但是，很快德川庆喜就发现，自己得以凭老爸齐昭多年来以尊攘思想培养出来以对抗井伊直弼的浪士们的暴力活动艰难地进入幕府的权力中枢，但这些猛犬已全然不受控制。自己不得不嗯下苦果，承受着当年井伊直弼等人受到的非难，真是天理循环，报应不爽。
公武合体了，新的人事任命也下达了，德川家茂与和宫的合体毕竟是公武合体的象征而非实质内容，新的气象是必须有的，新的政策也是必须出台的。朝廷之所以请德川庆喜和松平春岳出山，就是希望他们能搞出些新意思、搞出些有实质内容的东西来。
于是，所谓的文久改革开始了。
文久改革在幕政改革中最为重要内容，就是对参觐交待制度的改革。修正后的政策规定：首先，大名们参觐的周期由隔年改为三年一次；其次，在江户时间被缩短为100天；其三，原本作为人质的大名的妻子、亲属也允许返归藩。
我们知道，参觐交待这一项劳民伤财，除了幕府以外无一得益的政策是幕府控制大名，尤其是外样大名的最根本的手段之一，除了少数特例和特殊时期以外，从来没有变更过。这一次的调整，既是幕府在大名们的压力作出的较大的让步，同时也体现了幕府对这一番改革的决心。
第二项，对安政大狱相关责任人员进行“平反”和清算，“命井伊直宪，处其臣长野主膳严刑。释戊午以来罹国难者，削死者罪名，许建墓碑。寻数故井伊直弼罪，削其封十万石，及安藤信正二万石，久世广周一万石。其餘各有差。”。
毫无疑问，这是幕府为显示缓和宽政的态度而出台的政策，虽受不少人欢迎，抄书者却认为是短视之举。安政大狱，固然有井伊直弼利用权力打击政敌因素在里面，但寻其根底还是因为这些人的言行伤害了幕府统治的根本，冒犯了幕府的权威，任凭谁当家，都不可能坐视不理，袖手旁观。
此外，井伊直弼也罢，松平春岳和德川庆喜也好，不管之间政见如何不同，也不管为私利打得多么的皮开肉绽，都属幕府的“内部矛盾”，维护幕府统治都是他们的共同利益。激进的尊攘派却不同，他们与幕府之间是“敌我关系”，是要将幕府置之死地的。在这尊攘运动方兴未艾的时候，放了这些人和“削死者罪名”，全盘否定前任的政策，甚至对前任进行清算，不谛等于告诉他们：“哎哟，我以前错了，您做得太对了，来，继续打咱的脸吧。”
造反有理，打脸无罪，这种自虐式的政策的诱惑连咱都抵挡不住，何况那些本来就对幕府一肚子气的尊攘派呢？他们不抡起大巴掌把幕府打得满地找牙就是咄咄怪事了。
后来的事实也证明了这一点。
在抄书者看来，幕府要确保在自己领导下的平稳过度，适当表示缓和，恩威并济是有必要的，但不能急进；可以找个由头宽恕这些人的罪名，但不能平反；要报一箭之仇，井伊直弼、安藤信正，久世广周也是可以修理的，但不能以失政之名。只有这样才能在确保幕府威信的同时，向天下示恩，而不是直接向天下显弱。
如果说上面的政策和者甚多的话，那么接下来的政策可能就不怎么讨尊攘派的喜欢了：幕府将原来的蕃书调所改名为洋书调所，鼓励人们研究西方的社会制度、科学技术等学问，推进洋学研究并选派槺疚溲�?西周等人出国留学。
抵御外侮，必须强兵，与彼时中国的改革派们一样，德川庆喜也认识到了这一点。文久二年十二月，幕府下达了“兵赋令”，打破了只有武士才能当兵的传统，“庶民编步兵，分士卒，作抱（炮）骑二队，以号三兵卫”，从十七岁至四十五岁的农民招募6381士兵，并任命蜂须贺齐裕为陆军总裁。
这是从幕府乃至日本建设新型军队的起始点。
文久三年，幕府的“建军”工作正式开始。
不晓得日本农民们是不是也有“好铁不打，好男不当兵”之说，无论幕府怎么努力，甚至把最高军饷提到了二十两，也招不到足够的人数。幕府哭笑不得：平日闹一揆有力，叫攘夷有精。，如今叫你们当兵去打洋人，为啥一个个都成缩头乌龟了？
招幕来的新兵被安排在江户城的西丸下、大手前、小川町和三番町四处新建成的兵营中，以西方（主要是荷兰）的操典集训，其战术训练也按步、骑、炮三兵种协同作战的要求开展。士兵肩上的最新式的恩菲尔德1853式步枪取代了武士刀，进口或佐贺仿造的线膛炮与古老的前装滑膛炮一起相映成辉，倒也颇有几分怪异感觉。
为了加快西式武器本国化及推进本国武器的研制、生产，幕府向国外引进了一系列生产线、机床等，也就是咱大清所称的“母机”，设立了长崎制铁所、横滨制铁所、横须贺制铁所、神户海军造船所、江户船厂等军工企业，为日后的明治维新打下了基础。
描述一个末代政权的字眼通常有“昏庸”、“腐败”、“无能”及类似的字眼，然而，由上面的事实我们可以看出，自阿部正弘时代起的德川幕府并不象传统中描述的那般的无知、无能与顽固守旧。相反，他们或者是这个时候日本最为明白世界大势及日本当前危险局面的一群人，其灵活性可称典范。
他们并不一味地仇视外国人，在被迫开国的情况下及时转而西向，学习西方先进的技术，企图借助洋人的科技强国；基于国内形势的需要，他们及时调整策略，企图走公武合体的道路，改革权力体系，采取相对缓和的统治手段，放宽对大名们的限制，后来还捣鼓出了个“公议政体论”，希望能通过诸候会议的形式改革权力结构。
这些都证明，由幕府为主导进行改革，重新构建一个符合各方利益的权力体系并非不可能的事，这也是德川庆喜们正试图谋取达到的最好结局。