次日,日军以炮火开道,三面围攻嘉义城。1个小时还不到,东、西、北3门城楼被炮弹炸毁,守军防御工事大多被毁,日军扛着竹梯,如蚁附城,涌入城中。王德标领剩余残军退向曾义溪,嘉义知县孙充万逃向台南。
10日,自海路运载而南进军分两路趋台南。由第三旅团及其它配属部队组成的南进军南路军选择的登陆点在枋寮一带。最先登陆的步兵第四联队第三中队在攻守黑旗军把守的加冬脚时死伤52人,幸得后继部队来援,才将黑旗军击败,占领了对方阵地。
12日,日军占领了东港。在架设浮桥,等待炮兵和粮食期间,日军遭到清军的伏击,死伤94人。
15日至19日间,日军先后占领奉山、打狗炮台、凤山等要地、据点,兵锋直指台南。
由伏见旅团和南进军司令部组成北路军自布袋嘴登陆,并于次日与近卫师团前锋汇合,连通了两路日军的联系,随之占领盐水港。至18日,伏见旅团冲破黑旗军和义军的顽强阻击,攻战了王爷头。
19日,伏见旅团向曾文溪防线发起进攻。曾文溪距台南不到二十公里,是拱卫台南的最后一道外围防线。刘二在此布置了抵抗军的最后一支重兵,内含柏正材、王德标、林义成、简精华、徐骧诸人所率各部,兵力共有约四千人。
由于黑旗军及义军在曾文溪正面布防严密,又有火炮助战,伏见宫贞爱亲王为避免硬攻招致重大伤亡,便仅以少量兵力于正面佯攻,大部兵力由其亲自指挥,仅携两门火炮,自曾文溪上游浅水处涉渡,在夜色和浓雾的掩护中悄悄地从侧后方接近对方阵地。
五点左右,日军突然发起冲锋。黑旗军各部猝不及防,转身抵抗,可忆是来不及,遂陷入各为已战不利态势。一顿混战之后,徐骧、柏正材、王德标等人战死,黑旗军官兵战死二百余人,伤者更是不知其数。
天亮之后,曾文溪防线已不复存在,台南已成绝城死地。
数月以来,刘二在组织抵抗的同时,不断向内地呼救,到最后竟形似哀求。他的努力,却无法拉来一星半点援助。绝境之下,他老泪纵横:“内地诸公误我,我误台民!”
在英国人的劝说后,嘉义失陷后,刘二开始与日方接触,提出两点要求:一、善待民众,不得残害百姓;二、降兵亦应予厚待,不可侮辱,并准备回国。
今时已不同往日,日本人已经兵指台南,自当不愿再跟刘二讨价还价,回信道:“汝若悔前非,欲诚意乞降,唯有面缚自来军门乞哀而已。”
虽是乞降,刘二仍然是很硬气:“本帮办为爱恤人民起见,始有此和议耳。若本帮办战不能胜,即率旧人退入内山,亦可支数年,而不时出战,决不令(汝)安居此地也。”
日人只是不理,和谈的大门根本打不开。
在台南的最后几天,刘二一直在内渡或是在内山上打游击中举棋不定。曾文溪防线失陷的当日,他终于下定了决心,内渡离台。
当夜,刘永福携其子刘成良及部曲数人,乘英国商船爹利士号内渡厦门。他在最后放弃抵抗、丢下部下、逃回国内的举动受到一些人的指责,甚至连他求神拜佛、烧香求签的举动都被拿出来斥骂。在那个时代,能有几人不迷信,又有几人在做完了自己所能及之事仍无所得时不指望有神佛相佑?连天皇在开战时都求祖宗保佑呢,我们又如何苛求刘二们变成无神论者?至于说不以死殉国,丢下部下自已逃离,固然给他的名声造成瑕疵。然朝堂衮衮诸公,台湾的各级官员,又有几个能象他坚持到最后一切希望都断绝时才逃离的?他虽没有以死殉国,却已算是抵抗到底,咱们又怎么能忍心指责这样的一个人呢?
有人认为,如何刘二退往内山,与生番组合,以游击战的形式跟日军周旋,台湾的局势或会有大不同。然抄书者认为,这纯粹是不顾实力,只讲信念的异想天开而已。以台湾一举之力,对日作战的胜算微乎其微;指靠打游击能击败日军,更是痴人说梦。抗日战争时期,以大陆宏宽、可充分挪腾的口间、充足的人口,还有些许的外援,更有正面战场的配合,中国尚未能取得胜利,单靠当时台湾的那点有限的资源,又如何能取胜?继续打下去,不过是多杀几个日本兵,死上更多的台湾人而已,改变不了现实的一丝一毫。
二十一日,日军进占没有抵抗的台南城。
二十七日,桦山次纪宣布台湾全岛已全部平定。甲午战争及其余音乙未战争就此结束。