有人认为这其实不是后醍醐天皇的本意，而是在足利尊氏的强迫下作出的舍车保帅之举。这大抵上是为痛踩足利尊氏、维护糊涂蛋后醍醐天皇光辉形象而扯的淡。此时的足利尊氏只是诸路将军中较大的一股而已，他还没有实力，也没有胆子搞迫宫。他以先下京都之利在京城占有优势不假，但他是在近畿武士们包围之下的，这些人他指挥不动，却是没有被削权的护良亲王的好帮手，一旦打起来，只怕足利尊氏顶不到两天。后醍醐天皇若是感觉受到足利氏的威迫，他大可把支票本送给护良亲王，重赏之下，要召集支军队还不易如反掌？后醍醐天皇政治IQ麻麻的，却不是傻子。
随后的清洗中，护良亲王的心腹共有三十多人被杀。护良亲王写了篇上诉书，却如石沉大海，毫无回音。他只得凄凄楚楚地收搭行装，被流放到镰仓，落在敌人手里，开始了他八个月的囚徒生涯，陪同他的只有女官南之御方。
除去自己最为强劲的对手，足利尊氏长长的吁了一口气。护良亲王虽然未死，落在自己弟弟的手上，跟死人也差不多了。现在他唯一要做的事情就是等待，等待一个重返镰仓的机会——足利尊氏舍近求远，非要跑回关东去举事，说明他对自己在京城的力量并不放心，从而也反证了护良亲王落难是足利氏威迫所致的荒谬。
一三三五年（建武二年）六月，京都发生刺杀后醍醐天皇未遂事件，主谋是西园寺公宗和北条泰家。西园寺家世代为关东申次，是北条氏是同穿一条裤子的。北条灭亡，公宗不免有些兔死狐悲之感，便与藏在自己家中的北条泰家联手密谋刺杀后醍醐天皇。事败公宗被杀，北条泰家毕竟跑路的经验丰富，一路如*夫狂奔式地大步跑，窜到了北条氏余党最为集中的信浓国。
暗杀不成，北条泰家便拥北条高时的儿子时行为主，打出了恢复镰仓幕府的旗号，攻踞信浓，扫荡武藤，大军直迫镰仓。
北条余党的这次反乱，被称为中先代之乱。
相模守足利直义抵挡不住北条的哀兵，一战而败，忙不迭的带着成良亲王逃回京师。在撤出镰仓前足利直义令渊边义博刺杀了护良亲王。一直陪伴在护良亲王身边的侍女南之御方火葬了死不瞑目的主人的尸体，背上骨灰，孤身一人从镰仓走回到京都，向后醍醐天皇告御状。
刚过了年把好日子的天皇公卿，听闻北条氏卷土重来，连下三国，尽皆惊怖。足义尊氏却大喜：这就是我的好时机啊。他当下请缨：要代朝廷扫除此心腹大患，为天皇分忧，这就是“上以辅公家”啦。不过嘛，您多少也应该给我个名份，比如征夷大将军什么的；您也应该有点激励措施，比如让我管领东国什么的，好让我“下以为私荣”嘛。
看样子足利尊氏此时还没有准备跟朝廷直接作对的意思，只是希望能通过军功而取得管领东国之权而已。至于之后的事，到时再说。
后醍醐天皇没有让他称心所愿，只给他封了个征东将军的称号，就象为哄小孩子而塞给他一个棒棒糖的大人：宝宝乖乖，你帮我打瓶酱油回来，打回来之后请你吃汉堡包。
足义尊氏大怒：打发要花子呢你这是？
他一把把棒棒糖扔在地上，连行也不辞，就带着五万大军出京，与停留在矢蚓的足利直义合兵一处，先后在桥本、相模钻击败北条氏叛军，重新收复了镰仓。
后醍醐天皇深谙过河拆桥之道，护良亲王的桥板不是给他拆得了一干二净吗？自己儿子都那样，拆足义尊氏的桥他更不会手软了。危机过后，他并没有请足利尊氏吃汉堡包，只是送来一包薯条——从三位，并派藏人头源具光到镰仓宣其班师回朝。这倒不是后醍醐天皇小气舍不得多掏几块钱：随随便便的就把征夷大将军送给你，日后你效源赖朝之法来对付我老人家怎么办？吃了那么多年的苦头，就算是货真价实的蠢蛋也懂得其中的利害关系了吧。
据说足利尊氏还真的准备老老实实的回京述职，却被足利直义劝住了。足利真义的大理由里包含着自家的小算盘：足利尊氏有功无过，回京城至少在目前没啥事；直义在这场动乱中唯一做得正确的事（对足利氏而言）却是杀了护良亲王，绝了退路。人家毕竟是父子俩，自己没有接到命令就杀掉了护良亲王，只怕回到京城后日子不好过吧。
既然不打算上京，兄弟俩人就在年源赖朝的地盘上重新开置府治，自称为征夷将军兼东国管领。足利尊氏自是“擢赏有功，抚纳降附，”
对后醍醐天皇的建武新政极为失望的人们眼前一亮，似乎有种找到了组织的感觉，纷纷奔走相告：“跟着镰仓有肉吃”、“ 吃他娘、穿他娘，尊氏来了不纳粮”等等。“人思自效。虽北条氏党羽，倾心争归。”
随着自己势力的快速壮大，足利尊氏早期的不安感消失得无影无踪，开始清扫关东各国，着手扩张地盘。他先是收走了新田义贞及其族人在自家地头上的领地，然后陈兵数万，准备用武力跟自己的那位远房亲戚开打，解决上野问题。
新田义贞在朝廷中唯一可以依靠的护良亲王早就成了泥菩萨，由此一开始时他似乎并不计划跟足利尊氏搞对抗，忍声吞气，希望能和平解决问题。
很快他就发现退让是没有用处的，足利氏的步步进迫倒不是跟两家的私人恩怨，他们想要的是上野的地盘。自己要不就是尊其为主，自愿当家臣；要不就是大打一场，决个高下；最后一条路子就是放弃上野，灰溜溜的滚蛋。
新田义贞的存在感虽然不强烈，然他的自尊心不容得他臣服，亦容不得他落荒而逃，“打”成了唯一的选择。