远远望见，误以为官军前来抓捕，吓得扔掉财物，仓皇儿童。孙坚一人追了上去，一刀结果了一个海盗，提着人头，安全回来。其父见状大惊失色，从此，孙坚名声鹊起，吴郡征召其为假尉（尉的副手）。此时，会稽太守尹端，郡主簿就是朱儁。
灵帝熹平元年（公元172年）十一月，会稽妖贼许生在句章（今浙江省慈溪县西南三十一里城山渡东）叛乱，自称阳明皇帝（一说越王），其子许昭自称大将军，煽动郡县，拥众一万余人，灵帝下诏派扬州（治所历阳，今安徽省和县）刺史臧旻、丹阳（治所宛陵，今安徽省宣城市）太守陈寅发兵讨伐。第二年，会稽太守尹端讨伐许昭失利，论罪当死，会稽郡主簿朱儁带上数百黄金来到京师，贿赂主管官吏，偷偷改换了扬州的奏章，尹端得以减死，改判劳役。熹平三年（公元174年）十一月，时年二十岁的孙坚以吴郡司马的身份招募一千余名壮士，与州郡部队一起消灭了许生。扬州刺史臧旻上报孙坚的战功，孙坚也因之被任命为徐州广陵郡盐渎县（今江苏省盐城市西北）丞。大约就是在此前后，孙坚听说吴郡（今江苏省苏州市）人吴氏有才有貌，遂向其提亲。吴氏之父吴煇曾任奉车都尉，父母早死，吴氏与弟弟吴景侨居在钱塘，吴氏亲戚们嫌弃孙坚轻佻狡诈，不愿与其结亲。孙坚听了非常羞愧，怀恨在心。吴氏听说后，对亲戚们说：“你们为何要爱惜一个微不足道的女子而给家门召来大祸呢？如果我这辈子遇不到一个好人，那也是我的命。”遂答应了这门婚事。第二年，孙策出生。吴氏一生给孙坚生下四男一女：四男分别为：孙策、孙坚、孙翊、孙匡，一女为孙权的姐姐，嫁给曲阿（今江苏省丹阳市）人弘咨为妻。孙坚另有两个庶生女儿，分别是孙权的姐妹：一个为陈氏所生，是孙权的姐姐，嫁给了潘濬之子潘祕；一个是孙权的妹妹，嫁给了刘备。据《宋书?符瑞志》、《搜神记》的记载，吴夫人在怀上孙策时，梦见月亮进入怀中；七年之后，到光和五年（公元182年）吴夫人怀上孙权时，又梦到太阳进入怀中，她告诉孙坚说：“过去，我怀上策儿时，梦见月亮进入怀中，如今，我又梦见太阳进入怀中，这是何故？”孙坚说：“日月是阴阳的精华，是最尊贵的，我的子孙们大概要兴旺了吧！”