大唐，日后会成为自己登基称帝的绊脚石，所以当时给他捏了个谋反的罪名将他打入死牢。未等及行刑之日，狄仁杰趁狱卒不备，咬破手指写成血书藏在自己的棉衣之中，让前来探视的儿子转交给武则天。武则天亲自过问此案，确认狄仁杰无罪，下令将他立即释放，贬为地方官。武承嗣之后多次请求诛杀狄仁杰都被武则天拒绝，又不敢公然暗杀他，只好眼睁睁看着狄仁杰重新入朝成为宰相，并说出了他最担心的一番话。
武承嗣受不了这等打击，很快就忧愤而死。
武承嗣前脚刚死，突厥大军后脚带着讨伐武则天的檄文抵达边关。本来这是一次大规模偷袭，幸得一人及时回国，提前将内幕告知了朝廷。这人便是裴怀古，因斥责阎知微卖国求荣，被突厥可汗下令斩首的那位副使，也不知他用了什么办法，竟然刀下逃生，只身返回。武则天听说了默啜可汗谴责她的五大罪，拍案而起：“这真是欲加之罪，何患无辞，突厥人既然要战，朕接战就是，又何必多言。”之后传来的消息更是让武则天气歪了鼻子，她非常看重的那位名门之后、礼部尚书兼外交大使阎知微，竟然带领突厥大军避开重重关隘，一路长驱直入直达赵州，到城下后，阎知微苦口婆心地劝说赵州守将开城投降，又当着周军的面，和突厥人手拉手跳起了“踏歌”（一种唐朝时期风靡流行的舞蹈）。新任赵州守将高睿乃隋朝名相高颎之孙，看不惯他的丑态，大声讥讽他道：“堂堂尚书大人，却为敌人唱歌献舞，难道你就无半点羞耻之心？”阎知微无言以对，他身后的默啜可汗取出事先准备好的官服、金带，威胁高睿道：“要么和他一样替大突厥效力，要么城破人亡。”高睿率领全城军民奋勇抵抗，哪知当夜，其副将唐般若畏惧突厥兵强马壮，竟接应敌军进城。高睿夫妻宁死不屈，皆被突厥人斩首。
武则天听闻高睿夫妻的事迹，大感悲痛，下诏追赠高睿为工部尚书，派人寻回其遗体厚葬，又逮捕唐般若族人，尽数斩之。李显因刚被重新册立为储君，急于证明自己，遂上奏母亲武则天，请求率军讨伐突厥。武则天准奏，任命他为河北道元帅，令其自行整饬士兵出战。在这之前，武三思、武攸宜、武懿宗等人挂帅出征，朝廷往往招兵一个多月都招不满一千人，最后只好靠释放囚犯，强征壮丁等方式凑人数，这次听闻是唐高宗之子、皇太子李显挂帅，前来报名参军的百姓摩肩接踵，几日之内朝廷便组建成一支由五万青年组成的新军。狄仁杰担心太子安危，随后也向武则天请缨出战，武则天同样准奏，让狄仁杰以河北道行军副元帅的身份，与宋元爽、崔献、吉顼、薛讷等将领一起辅佐太子。薛讷，即薛仁贵之子，此次被任命为左威卫将军、安东道经略（经略，即经略使，为边防地区长官，之后逐渐由节度使兼任。）出征之前，他向武则天进言道：“何为民心所向，相信陛下已认识到了，只要您传位给太子的主意不变，突厥虽强，何患不能轻易平定。”武则天非常赞同他的看法，遂与百官集体为太子饯行，以示对他的信任。
突厥大军横扫河北，杀掠不可胜计，武则天的另一个侄子武重规时任天兵中道大总管，拥兵达四十五万，突厥人每到一处，武重规与其副将沙吒忠义等人只敢远远跟随，从不与之交锋。突厥大军因此如入无人之境，忽闻皇太子李显亲自挂帅前来迎战突厥，默啜可汗确认此事无误，急忙下令全军班师，沿入塞的原路返回塞外。突厥众将心有不甘，问可汗道：“李显不过是个废黜已久的亲王，并未听说过他有任何过人之处。我军眼看就要拿下整个河北，为何因他一人的缘故而前功尽弃？”
默啜可汗道：“你们的话只说对了一半，确实，李显之前并无任何军事上的建树，但别忘了，他是太宗皇帝之孙，高宗皇帝之子，素得中原军民拥戴。而且中原王朝一向藏龙卧虎，之前屡战屡败，主因在于将士们不愿替武氏效力，现今李显挂帅出征，将士们无不振奋。而且率领唐军前来的，不止是李显，还有副元帅狄仁杰，此人之贤，北斗以南，一人而已（即成语“斗南一人”，形容某个人是天下绝无仅有的人才）。我军此战的收获已足够丰厚，若是不主动见好就收，只怕会有不测之祸。”
于是突厥军队将俘虏得来的上万百姓全部坑杀，带着抢掠得来的大量财物向关外退去。李显欲亲自追击，狄仁杰担心其中有诈，请求代皇太子出战；恰好武则天也听闻了突厥退兵的消息，派人召太子回朝，改由狄仁杰暂代元帅一职，包括之前招募的新兵在内，共计授予其兵马十万。狄仁杰担心敌军逃遁，得令后率军昼夜不做停歇向北疾驰，饶是如此，等及他赶到边关，因武重规、沙吒忠义二人畏敌观望，默啜可汗已经走远。默啜可汗临走时，阎知微本也想随他逃往关外，可惜此人养尊处优惯了，骑不得快马，只能坐着马车赶路，因此落在了突厥大军后面，让狄仁杰成功追上。狄仁杰将阎知微押回洛阳，武则天喜怒交加，下令将阎知微五马分尸，并灭其三族，阎知微许多远方亲戚之前与他并不熟悉，也都因为受其叛国罪的牵连而一并论刑。事后，狄仁杰再次被任命为河北道安抚大使，前往抚恤遭受兵灾的百姓，狄仁杰担心其他军官和使者会像之前的武懿宗一样随意索取百姓的财物，每日三餐，仅稀饭而已，以作其他将士的表率，又大开各地粮仓以救济穷人，替他们修缮房屋，发放农具，种子，定期率军巡行边界…终于，黄河以北又一次安定下来。
经过契丹、突厥的两次浩劫，武则天清楚地认识到李唐乃民心所向，众望所归，之后再也没有动过改立皇太子的念头。公元700年，狄仁杰病危，武则天亲自前往其塌前探视，狄仁杰力谏武则天两件事。其一，日后将皇位归还于李氏，其二，他向武则天举荐一人，名叫李楷固。
李楷固是契丹人，曾和骆务整、何阿小一样，是孙万荣的部将，骆务整投降武周时，李楷固也与其一道投降了朝廷，武则天当时本欲处斩此二人以儆效尤，是狄仁杰竭力为他俩说情，才救了他俩一命。李楷固是个知恩图报的人，之后每次替武周外出征战凯旋而归，都不敢居功自傲，而是将功劳归于狄仁杰。然而在公元698年，李楷固又一次替武周率军出征时却吃了个大败仗，这次他的进攻对象是高句丽灭亡之后，在松花江流域逐渐崭露头角的一个新兴的少数民族，史称：靺鞨，或者靺羯（日后该民族更名为女真，是金国、满清的祖先）。李楷固战败逃回后，一直被武则天弃用，狄仁杰临终前劝说武则天道：“李楷固虽是契丹人，但他骁勇善战，又懂得感恩效节，朝廷之中，能胜过他的将领屈指可数。请陛下看在老臣的面子上，重新启用他吧。”
公元700年九月，狄仁杰病逝，武则天不胜悲痛，为之废朝三日；并依照其生前谏言，重新启用李楷固，封他为燕国公，赐姓武氏。