于是，藤原教通对他挤出了一句很光明正大话：这事不是你我能私相授受的。
赖通被气得噎了半天。
公元一零六八年，后冷泉天皇厌倦了他的爱好，升天了，后三条天皇继承了皇位。
有人称后三条天皇是自宇多天皇以来，唯一和藤原氏没有血统关系的天皇，这压根是拿脚来翻资料的说法——他的皇宫藤原茂子是藤原师辅与村上天皇的姐姐康子内亲王的后人；中宫馨子内亲王则是后一条天皇与藤原威子的女儿。他本人，也是藤原道长外孙子和外孙女儿的儿子。那么多重关系在身，您非得说他跟藤原氏没有血统关系，那不等权威部门发布的数据是一个德性的吗？
后三条天皇是被日本人当作平安时代的偶像派天皇来看待，据说他励精图治，崇尚简朴，拓清政治；改变前数任天皇在政治上的无为无能状态，起用了藤原能长、源师房等人打破了摄关政治，建立了院政的政治制度模式；任用大江匡房、藤原实政等人，积极推行新政。大江匡房拍他的马屁说：“可比隆于承和、延喜者，可以颂帝德。而细绎政理，专尚节俭，吏称其职，民安其业。殆有汉宣之风，而可谓中兴良主，追踪近江朝廷矣。”——承和、延喜分别是仁明天皇、醍醐天皇的年号。在抄书者的观点看来，这两位爷虽然小有名气，实际上还真没有太可以拿得出手的东西，只怕大江匡房这是拍到马蹄子上了。
无论如何评价他，后三条天皇在政治在欲图有一番作为是毫无疑问的。公元一零七零年，他出台了绢布品质认定制度；一零七二年，制定了延久宣旨枡，统一了征收的标准计量用具，又出台了沽价法，规定了东西市的物价与物资折价标准。这一系列政策，史称“延久的善政”。
延久善政的法令中，最著名的，莫过于一零六九年（延久元年）所出台的著名的延久庄园整理令了。
延久庄园整理令是由一系列政令成的，朝廷首先当年二月二十二日发布太政官符令，要求宽德二年（一零四五年）以来新建庄园一律停止开发；同时对被因肥瘠问题私下交换的公私田、私自划入庄园的公田、各庄园未登录在册的旧地等土地进行重新调查并上报太政官，由朝廷重新核定后处理；对各庄园的所在、领主、面积重新登记入册，对不符合规定的进行处理。
一个月后，朝廷再度发布命令，确认停止开发的新建庄园的范围，对没有证明文书，或者妨碍国司行使职权的庄园加以限制或者停止开发。
通过以上政令的施行，朝廷否认从公元一零四五年以来新建庄园合法性（实质上是对后冷泉天皇宽德年庄园整治令的修正），对国家管不着的庄园也加以限制与采取强制措施，不符合要求的土地交换行为进行处理，并重新统计庄园的土地，以利国家对土地的管理。
为了重新核定土地、证明文件，朝廷设置了为实施这次庄园整理的专门机关记录庄园券契所，通过审核庄园领主和国司们提供的调查资料，形成报告，提交天皇和太政官拍板决定。由于后三条天皇下决心“动真格”的了，据说延久庄园整理令推行得非常彻底，既便摄关家、天皇姐姐家、国有寺院的庄园也受到严格的审查与处理，有些领主有三分之一以上的庄园被勒令取消，而其它的庄园也是在被戴上许多紧箍咒之后才得以放行的。
由于领主们在搞庄园开发时撑涨了自己的肚皮却不管天皇的饭碗，在对庄园进行处理的同时，穷怕了的后三条天皇也不能免俗地在其中搞了些以权谋私的举动。他把清理整顿出来的庄园、土地作为敕旨田划入直领，从而形成皇族的私有经济——说白了，就是通过法律的规定把各领主的地盘抢归自己所有，而不是国有。从今而后，这些个庄园生产出来的东西是归天皇老小享用而不是给朝廷大员发工资的，天皇老爷子的地盘自然也不可能交税——后三条天皇倒是给那些总喜欢把执政者和国家混为一谈的专家五毛上了小小的一课。但作为执政者没办法以天下为已用，只得私建地盘给自已开小灶，无论是执管政权的能力，还是天皇的眼光，都不能不说有问题。
后三条天皇的改革对藤原的摄关家里说不是什么痛快的事，他的地盘最多，受到的打击自然也就最大。朝廷这次并没有特别为摄关家开什么后门，有人就顺水推舟的认为这政策是专门为修理藤原赖通而采取的政治报复手段——毕竟，后三条天皇跟藤原赖通有恩怨的。
藤原赖通与后三条天皇不和的原因，一个便是前面提到个的立太子的事。如果不是赖通有一个愿意出卖哥哥的兄弟，尊仁亲王当不当得上天皇还真是个问题。
后来，尊仁亲王当了太子，藤原赖通照样没有买他的账，明里暗里对他进行修理。据说天皇册立东宫太子是要给他发证的，那证件是一把叫做壶切御剑。但是发证的机关，就是往电线杆子上贴办证的那个人，藤原赖通大爷却是死活不肯把证件颁发给尊仁亲王，根本没找他当作太子看待。
断人财咱，如杀人父母；断人仕路，大概跟淫人妻女也差不多，藤原赖通如此作派，后三条天皇怎么可能不天天叨念着他呢？
然而，抄书者认为，后三条天皇与藤原赖通有恩怨倒不假，赖通在后三条逐渐成年后慢慢的淡出江湖或许也带有为整个摄关着想的考虑。但是，他们的恩怨，仅仅源于权力的争斗，个人似乎并没有太大成见。后三条天皇在整顿庄园时，对赖通亲领的一些只是通过口头受领没契约的庄园也放过一马；而据说赖通在后三条天皇死后还曾惋惜失去一位那么英明有为的君主。由是可见，后三条搞庄园整治，纯粹是因为现行的庄园政策给朝廷和他的饭碗造成太多的影响了，无论藤原赖通跟他的关系怎么样，这个革还是要改的，这个地还是要整的。
后三条天皇在位时间并不长，而且还是提前一年退了休，满打满算不过六个年头。尽管史书上对他多有溢美之辞，咱们还是有所保留的好。