这样狂热的气氛一直坚持了一个多月才慢慢地散去。
对日本战国时代的和尚们，日本人自己的评价很是生动：“僧某以善化诱，得众资甚富，乘世乱，蓄兵招客，所在攻略。四方巨刹、名祠，各傚树党。民间无赖，亦托以啸聚。”诸武家们虽然对他们又怕，却又爱，“诸大名虽苦其横，战争或取援其党，以利一时，故势日张皇。一揆之害，卒遍诸道。”
深刻地领教了“群众运动”力量的细川晴元对本愿寺的力量深感畏惧，宗教的狂热性与不可控制吓倒了年轻的管领大人。将这些人留在近畿必定养虎为患，他是这么想的。
就这样，证如一点功夫都不花，就完成由细川晴元盟友转到敌人的改变。不过，细川晴元同是玩代理人战争的好手，他不需要自己亲自出马，只需将本愿寺众迫死三好元长的消息及他们的口号抄送给日莲宗即可——当然，自己对三好元长之死的责任那是要轻描淡写，一笔带过的。
八月二日，细川晴元向非本愿寺系统的寺院送出鸡毛信，上面写道：“一向一揆不听指挥，擅自行动，意图明显。如果再这样由凭其这样下去，只怕各宗派都会被本愿寺消灭。”日莲宗的人心领神会，纷纷响应日莲宗本山的号召，从家里抄起家伙，聚集本宗的各处寺社里。
类同于本愿寺一向宗的一向一揆，日莲宗的一揆因他们的圣经是《法华经》，所以亦称法华一揆。
八月七日，法华一揆包围了本愿寺，将正在准备召开表彰大会的证如堵在寺里。从十五日起的一周里，得到细川晴元、六角定赖等武家人支持的法华一揆不断地攻克对手的防线，缩小了包围圈。各地的一向一揆竭力来援，均被杀退。
为免遭举寺灭顶之灾，本愿寺派出谈判代表，乞求和平。却被法华一揆顶了回来：咱们是在打圣战呐，圣战，你懂吗？这不是请客吃饭可以解决的问题，你懂吗？
本愿寺的谈判代表没办法，只得回去汇报：老大，这事儿没辙。要不，咱们改念几天法华经怎么样？
八月二十四日，一向一揆受到毁灭性的打击。莲如上人首创、凝结数代人心血的山科本愿寺被付之一炬。法主证如逃到石山御所，这也是后世所称的石山本愿寺的开始——当年莲如上人不辞劳苦地跑来这个建了个窝，如今才得见其高明之处，真不愧是狡兔级的人物。
细川睛元、法华一揆断断地打了一年多仗，始终灭不了一向一揆。一五三五年，解决了家族内争的细川晴元加强了对证如的围攻，石山本愿寺岌岌可危，连后奈良天皇都认为本愿寺即将灭亡。
在此种情况下，十一月，证如答应了一系列的屈辱条件，甚至还可以给细川晴元送了点礼，终于和细川氏、六角氏、日莲宗签订和平协议，宣告退出京都、近江一带，不再在这样地方搞地下活动，暂时离开京都这个是非之地，也发誓不再掺和武家的事务。
当然，被打还是会还手滴。
日莲宗的和尚们笑了：以后京都这一块的地盘不就是咱们家的了吗？来来来来，都把保护费交上来。
武斗的胜利使得日莲宗的大师们对自己的文攻水平充满了信心。一五三六年（天文五年）三月，日莲宗妙光寺的信徒松本久吉跑去听延历寺的高僧华王房讲法，听着听着这鼻子就翘了起来：大哥，你这说得不对，应该是咱咱咱样滴。
华王房张口结舌，继而大怒：给我乖乖地闭上你的鸟嘴。佛祖有云，文攻不成就武斗，甭以为高佛就不会发火！
松本久吉睁大眼睛：言论自由是天赋人权，您有什么权利要咱闭嘴呢？
他不单不闭嘴，还狠狠在把华王房损了一顿，扬长而去。华王房鲜血狂喷，昏死在地。
这就是所谓的松本问答事件。
山门的和尚果然言出必行，一边派人向幕府和后奈良天皇投诉日莲宗这名字取得不地道，一边派人偷袭法华寺，将松本久吉和僧人、信徒三百多人杀死在寺内。松本久吉如簧巧舌，拳脚上的功夫却是稀松平常，真不知道他怎么敢去惹连白河天皇都头痛的山法师们的。
不过我们还感谢他，他以血淋淋的事实告诉咱们，在迷信暴力的人面前，该闭嘴时还得闭上您的尊嘴，否则会出人命的——那怕他是穿着袈裟，挂着念珠，慈眉善目的老和尚。
日莲宗的人怒了：君子动口不动手，你说得过的时候就当君子，说不过时你就当小人，还有没有点原则性啊？众信徒摩拳擦掌，纷纷要求在新的革命历史时代再立新功，拿下延历寺那群小人。
日莲宗的法主也不好给群众运动浇冷水，免得给戴上右倾的帽子，当下也默认了信徒们的举动。
于是，数以千计的法华一揆涌入京都，一些迫不及待地想发点小财的人在混乱中放点火，打点劫，还与没抢上的人交流经验心得啥的。结果越来越多的人投身下海，加入抢劫的大军。达官贵族们几乎户户被抢，人人自危，京城里乌烟瘴气一片，鸡飞狗跳满地。
天皇与将军义维逃往阿波后，足利义晴又官复了原职，继续当他的傀儡——向幕府和山门发出通知，要求将为非作歹的法华一揆拿下，恢复治安。他们也知道，反正自己的命令已经好多年没人听了，装装样子，好体现自己的存在感吧。
出乎他们感觉到欣慰的是，积极响应天皇与将军号令不仅仅是延历寺众，兴福寺、东大寺、圆城寺的和尚们全都抄起家伙加入了讨代法华一揆的队伍。日莲宗的和尚们历来孤芳自赏，自视甚高，又喜欢四处树敌，也怪不得历来看不对眼的北岭南都难得一致的合起伙来对付他们。最后连曾经的盟友细川晴元都站在圈子外为敌人加油，法华一揆要怪，还真只能怪他们自己——当然，细川晴元也可能早就有抛弃他们的念头了，就象当初对本愿寺一样。