这下德川家康可算是被推到油锅里了。朝仓军人数较多，攻击如潮水般一波又一波地涌向了德川军的阵地（据说德川军放弃临河阵地，那是引蛇出洞、诱敌深入啥的）。德川军前锋酒井忠次、小笠原长忠奋力而战，防线仍象在十二台台风狂吹篱笆墙一样，岌岌可危，眼看就有被对手攻破之势。
德川家康急吼吼地叫来本多忠胜、本多广孝、松平忠次、等人上前增援，自己一直控制在手中的预备队神原康政队从西侧移动，渡过姊川，将朝仓军拦腰截断，将敌人分成两段，先歼灭当面之敌，再作打算。
此举果然奏效，神原康政从中路插入，打得按部就班地渡河攻击朝仓军不知所措，首尾不能相顾，阵型一下就乱了起来。
酒井忠次、小笠原长忠等人精神大振，下令士卒全力反攻，一鼓作气，将已渡河的敌军赶入河中。
这时候，朝仓军中的真柄直隆、直澄这样的猛人级的打酱油人员开始发威了。据说这兄弟俩身高九尺，力大无穷，弓马娴熟。两人裹在乱军之中，进退不得，心下焦燥，便一声大吼，拨开众人，冲出阵来，扑向德川军。兄弟双剑合壁，太刀舞得象个雪球一样，雪花盖过之处，德川将士非死即伤。
朝仓军见状，士气稍复，也纷纷随着他们回身反攻。德川势猝不及防，被连破数阵，连德川家康都得亲自提刀，亲自杀敌了。
好在德川家的三河武士也不乏先进典型人物，青木一重带着勾坂三兄弟围上了真柄直隆，以多胜少，乘空隙将直隆斩于阵中。不多时，真柄直澄和真柄直基也先后死于阵中。
这几位酱油党一死，朝仓军再无战意，全军撤出战斗，迅速北走。
德川军眼睁睁目送敌人远走，也无力追赶，这一场血战已经使得他们筋疲力尽了，何况，右翼的战事还要他们支援呢。
野村这一边，浅井长政以弱凌强，打得织田军完全找不到北。第一阵的坂井政尚刚眨了一下眼睛，对方的先锋矶野员昌已经从自己身过突破了过去，冲到二阵池田恒兴而前。有江北之鬼之名的矶野员昌是佐和山城城主，据宣传部的通稿声称他与手下的一千五百如入无人之境，象锲子一般的钉破了信长十二道防线的十一道，浅井军其它部队紧紧尾随而入，扩大战果。战到最激烈的时候，织田信长甚至已经可以闻到敌人铁炮发射的火药味。
然而，浅井长政的好运也就在传说中的第十一道防线上结束了。一直监视着横山城按兵不动的稻叶一铁、安藤守就与氏家卜全迅速北上，从左右两翼向浅井长政夹击。不久后，得胜的德川军东移加入了战团。已经深入织田信长阵中的浅井军撤退不及，陷入三面夹击之中。
浅井长政眼见就要被包了饺子，只得带着后队，逃过了姊川，踏着朝仓军的脚印，向北逃回小谷城。一直冲在前面“锲子”矶野员昌见后撤无望，干脆带兵继续向前冲，突破美浓三人众的阻拦，安然撤回佐和山城。
织田与德川军联军北追了一段，返身拿下了横山城，以丰臣秀吉为城番；并以丹羽长秀、市桥长利、水里信原、河尻秀隆等人鹿垣等工事将佐和山城围住：“矶野员昌你能冲是罢？如今给你织了个笼子，看看你还怎么冲！”
矶野员昌没能再上演“員昌の姉川十一段崩し”的好戏。在围城期间，丰臣秀吉撒布矶野员昌的谣言，使得佐和山城被孤立了起来。
次年二月，在四面楚歌中，他被迫向织田信长投降，在织田阵营干到一五七八年，然后出走，不知所踪，此乃后话了。
织田信长终于知道做领导的幸苦了：朝仓、浅井这边的事还没了，近江那边又出的事了。
姊川合战后的第二个月，几个月前在金崎撤退中殿后立功的池田胜正被其弟知正和家臣荒木村重、中川清秀放逐。池田知正随即引来了岩成友通，三好长逸也在阿波积极响应，重返摄津。十河存保、安宅信康，斋藤龙兴、长井道利等人纷纷举兵相应，摄津、河内乱成一团。前线记者写稿子的话，来个“三好三人众重出江湖，河摄两州国风云再起”的标题倒也恰当。
既然当上了领导，幸苦是说不得的事。八月二十日，织田信长再次出阵近畿。八月底，织田军在各个战线上击破了三好军，浦江城、畠中城先后落城，剩余的敌军被围在野田、福岛两城。
由于力量对比过于悬殊，打得几天，三好三人众联军要求投降。
尽管伤亡很大，织田信长还是厌恶地拒绝了议和的请求：“反反复复的奴辈，全部攻杀拉倒！”——在他看来，三好三人众等人已经是一个毒瘤。如今好不容易把那么多的死硬份子（据太田牛一不完全统计，此时两城内的反对派有细川昭元、三好长逸、三好山城守康长、安宅信康、十河存保、篠原长房、岩成友通、香西佳清、三好政胜、斎藤龙兴、长井道利等人，除了香西佳清和三好政胜为织田内应外，其他都是反信长的死硬份子）赶到一堆，自然要毕其功于一役，好腾出手来对付北线的战事。他现在本钱多，就算拿尸体来铺，也要铺上两城的城头！
与织田信长一道来到前线的足利义昭没有说话。
“反对党”方无奈，只得继续抵抗。双方发生了大规模的枪战，呯呯的枪声不绝于耳，那是三好方的傭兵铃木孙一等人的杂贺众和织田方特邀嘉宾畠山昭高所领的根来众在大显身手。织田军冒着雨般的子『弹』，在铁炮手、弓箭手的掩护下，一尺一尺地向前挪动，填平壕堑，扫倒树桩，进展虽然缓慢，却每一刻都在向胜利迈进。
战于九月十一日，记录中已经有献城兵首级的报告；到了九月十二日，织田军铁炮手更是借掩体靠成了城池，两城指日可下。
然而，九月十二日夜，离福岛城仅八里地的石山本愿寺早钟响了起来。
织田军惊恐地望着天空，织田信长最不愿看到的事情终于发生：本愿寺显如参战了。
如果要给本愿寺找一百个与织田信长开战的理由，估计也不是什么难。当然，不管理由是多么的大义凛然、冠冕堂皇、卑鄙无耻、强词夺理，背后的实质跟德川家康在三河那里干的事一样，都是掌握有实权的战国大名与同时掌握有精神武器和武力的宗教组织在分赃不均、讲数不谐的条件下爆发的冲突而已。
若以此为理论依据，织田信长同样有向本愿寺开战的理由。但在两城将下，北线朝仓、浅井又蠢蠢欲动、自己手下又有大批根来众参战的情况，织田信长大概暂时不会去触这个霉头；相反，本愿寺显如拒绝了织田信长贡献军费的要求，知道日后织田军必定找自己的麻烦，急于在三好军覆灭之前“拉兄弟一把”，所以他比织田信长更有动手的理由。