新竹原无守军，在台北告急后，栋军傅德升、谢天德部二营北援至此，因台北失陷，便在此驻守。随后，吴光亮、傅宏禧等清军各营及当地土绅吴汤兴等人的义勇先后来援，“不期而会者万人，遍山漫野”。为了统一指挥，各营人马共同推举吴汤兴为义军首领。
北白川能久亲王对新竹并未予重视，先头部队仅有一个中队，被义军围住狂殴了一顿，夺路北逃。日军随之增加到一个联队及一个骑兵小队，携炮八门来攻。经过2天的外围战后，22日，日近卫步兵第2联队攻入新竹城。
攻战了城池，并不等于解决了战斗。义军由于缺乏训练及协调作战的经验，武器装备又相对较差，正面作战战力确实无法抵挡日军。然而人数众多的义军借助对地形熟悉、群众支持的优势打起游击战来，日军的头就大了。23、24两日，义军连续在中坜、头亭溪等地发动了数百人规模的袭击，更于25日试图反击新竹城，虽未能成功，却也造成了数十名日军的死伤。
在义军四处出没，袭扰不停的情况下，桦山资纪不得不暂时放弃南下的计划，以专心扫清在新竹周边的义军现阶段的首要任务。
28日，日军攻击以安平镇为根据地的胡嘉猷部义军，失败而归。
7月1日，日军再次攻击安平镇，仍被击退。两战之后，日军死伤40余人，而胡部不过损失10余人而已。此战之后，胡嘉猷部由于水井被毁，取水困难撤至龙潭陂。
为扫荡胡部，近卫步兵第二旅团长山根信成决定兵分两路，一路由他带领，沿铁路钱自中坜至龙潭陂；一路由坊城少佐沿大姑陷河前进，分兵合击龙潭陂。
7月14日，先行赶到的山根支队在龙潭陂战斗中击败胡嘉猷部。义军伤亡严重。剩余的人员在胡嘉猷的带领下辗转各地，继续抵抗。
山根信成取胜后，在龙潭陂左等右等，愣是等不到坊城支队前来汇合。到了16日，忽然有个身穿当地老百姓衣服的日军士兵来报：山根支队已陷入重围，请速速派人来救！去晚了就只有尸体可收了！
话说坊城支队自7月12日出台北后，进军颇为顺利，很快就进至了三角涌。然而，当他们次日离开三角涌仅数里路后，即陷入苏国、黄源鉴、江国辉等人及周边村民的包围之中。战至傍晚，日军仍未得冲破重围。
也就是在同一天，日军一支由台北出发、为坊城支队运送给养的运粮队在三角涌附近遭到苏力指挥的义军的袭击，35名日军仅有3人得以逃脱。北白川能久亲王闻迅大惊，即令前方侦察队查明到底是那家人马所为。
次日，坊城支队进至娘子坑一带。义军并未退去，人数却越来越多。坊城支队举步为艰且饥肠辘辘，“一碗里米数聊聊可数，多的亦不过六七十粒，少的仅有二三十颗”，窘迫异常。
7月15日，由台北出发、前去打探运粮队事件的22名骑兵在盘杭头附近又一次被义军的围击，同样只回得3人。据逃回来的日军士兵陈述：农民装束的义军，三三五五，在不知不觉将已方包围，突然亮出武器射击，“妇女童稚，全都勇敢地手携长枪，向我追赶而来，似乎老幼妇女都要当兵和我对抗”。
当天，坊城支队再也无法前进一步，遂派出4人冒充当地居民，向各方求援。赶到了龙潭陂向山根信成报信的，正是其中一人。
山根信成闻迅大惊，随即带上人马前去救援，于下午一时左右赶到大姑陷河边，在炮火的掩护下，突破河防。义军据屋而守，不肯退却，激烈的战斗一直打到晚上八时许。日军遂逐屋放火，驱火前进，义军不敌，苏力、黄源鉴等人出逃，而江国辉、苏根铨等首领或是战死，或是被俘虏后被刺死。
新竹外围义军的活跃，使得日军处处用兵，驻守新竹的日军反而只剩千余人的部队。台湾知府黎景嵩认为反攻新竹的时机已到，便召集吴汤兴、陈澄波、杨载去、徐骧、姜绍祖各部清军、义军，于7月10日进行第二次反击，后又于7月25日举行第三次反击，均以失败告终。至此，新竹地区成规模、有组织的抵抗结束了。
为尽快占领台湾全境，在稍事休整后，7月29日，日军近卫师团主力在北白川能久亲王的指挥下南下，集结于新竹城内。8月8日，伏见宫贞爱亲王统第二师团一部自基隆登陆，接替了台北的防务，北白川能久亲王便可放开手脚地大干特干了。
当日，日军在联合舰队的吉野、秋津洲两舰的配合下，分左右中三路向义军集结的头份进攻。经过2日的进攻，日军先后占领了虎头山、笔尖山，在10日的战斗中发动集团冲锋，新楚军副统领李维义不敢抵挡，领兵溃走。日军随即横卷，一举击败了5000名义军，新楚军的杨载云等人战死。
14日，日军占领苗栗县县城。
8月22日，日军兵锋指向大甲。在这里，他们遇到了乙未战争（1895年为乙未年，故此次台湾战争亦称乙未战争）中最为强硬的对手——黑旗军。
抄书者小时，常听老人讲“古”（讲故事的意思）。当讲到“刘二打番鬼，越打越好睇”的时候，老人们总是讲得眉飞色舞，唾沫横飞，听者入神、讲者亦得意，似乎他们就身临其境一样。其实，他们亦不过从自己的长辈那里听来的而已。他们虽不识字，也不大道理，甚至没出过本县一步，但经过了中国积弱时代的老人们，对那些痛打洋鬼子、扬自家的志气的事迹总是津津乐道，且加工得越来越虚幻化，到最后竟成了传奇。
年稍长，抄书者知道那不是传奇，而是一个曾经活过在这世界上的人的事迹。故事的主人公，那位“刘二”，便是抄书者的老乡，刘永福。
既然是老乡，咱们还是套们近乎，还是称他做刘二好了。
刘二，名刘永福、刘义，号渊亭（那是混出名号之后起的）广东钦州人古森峒小峰人（现名为广西防城港市防城区大录镇）。别瞅着他日后当上清国的官儿，戴上清国的顶带，年轻的时候却是不折不扣的造反派。由于家贫，他在20岁那年参加了郑三的反清不复明的起义军，其后又在数名造反派的手下混来饭吃。在屡次失败后，他带着300多人进入越南保胜。
此时清国的内外皆忧，只要那些泥腿子们不在国内跟自个儿作对，就乐得个清静；越南此时还算是清国的属邦，可老大不争气，小弟的景况就更惨了，所以对刘二们也就睁一只眼闭一眼。毕竟彼时边境上家贫的中国人多有成群结队地到越南讨生活，一迈脚就过去了，也不要什么护照啥的；刘二们虽然带着刀枪，有点特殊，也算是特事特办了吧。
于是刘二们就在越南安下营，扎下寨，搞起了独立王国，开荒垦田啥的，当然，大概也少不了干一些非法的勾当。八十年后，退入缅甸的国民党军收保护费、贩卖鸦片什么的都干，只要能活下去，想必刘二们也不会手软吧。
当了几年的草头王，刘二的人马发展到二千余人，足可称为一支军队。由于他们使用的是七星黑旗，故被称为黑旗军。
正在他们过着美滋滋的山大王的日子时，越南的嗣德帝突然派人来求抢救：法国人来攻，你们占咱家地盘那么长时间，也该出头帮忙打回架吧？不然，咱亡国，你到哪混去？
刘二想想也对，当下便带上千余人马，到河内参战，一战击杀敌猷安邺——那安邺手上的老外们归归堆也不过是一个半连1百多号人而已，虽然在战了河内之后拉上了近万人的伪军，不过是中看不中用的东西。而且安邺这位老兄自以为比拿破仑还牛，竟然带上几十名法军和百余伪军，拖上一门炮就跑到野外跟上千号的黑旗军开片，那有不死之理？
此战之后，刘二被越南任命“三宣副提督”，在越南可算转正。可在中国，虽有冯子材跟刘二眉来眼去，却还是匪党一类。
过得九年之后，法国人又来了。这回的敌猷李威利（李维业）官大了不少，上校，兵也多了点，三个连的样子，结果又中了刘二的埋伏，丢掉了脑袋。
自此以后，刘二便得善战之名，甚至被清廷认为是“法国克星”，于是把他转了正，当上了大清军的官儿，黑旗军也由山寨货变成了响当当的牌子货，当然，还是杂牌的。
刘二固然打得不错，黑旗军也给法国人制造了不少麻烦。于是刘二就扯开嘴巴海吹胡侃了：“……三战而法全军焚灭，共计法兵死者不下万人。”
这是如假包换的吹牛皮，事实上，折在黑旗军手上的法国人有千把人都已经是高估了。黑旗军与同期的清兵相比，作战的勇敢程度、战斗的意志以及战术的灵活性大体上优于同期的大部分清兵，而且由于装备差、训练水平低等各种原因，作战能力并非一般宣传性文章的那么强。如果说，他们的缺陷在与小规模法军作战中还不那么明显的话，那么法国人全面进攻时就暴露无遗了，黑旗军连吃败仗，损失惨重。
当然，抄书者不是要贬低这位英雄老乡，在积弱到几乎成病的晚清官场，有勇气提兵与洋人一战已经算是不错，何况刘二还取得了数次极有政治意义的胜利，确实也打死了不少法国人，称他一声英雄，并不过份。只是，观历史，不是为了搞宣传，不是为了以夸大的手法树典型，一切都应还其真实面目才是。或许我们永远无法触碰到某一事件的真相，但我们应该有追求真相思想。
中法战争后，刘二退回中国，黑旗军被解散大部，剩余300人编成一部，由其带领，镇守南澳岛。
甲午战争爆发后，清政府令刘二赴台南，协助台湾的防务。然而刘二到台湾后，身居客位，身份尴尬，与台湾镇总兵万国本等人不相谐，早就中法战争时就打过交道的唐景崧对其亦“排挤倾陷”，远远把他打发到台南恒春坐冷板凳了事。