几天之后，因对彰义队“软弱”而饱受指责的西乡隆盛被军务局判事兼江户判事大村益次郎取代。
大村益次郎一到，便下令解除彰义队维护江户治安的权力，并在街头巷尾贴满了要求彰义组放下武器、自动解散的告示，又调来大量的幕府军，切断了对手逃向神田川、隅田川、中山道和日光街道的退路，仅在根岸方面留下一条窄窄的通道，以为围师必阙之计。
西乡隆盛看着大村益次郎的兵力部署图：“你不准备打歼灭战吗？”
大村益次郎掉了个书包：“然也！”
五月十五日七时左右，大村益次郎指挥各部，分三路向宽永寺进攻。
新政府十几天来的攻心战还是很有效的，仗还没开打，彰义队中抱着蹭饭心态的人就跑了一大半；枪声一响，又跑了不少，只剩下约1000人的核心力量仍留在山上。这1000人要对付的是肥后、萨摩、因幡、长门、肥前、筑后、大村、佐土原、备前、阿波、尾张、纪伊、安艺、筑前、津等十几个藩组成的政府军，总兵力约万人左右。他武器装备又极差，几乎没有任何胜算。
饶是如此，彰义队仍是打得有声有色，“以寡敌众，殊为死力”，在整个上午的战斗中将对手死死抵在防线之外。由于当日大雨，行动不便，新政府军士兵对新装备史奈德步枪（这玩艺可是英国在头一年才研发出来集后膛装弹、金属弹壳等等流行要素于一身的最先进步枪之一，无论是射速、可靠性和精度都远胜老式步枪）操作不熟练，使得进攻者的战斗力大打折扣。
正午时分，天气渐睛，佐贺藩架起大炮，在对方的射程之外对彰义队的据点逐个进行打击，“一丸忽中吉祥寺阁破裂，阁栋火起，延及诸殿”。
在火炮的支援下，新政府军重新向彰义队猛扑过来。黑门、团子坂先后失守，残余的人退向宽永寺本堂。
下午五时左右，宽永寺内有组织的抵抗结束了。此战彰义队死亡105（或者266？）人，新政府军战死56人，天野八郎被捕，数月后病死。
彰义队的部分余党突出包围之后，碰上来前来增援的涉泽成一郎的振武队——这位老兄还算是有良心的，不顾前嫌，也不管这必定是送死的举动，居然就带着那区区的几百兵来支援彰义队。只可惜来得太晚了，只好收容了几百残余的彰义队队员便撤向能仁寺（饭能寺）。
突然间冒了一下头又马上消失了振武队引起了大村益次郎的注意，五月二十三日，3500新政府军向能仁寺展开突击。几个小时后，振武队被击败。人们背着受伤的涉泽成一郎，逃出重围，转辙逃向东北。
看来，在有些时候，良心倒成了个祸害啊。
与涉泽成一郎的颠沛流离相较，轮王寺宫公现法亲王的逃难旅程要顺利和乏味得多。他在一部分彰义队余党的掩护下，逃出了已经变成白地的宽永寺，于五月二十八日搭上槺疚溲锏某ぞㄍ韬拧抡暮＞α坎磺浚馕焕闲衷诤Ｉ系酱β遗埽菔币裁挥腥宋训昧怂悠叫焊鄣锹剑诹铝战牖峤颉�
天上掉下个法亲王，正为盟主问题伤透了脑筋的奥羽越列藩同盟大喜过望，立即奉其为盟主，并完善了同盟的组织机构。具体的人员名单和机构设置是这样的：
盟主：唯一的人选轮王寺宫公现法亲王，作为精神上的领导，最大黑锅持有者。
总督：仙台藩主伊达庆邦、米泽藩主上杉齐宪，次一号黑锅持有者。
参谋：小笠原长行、板仓胜静，一对前老中，两位难兄弟。
最高决策机关：奥羽越列藩会议，类似于的全国人大，当然不是花瓶式的。
日常事务协调管理机构：奥羽越公议府，设在白石城。
军事指挥机构：军事局，设在福岛。
与京都新政府相抗衡的东北政权草台班子就这样搭建成了。从许多蛛丝马迹来看，同盟甚至还可能将轮王寺宫公现法亲王推举为所谓的“东武天皇”。然而，或者是为了帮战败后复出的公现法亲王抹杀他那段“不光彩”的历史，“东武天皇”的称谓只散落了几份文件和当时外国人对日本的描述中，盟主大人是否真的过过当天皇的瘾，无法确认。
七月十日，公现法亲王向全国10万石以上的大名发布《动座布告文》和《轮王寺宫令旨》，号召大名们起来“清君侧”，打倒操纵幼君的萨摩藩和长州藩，新的一轮对抗开始了。
这一轮对抗中，按照两方交战的区域，由东南而西北可分为平泻?白河战线、庄内?秋田战线和北越战线。
事实上，从五月二日河井继之助与岩村高俊小千谷谈判破裂之后，北越战争已经算是开始了。五月十日，兵力集中、调动方便的长冈藩先下手为强，会合了会津、桑名藩的部队，击溃了二个小队的新政府军，夺回了槏g和朝日山，将山县有朋的援军赶回信浓川对岸
槏g卡是小千谷与长冈之间街道上要点，由长冈往北更可直抵同盟军最重要的港口新泻，所以新政府军是非夺还不可的。十三日，长州奇兵队参谋时山直八指挥新政府军企图夺回朝日山，却被守在山顶上的桑名藩雷神队（队长立见尚文）乱枪打成了马蜂窝，新政府军只得狼狈地撤了下来。
此后几天，双方只是隔着河岸零零落落了打着冷炮，没有发生直接的交战。
十九日，得到了加强的山县有朋在板藩商人的支持下，将主力船运北上，直接攻击三十多里外的长冈城。
同盟军主力部署在槏g和朝日山一线，长冈城空虚，河井继之助下令主动放弃城池，撤向栃尾。
槏g和朝日山一线的同盟军得知后方失守，倒也不惊慌，从容击退前来进犯的山县有朋本队，交替北撤，与从长冈城撤出的友军在桑名藩领地加茂集结，并得到米泽藩派来的援军的加强。
五月二十四日，新政府军军舰第一丁卯丸和乾行丸号在寺泊冲海战中取得了一场微不足道的胜利，将同盟军方的运输船顺动丸号击沉，各地反新政府人员夺向革命圣地的海路通道开始变得危险起来。
有意思的是，这会儿，占有绝对优势的槺疚溲锏暮＞谷幌笪尥凡杂谎驮诮е鼙咚拇Υ蜃妒遣豢鲜┮栽郑斡尚抡牧教醵治蛔畲蟛还�500吨的军舰耀武扬威，也真奇也怪哉。