与农业生产同步发展的，是手工业进步。从事手工业生产的人们，逐步脱离了农业生产，从农业生产中独立出来，成为了专职工匠。专职的工匠们不仅分布在专统的手工业中心京都和奈良地区，在镰仓、博多等城市以及围绕着手工业源材料周边区域和交通要道，都形成了新兴的手工业中心，手工业的生产主要以金属冶炼、铸造、丝织、麻织、造纸、酿酒、陶瓷制造为主，刀的锻造技术的进步尤其显著，日后蒙古入侵时让驰骋亚欧大陆的蒙古骑兵吃够了苦头的日本武士刀便是刀锻冶工匠的杰作，这些玩艺还大量出口南宋为日本创汇啥的。
镰仓时代的商品经济已经相当的发达，作为商品交换主要场所的市集由不定期改为定期，并分布在全国各地。原本自给自足的庄园，都或多或少的加入了商品经济的成份。不少中小庄园中的小名主阶层发现从事卖买比从事农业生产更加获得利益，从而定居于市集，转变为专业的商人。他们与手工业者一道，成为市场的主要力量。商人和手工业者后又组成为被称为“座”的同行公会，“座”向朝廷、贵族或者领主交纳相关款项，取得在经营权、生产权及通行权。
商品经济的发展促进了货币的流通，日本朝廷从奈良时代就苦心经营的货币终于得到了广泛使用。除了商品流通使用钱币之外，庄官和地头向领主交纳的年贡往往是缴纳钱币而不用实物，部分比较富裕的名主也把自己的产品换成货币，在市集经营酒屋，放贷，货币兑换等金融行业也随之而出现了。
从事这些产业的，仍是以比较能“与时俱进”的领主和百姓名主，相反，某些经营不善的御家人出现财务问题从而破了产。御家人的日子本来应该是最好过的，但是随着御家人家族的繁衍，人口越来越多，而每个子女都是有继承权的，祖宗留下的“蛋糕”便越分越小。部分有力御家人对其它御家的土地进行强取豪取，也使得许多在镰仓没有影响力的御家人破产。不少御家人被迫沦落到靠借高利贷渡日，以祖传下来仅有的土地作抵押的程度。
说到钱的问题，我们知道，日本自从王朝十二钱之后，没有发行新的货币，在市面上流通的主要货币还是外币——宋币。出于对宋币旺盛的需求和经济利益的需要，镰仓幕府加大了与南宋的贸易来往，出口砂金、真珠、水银、硫黄、刀剑、扇、美术工艺品，并进口高级丝织品、陶瓷器、茶、香料、药品、书籍、文具、绘画、珍贵木材，据说船员水手多达百人的船只每年抵达南宋各处口岸的有四五十艘之多。
偏安于江南的南宋政府对铜钱的大量流失很是头疼，曾要求镰仓方面限制贸易船只的数量。镰仓这会儿跟南宋政府倒也还是挺合作的（这事儿不合作也不成，人家不给入境啊），通过镇西奉行对日宋贸易进行管制，减少了对中国贸易船队的数量。
日本与宋元的文化交流往来仍以学问僧为主。据统计，在镰仓时代百余年间，入宋日本僧有多达百余人之多，这些僧人来到中国，一混十几二十年，除了佛学外，大都都涉猎儒学、文学、书法，还有印刷等“高科技”，中国入日的商人、僧人也不少。双方的正常关系一直持续到元朝入侵，官方的来往断绝后，民间贸易与僧人的来仍然未断绝。
在这个阶级日本输出的不止是商品和僧人，还开始出现后世称为倭寇的大名鼎鼎的海盗。这些早期出现的海盗可不是明朝的西贝货，而是如假包换的“真倭”。他们本来是只是老老实实，正正劲劲做生意的商人，但是如果时机合适，他们会摇身一变，亮出兵器，抢掠沿海居民，至于说到底是做生意是他们的本行，还是做海盗才是他们的第二职业，这倒是很难说。早在北条泰时掌权的头一年（公元一二二三年），高丽这边记载：倭寇入侵金州。这是高丽历史上第一次明确记载倭寇的入侵，并且在随后的百余年里逾演逾烈。
在这一时间，中国进化版的儒学，程朱的理学通过在镰仓时代传入到日本。它并不是以独立的儒家意识学派的方式传入日本的，而是是佛教禅宗的思想相结合影响镰仓的基本政治思想。禅宗是武士阶层中最为流传的佛学，其中又以临济宗的影响最为大。
临济宗的创建人为荣西和尚，“海龟”之后于公元一一九一年建立了临济宗，此人与历代将军和执权的关系相当密切，源氏的将军和北条执权大多信仰该教，从而使得它成为了镰仓幕府的“官方指定”宗教；禅宗的另一派曹洞宗由道元传入，在武士间也颇为流传。
此外，由日本旧有的佛学流派中发展出了净土宗、真净土宗（一向宗）、时宗和日莲宗。净土宗可以说是“穷人”们的佛教，其开山祖师法然认为只要人们专心念佛，就可以“往生极乐”，省时省力省钱省手续。对没有时间、没有金钱，也还在为生活苦苦挣扎的普通农民来说是个成佛的福音。
由净土宗发展而来的真净土宗、时宗更加方便，处处为群众着想。它们认为，即使人们不严守什么戒律清规，取妻生子，只要念佛就可以他力往生，所以这些教派在农民中很有市场，不少商人、手工业者和下层武士也是它的信徒。
日莲宗则是由日莲开创的一个斗鸡式的宗派，宣明只自己一伙弘扬《妙法莲华经》的老兄才是正宗，认为其它的都是邪教、邪法，日本的天灾人祸都是因为人们相信禅宗、净土宗等，要求幕府下令禁止，唯我独尊等等云云，是个态度观点都比较激烈的教派，连日莲本人都曾多次受到打击流放。