坂本龙马只得将这些大爷一个一个拉了起来，按在谈判桌子，开讲天下大局，结盟的必要性等等——事实上，这些人能及时从尊王攘夷改弦更张，都不是什么思想僵化顽固的人，只是长州对萨摩恨意已深，而西乡隆盛又正如坂本龙马所说的，是大鼓脾气，你不客气，他更不客气，所以两家没办法坐下来静心谈而已。坂本龙马一来，有人折衷和事，事情立马改观。

第二天，萨长联盟正式结成。“西乡隆盛，亦密遣始通好。长人不听。土佐人坂本龙马适在长，亦赞成其和。於是萨长释怨，而朝廷、幕府皆不知也。”

木户孝允仍然对萨摩非常不放心：“板本君，你得给我写个保证书才行。不然，日后萨摩藩的那些人讲话不算话，把咱给卖了怎么办？”

坂本龙马哭笑不得：你两大藩为了利益走在一起，利在盟在，这倒没有什么担心的。如果日后有利益冲突了，翻脸了，我区区一介下岗武士写的保证书又有什么用？萨摩藩，守不守信就看你们的啦。

萨摩藩没让坂本龙马失望，一句“臣不能从令”打幕府打得头晕眼花。日后两广总督李鸿章一句：“此乱命也，粤不奉诏”标志大清国中央政权的土崩瓦解，萨摩藩冒出如此高度相似的一句话，幕府的大旗还能打多久呢？

五月一日，小笠原长行向长州藩的使者转达幕府的最后通牒：“敬亲父子，虽嚮诛罪人恭顺谢罪，统御失道，罪不可逭。今奉朝旨，命以三事：‘曰，削封十万石。曰，禁錮庆亲父子，使孙兴丸承后。曰，绝三罪臣之后。’及执高杉晋作、桂小五郎等十二人致之。

小笠原长行还警告长州方面：“归告乃主，剋本月二十日复命。”

小笠原长行在广岛等了一个月，长州连吱都没吱一声。幕府长达一年多的武力恫吓就此宣告失败，反而白白给了长州藩一年多的整编、训练新军，做宣传发动工作、凝聚人心，拉朋结党的机会。如果幕府能象第一次长州讨伐那样果断的话，结果或许大不一样。

六月初，总数超过10万人的幕府军各部进入战斗集结位置；六月五日，先锋德川茂承到达广岛大本营；六月七日，幕府舰队的富士山丸、大江丸、八云丸和翔鹤丸等四条军舰驶近周防大岛，炮击长州藩的炮台，并派军队登陆作战，第二次长州征讨战（四境战争）终于在拖拖拉拉中打响了。

由于宇和岛藩伊达家拒绝参战，进攻大岛口的部队由幕府新陆军的西式步兵队和松山藩的藩兵组成。他们很轻松地击败了当地居民组成的民兵，占领了全岛。军纪极差的松山藩藩兵随之展开抢劫、杀戮，“所过抄掠”——千里当兵只为财，上一次长州征讨连根毛都没捞着，这回幕府总不好让咱空手而归吧？不然下回谁给你打仗哩！

高杉晋作暗喜：“幕府军如此行径，倒比咱作三天三夜的思想工作还要有效哩！”

因为兵力不足，长州藩本来计划弃守大岛口的（从阴谋论来看，也可以说是为了让藩人们看看被攻占的惨状的），见此情形，为振奋士气，高杉晋作等人决定夺回大岛口，以示寸土必争的决心。担任小仓口守备的高杉晋作部和担任机动的世良修藏部被调了过来，参加大岛的夺回战。

十一日夜，高杉晋作座船丙寅丸号闯入毫无戒备的幕府军舰队中，趁敌不备，猛轰得一阵，跑了。

惊慌失措的幕府舰队在黑暗中胡乱开火，第二天天亮一看，战绩不小，可炮弹全部打在自己人的身上。破残不堪的幕府舰队只得撤出战斗，退回母港。

赶走了幕府海军，世良修藏的第二奇兵队登陆，经过激战后，收回大岛，东南一线的威胁解除了。

六月十三日，艺州口方向，太田市之井、石川小五郎等人乘幕府军立足未趁之际，率先向当面小濑川一线的彦根、高田两藩藩兵迂回突袭。两藩兵猝不及及，“弃炮败走”。长州藩紧紧跟随，闯入艺州，还写信奚落两藩：“你们啊，跟你们祖先比，太没水准啦，我们赢得太轻松啦。那个嘛，俘虏什么的，我们养着也白费粮食，就还给你们吧，至于装备什么的，你们既然送了，咱就不客气了。如果不服气，咱们再来打一场，以后抓住一个俘虏咱可要五两赎金的喔。”

气归气，彦根藩却一声不吭。说实在的，幕府在井伊直弼死后，为了安抚反对派无缘无由拿他们开刀，他们对幕府的恨意远比没啥瓜葛的长州要深。让他们凑份子已算是不容易了，那里还肯出力为幕府卖命哩！

自己的场子给人占了，艺州的浅野家却一声不吭：“咱早就向瑞士学习了，你们爱咱打就打吧，不要打烂那么多的坛坛罐罐就成了。长州那边都说‘故且借地兹邑，非敢攻掠之也’，你幕府不会比他们还要狠吧？“

无奈之下，德川茂承只得亲率幕府的步兵队和纪州藩兵迎敌。两军对峙了老长时间，才在大野狠狠地打了一仗，战斗陷入胶着状态。

东北方石州口的战斗是六月十六日打响的，长州方的指挥官是大村益次郎。这位医生出身改行杀人的老兄带着一部人马穿过保持中立的津和野藩，突然出现在滨田藩。

幕府由石州口进攻主力部队是鸟取、松江、滨田、福山、纪伊等藩的军队。由于大部分人马并没有赶到，能应敌的只有滨田本地的军队和福山藩、松江藩的部分兵力。这些还没经过改制的藩兵在长州新军的横扫之后毫无还手之力，纷纷败走。

十八日，滨田城陷落，城主松平武聪“率其属航走出云”，再也不敢在这呆了。