在这样的门阀制度之下，有才者没有进阶之日，从地方到中央，管理国家的权力就集中在几个家族的手上，造成人事上的死水一潭。享权日久的贵族们失去了进取心，娇懒奢浮，窝里拍砖倒是拿手，领兵打仗则一塌糊涂，岂是以适者生存的原则存活下来的武士们的对手？在武士阶层已经事实上已经成长起来的时候，顺应潮流的做法是承认他们的地位，配过权力的分配协调两者的关系，走公武结合的路子。一味的对抗，想恢复到平安时代初期的政权模式显然不可能的。
后鸟羽上皇自然没有咱放马后炮的先见之明，他大抵认为这群山大王们的得势不过是机缘巧合而已，如果上天再给我一个机会的话，我决不会放过它；如果上天不给我的机会的话，那我就去创造机会！
他的不甘是有的，目标是有的，勇气是有的，决心也是有的，刷子也不能说一点没有，没有的是把握大局的能力。
建永元年（公元一二零六年），摄政藤原（九条）良经被盗所杀，这个案件在当时成了无头公案。据说三百年后，他的曾曾曾曾不知道几代孙子九条尚经帮他找到了凶手，并为他报仇雪恨等等，那大抵是后人编的故事，信不得。
但是，史书对这起凶杀案的描述很有意思：“盗自良经寝室天井上，以枪鏦杀”，杀人的武林高手越过重重的警卫线，身犯奇险似乎不是为钱，而是为了直接要他的命。加上他是九条兼实之子，镰仓亲近者，四代将军藤原赖经祖父的身份，多少让抄书者有些阴谋森森的感觉。
不久之后，与九条良经有姻亲关系的藤原（西园寺）公经也受到了冷遇。藤原公经与藤原良经同是源赖朝妹夫一条能保的女婿，后来两人又做了亲家，藤原伦子嫁给了九条道家，生下了第一代的摄家将军。后白河天皇在后来在反北条义时一看，惹，你们兄俩那么好，良经都死了那么多年了，你也该差不多了吧？借你的头来祭祭旗如何？
好在内大臣藤原公继苦苦劝阻，这才保下了他的老命，西园寺这名字才不致于还没叫出名堂就夭折了。
承元四年（一二一零年），做了十二年傀儡领导人的土御门天皇此时不过十五岁，属于老人精的那种，在对镰仓的舞步上与老爸并不怎么配合，经常踩老爷子的脚，后鸟羽天皇抱着发红发肿的脚丫子心想，照这样子跳下去自己不一放残废就怪了。为了统一思想，后鸟羽上皇也不嫌上皇的位置挤，把土御门天皇给换了，升格为上皇，靠窗边唱和歌，注孝经去了，让与自己思想高度一致的守成亲王上台，是为顺德天皇。
后鸟羽天皇还是挺有耐心的人，当初城长茂绕着宫城的跑道跑了几大圈，向他要讨伐源赖家院旨，他老哥愣是不给；北条时政把镰仓弄得个乱七八糟，他仍旧按兵不动。军事是政治的本钱，自己没本钱只能先开小卖部，不然申请破产也没法院接管啊。
就是摄家将军藤原赖经东出后不到一个月时间，京都发现了一件大事。
此事的主角是一个叫源赖茂的人，他是革命老前辈源赖政（陪以仁亲王首先打出讨平大旗随后战死的那位）的孙子，身份不明，又说是大内守护，又说是西面武士，说不清楚是哪一派的，按理说不是镰仓派来的京都守护才是，否则镰仓在此后不会那么的沉默。
据说他图谋不轨，当然也不知道他是图啥的谋，据说他谋将军之位，向朝廷发难；又或者说他可能是掌握了后鸟羽上皇阴谋对镰仓动手的消息。不管怎么样，总之是后鸟羽上皇要他的脑袋，他老哥便带着自己儿子和守下，劫持人质，躲进了仁寿殿抵抗，最后抵抗无望，自焚而死。
他自杀倒不怎么打紧，但是他的一把火把皇宫烧得连架子都不剩。为了重建与装修房子，后鸟羽上皇要天下地头给他凑份子。
没想到他派到东国的使者回来给他说：东国那圪塔的人都说要钱没有，要命都是有一条，上皇有能耐的话，请向镰仓那边讨。
正住在救灾帐蓬里的后鸟羽上皇对此非常不高兴，下令镰仓撤掉那些不肯交集资款地头的职位，对其中严重不把领导当干部的家伙杀一儆百。
镰仓方面回答也干脆：昔日打天下就是靠这些老哥哩，设地头是对他们的论功行赏，没啥错误，就算是右大将（源赖朝）复生也不好处理这他们啊——为了自己的利益干掉和田义盛等人是一回事，为了后鸟羽上皇得罪那些个军头又是另外一回事，北条义时心中自然有数。
出于要牵制北条它势力的原因，无论是源赖家还是源实朝名为镰仓之主的时代，镰仓对朝廷虽然阳奉阴违，嘴巴却还是答应是挺麻利的，还时不时的给朝廷点甜头。北条义时强硬的态度让后鸟羽上皇真正的愤怒了：好歹我还算是个上皇，好歹你们也承认咱还是天上之主，至少得给我个面子大伙儿才好下台不是？那些地头怎的没犯错？违抗领导的命令还算对不成？你们镰仓就这规则？这是严重的政治路线的错误！既然如此，就怪不得我不客气了！如今源实朝已死，你镰仓一盘散沙，我还怕你不成？
事实上源实朝死后，后鸟羽上皇除了个可以跟自己音乐上和政治都能与自己和唱的朋友加对手外，他的弱势并没有改变。再事实上，在北条政子和义时的把持下，权力还是比较平顺的过渡了——源实朝本来就没有啥权力，架得只是一面旗子而已，他的突然过世并没有给镰仓带来太多困扰。
但是后鸟羽上法错误的估计了局势，加上本以为源赖朝和他的孙子死光了权柄就会回到王族的手上，却不料到北条政子和北条义时棋高一着，弄个小屁孩来当将军，昭显跟朝廷对着干到底的决心。他终于按捺不住了，大大的加快倒幕运动的步伐，公家与武家政权的第一次武力冲突不可避免的走上快车道。