不久之后，他代表专案组作出了一个不怎么经得起历史考验的结论：群众反映的问题，丰臣秀次都有，而且严重性比传说中的更要大。他甚至有谋反太阁您老家人的不轨举动，不严加惩处，不足以平民愤，不严加惩处难维稳呐大人！
随便插句嘴：这案子结后，丰臣秀次的旧领大多数被石田三成和另外一办案人福岛正则给分了，石田三成还因此获得了近江佐和山十九万四千石的知行。如果所有的案子都按奖励机制来办的话，专案组一下，这世界还真的难有无罪之人了。
石田三万和福岛正则春风得意、财源广进，而丰臣秀次可倒霉了。七月八日，他求见丰臣秀吉不得，被福岛正则挡了架。然后被一撸到底，摘去了关白的帽子、丰臣秀姓氏流放于高野山。
七月十五日，年仅二十八岁的丰臣秀次被迫剖腹自杀，首级被送至三条河原示于众人。
半个月后，三条河原又驻进了一批冤魂，丰臣秀次的遗孤四男一女、妻妾及侍女等三十九人象狗一样的全部被杀掉，他们的尸首被丢进了一个巨大墓穴里，此后这座墓便称为“畜生冢”。
大清洗继续无情地进行着，前野长康、木村重兹、服部一忠等一大批人被杀；三好吉户、菊亭睛季、前野忠康、六角义乡等人或是被流或是被贬，连赐予丰臣秀次的聚乐第都被拆焚一空。丰臣秀吉存心要把丰臣秀次在这世界上存在过的一切痕迹都抹掉，他的目的似乎也达到了。
丰臣秀吉制造了这一开头，却意料不到最后的结果。他的大清洗固然洗掉了自己“亲生儿子”道路上的障碍，同样也扫掉了秀赖可为依仗的羽翼。老一辈的人材大多凋零，又抑或被丰臣秀吉的绝情寒透了心。石田三成、加藤清正、小西行长等人却又未能有足够撑得起秀赖顺利接掌政权的实力，自已若是归西，又有谁肯死心继续效忠丰臣家呢？
丰臣秀吉当然认为自己是有办法的，他费尽了心机，以德川家康、宇喜多秀家、前田利家（后改前田得长）、毛利辉元、小早川隆景（后改上杉景胜）为五大老，充当秀赖的后盾——他也知道，这五位外样大名，后盾是谈不上的，然则建立了这样的合议制度，只要他们不串通起来，能达到互相制约的效果，丰臣家便无倒台之忧。
为避免妥协、联盟情形的发生，他搞了个大小名统制法，规定：大名们间不可结亲联盟，不可互相攻讦，建立对话沟通体系，免生误解等等。
在内部，丰臣家的事务主要由石田三成、浅野长政、前田玄以、长束正家、增田长盛等“五奉行”为核心来运作，向外团结并联盟五大老中人，以防五大老之中的野心者犯上，于内折冲丰臣家的各部矛盾，处理各种杂务。真正辅助秀赖就位的不是那些五大老，却正是这五奉行。
丰臣秀吉一套权力制约体系设计得天衣无缝，配套制度也想得十分周到。可是他忽略了那么一点：这套体系的线头必须是要抓在他手上的。就象杂技演员手上转着的碟子一样，只要技术过关，手腕熟练，任你如何看似各向离心，却不会出现问题；如果抽走了那只手，纵然静止不动，碟子们也会砰然粉碎。靠忠心之类人品式的词汇为基础的权力制约体系是靠不住的，没有足够实力维持的游戏规则不过是一纸空文。丰臣秀吉一死，整个体系立即土崩瓦解，连他嫡系的五奉行、将领们都争吵不止，水火不容，各怀异志的五大老，又如何指望得上？
一五九八年三月，费时费资颇多的醍醐寺诸堂的修复工作完成，喜好热闹的丰臣秀吉为此搞了一次被称为醍醐之花见的赏花宴会。为了显示自己的财力，他增修了不少亭台楼阁，还特间从诸国搜索了七百多株名贵的樱花移至寺内。花丛树下，丽人穿行，笑语盈盈；楼内阁中，峨冠乱点，酒香袅袅。尽管醍醐寺外大兵压境，戒备森严煞了些风境，却还不失一番热闹的好景象。
然而，心神不宁的大名们都瞥着瘦骨嶙峋的丰臣秀吉，各怀鬼胎，盘算自己在后丰臣秀吉时代的出路与打算。
此后，丰臣秀吉再也没有在公众场合露过面。
四月底五月初，丰臣秀吉再次得病。关于他的病说法，很多，梅毒、胃癌、痢疾，尿毒症，甚至脚气皆有之，最离奇的说法当属是因为吃了沈惟敬献上的有毒食物而得病。
他得什么病事实上无关紧要，紧要的是，他快要死了；关键的是，他也知道自己准备要死了。
死就死吧，自己已经六十多岁了，立马死掉也不算夭折，何况海峡对面，还有无数的冤魂在等在自己的呢？唯一不安心的不过是秀赖而已。
他的心态，连大明那边的人都看得清清楚楚，杨镐给丰臣秀吉的信上写道：“尔已六十余岁，寿命几何？子未足十龄，孤弱何恃？闻各岛之酋，俱觇尔隙，欲为复仇，报怨之举……一旦诸岛内变，若萧墙祸起，清正诸将，各个思欲为王，岂肯各居尔下耶，将来又肯居尔子之下者也！”
他决定不能让这些事情发生，在自己死掉之前，要尽量为他开好道吧。
他找来浅野长政、石田三成等心腹近臣，希望能在自己死后，他们继续关照秀赖；他要求大名向他写誓书，发誓永远忠于丰臣氏；他还写下了遗书，吩咐自己的身后事。人说人之将死，其言也善，但这位爷到这个时候给丰臣秀赖写信的时候，还惦记要惩罚惹他不高兴的四个侍女，其言压根见得不得善到那里去。
八月五日，他勉强支撑着虚弱的身体，接过五大老、五奉行用血写的誓书。他很高兴地笑了，似乎这些东西真的能保证他的爱子能够顺利执掌政权一样。他半睁半闭着眼睛，断断续续唠唠叨叨地向这些掌握着日本命运的人吩咐杂七八糟的事，自已的丧事怎么办、以后大家要听前田利家和德川家康的安排等等，直到累得不能再说话为止——一生的奋斗已经接近尾声，所有一切即将烟消云散，他已经不再是掌握天下的枭雄了，只不过是一个干枯将死的小老头而已。
在挣扎了十多天之后，八月十八日，丰臣秀吉终于心有不甘地撒手人寰。
如果要给他一句话作为盖棺定论评语的话，抄书者认为，从个人的角度来看，他一生的故事是经过自身奋斗从底层爬至最高层的一个励志故事；从日本的角度来看，尽管他杀戮无数，却终结了战火纷飞的战国时代，确立一系列的社会制度，为二百余年的江户时代立下了奠基石，可谓功德无量；然则，就东亚诸国的角度来看，他的自大与野心，给各国带来了沉重的灾难，尤其是朝鲜。战争中，“日本军所到之处，庐舍皆焚烧，人民被杀戮，凡得我国人，悉割其鼻以示威。”，平壤撤退后，“人马之死相枕，臭秽满城，城之内外，白骨堆积如山。公私庐社一空，惟有灰烬瓦砾。”，对于朝鲜与大明来说，他除了是个手上沾满血的刽子手外，不应有其它称谓。