如唐太宗所愿，在他去世后，长孙无忌手握绝对大权，开始主掌帝国的一切，到了第二年，唐朝改元永徽，贞观时代结束。唐太宗没有看走眼，长孙无忌身为外戚，却与之前历史上那些飞扬跋扈，甚至谋朝篡位的外戚不同。长孙无忌是个非常小心谨慎，且懂得知恩图报的人，在他看来，先帝的信任，即是他的责任，所以他必须把“贞观之治”延续下去，才能报答先帝的托孤之举。
在长孙无忌的辛勤治理下，唐高宗执政初期，唐朝的经济进一步得到繁荣发展，大量的有识之士通过科举考试得到发掘，另外，长孙无忌鉴于之前几战下来，高句丽军队已被唐军打残，暂时无力侵犯辽东，还暂停了唐朝与高句丽之间的战争，以休养生息，节约民力，同时，又委派精兵强将镇守西部，以防吐蕃、西突厥等胡族首领闻知太宗皇帝死讯，会蠢蠢欲动。这一系列举措，使得唐朝在经济、军事、文化等领域所取得的成就甚至超越了贞观时期，被誉为“永徽之治”。而“永徽之治”的主要缔造者长孙无忌，也因此赢得了贤相的美名。
长孙无忌内心很清楚：他工作干得再出色，也只是大唐的临时管家，大唐的未来，终究还是他外甥的。所以他在忙着治理国家的同时，从未忘记对唐高宗严格要求。从唐高宗登基之后的表现来看，他也确实是位称职的好皇帝，他虽然不像他二哥李泰一样拥有非凡的才学，却能做到虚心纳谏，勤于政事，有不懂之处，就向长孙无忌、李勣等元老大臣请教。所以“永徽之治”，唐高宗也是缔造者之一，凭此成绩，他也足以赢得守成之君的美誉。
如果实在要鸡蛋里挑骨头，给唐高宗找出几个缺点的话，也不是没有，而且有两个。其一，他性格内向，缺乏帝王的威严，以至于他登基之后，还有人对他能当上皇帝感到不服。其二，他被武曌迷了心窍，明知这位女子曾是他父亲的嫔妃，仍对她牵肠挂肚，一日不见如隔三秋。
这两件事引起了长孙无忌的高度警觉，经他亲自核查，朝中有三位驸马，皆对唐高宗登基之事感到不服。能当上驸马的当然不是一般人，这三人分别是房遗爱（房玄龄之子）、薛万彻、柴令武（柴绍之子），如果仅仅是不服也就罢了，这三人竟然还在暗中密谋，假以时日，当发动政变，拥立荆王李元景（唐太宗的庶出子）为皇帝。
“这还了得！”长孙无忌震惊之余，干脆利落地将李元景、房遗爱、薛万彻、柴令武和几位公主全部判处死刑。这些人倒是死有余辜，可惜连累了几位本不相干的人，其中一位是唐太宗的另一个儿子，名叫李恪，其生母是隋炀帝之女。李恪虽然不是唐太宗的嫡子，但此人英武果敢，十分优秀，之前也很得唐太宗的宠爱。唐太宗有一次忧心忡忡地对长孙无忌道：“李治虽好，但他性格敦厚，甚至有些怯弱，朕担心他无法守好这个江山，你看李恪这人怎样？”长孙无忌以太子已立，既然无大错，就不能轻易更换为由，力谏不可，唐太宗想想也对，便也没再动立李恪为太子的念头。长孙无忌判完李元景等人之后，猛然间回想起他和太宗皇帝昔日的那番对话，于是又在判决书上补加了一笔：把李恪也一并处死，其子女全部流放。
当然，长孙无忌权势再大，还没大的可以随意处死皇子的地步。所以不久后已被判处死刑的房遗爱突然上报，称李恪也参加了他们的密谋。
事后证明，这是一起冤案，因为李恪与房遗爱等人无任何交集。李恪临死之前，对天怒骂道：“长孙无忌弄权，无故害我，将来他定有报应！”
说报应，报应果真就来了。正落在让长孙无忌感到头疼的第二起事件，唐高宗喜欢武曌之事上。
唐朝时期，女子一般只称姓氏，没有名字—连长孙皇后贵为，史书上都只记载为“长孙氏”。那武曌为何有名字呢？原因也很简单，她是中国历史上唯一的女皇帝，比皇后还大，当然得有名字。武曌的“曌”，是她称帝前夕专门让人为自己取的，意指日月凌空，普照大地（对应字形来看）；在这之前，她其实也没有全名，只因为唐太宗见她长得好看，赐号“武媚”，所以人称武媚娘。长孙无忌手持先帝遗诏，身兼首辅、国舅等多重显赫身份，满朝文武都是他的人，甚至还有一位辅政大臣专门负责保护他，自然不会想到他在不久的将来竟死在一个人称“媚娘”，娇滴滴的小姑娘手里。至于他为何要棒打鸳鸯，一定要阻止唐高宗和武曌在一起，除了武曌曾是唐太宗的妃子，唐高祖娶她有违人伦这个原因外，还与一件插曲有关。
别看武曌年纪小，可她工于心计，太宗皇帝还健在时，她就处心积虑要得到皇帝的重视。一次，唐太宗得了一匹烈马，满朝文武无人可以驯服，年仅十五六岁的武曌主动上前，对唐太宗道：“给臣妾三件东西，便能制服它。”
唐太宗奇道：“哪三件东西？”
“铁鞭、铁棍、和匕首。用铁鞭抽打它，若它不服，再用铁棍敲击它的头颅，若它还不服，就用匕首隔断它的咽喉，看它服不服！”
唐太宗久经沙场，杀敌如麻，听后只是嘿嘿一笑，投以赞许的神色，也没往心里去。一旁的长孙无忌却倒吸了一口凉气：这女子十五六岁就如此心狠手辣，等她长大成年那还了得。之后唐太宗病重，武曌很快又让太子爱上了自己，提前作好了改换门庭的准备。这件事让长孙无忌察觉，进一步印证了他的担忧。
弄不好，这个小女子就是下一个吕后啊！
长孙无忌既非李姓宗室，又无战功，能够当上凌烟阁第一功臣，身居宰相之位多年而不惹皇帝猜忌，看人的眼光，胸中的城府绝非常人可及。趁着武曌羽翼未丰，唐太宗前脚驾崩，长孙无忌后脚就把武曌和其他没有子嗣的唐太宗妃子们一道赶去了寺庙，让她彻底远离宫廷，形同软禁。长孙无忌以为这样就完事了，可武曌是谁，那可是武则天啊！仅过一年，已经大婚的唐高宗带着皇后王氏前往寺庙上香，与武曌意外相遇，武曌梨花带雨地向皇帝哭诉她在寺庙期间的凄凉生活，连王皇后都被感动了。王皇后的曾祖父是西魏名将王思政，她母亲是唐高祖李渊的外孙女，封号魏国夫人，王皇后有这样显赫的身世，一向高高在上惯了，当然也不会想到她也即将死在这位小姑娘手里，所以看武曌实在可怜，便劝皇帝把她重新接回宫中。唐高宗求之不得，自然表示同意。
但长孙无忌不同意：“先帝尸骨未寒，陛下便将其妃子纳入宫中，似乎不妥吧。”
唐高宗被舅舅这么一说，吓得再也不敢提这事了。
又过一年，唐高宗服丧期满，不知武曌用了什么方法，唐高宗又想起那位武媚娘还被凄惨地关在寺庙里，这次终于硬着头皮把她接入宫内。由于担心舅舅会责怪，唐高宗一开始不敢给武曌名号，仅让她做个普通宫女。这对武曌来说已经足够了，只要她能重新入宫，那真如龙入大海，虎进深山，哪怕只是个普通宫女，亦能呼风唤雨。一日，她问王皇后，您最痛恨谁？王皇后说有位萧淑妃，仗着自己怀了身孕，近来趾高气昂，让本宫有些不快。武曌告诉她，这好办，皇后的敌人，就是我的敌人，在下只要略施小计，就能让皇帝把她打入冷宫。
王皇后正为自己没有身孕，害怕会被萧淑妃抢走皇后之位而苦恼，闻言大喜，遂决定联合刚入宫的武媚娘，扳倒怀了龙子，近期风头正盛的萧淑妃。为了加强己方二人联盟的力量，王皇后多次在皇帝面前替武曌美言，建议唐高宗授予武曌一个正式名分。唐高宗被皇后说得高兴，一下子擢升武曌为武昭仪，地位仅次于王皇后和萧淑妃。
武昭仪没有失信，由于她地位的晋升是皇后的建议，见了皇后必须行礼的长孙无忌对此也无可奈何。既然长孙无忌拿她已没办法，那宫廷更是她的天下了。武曌既然外号媚娘，年轻时姿色出众，千娇百媚自不消说，于是皇帝很快被她哄得团团转，萧淑妃逐渐失宠，再也威风不起来了；当然，同时失宠的还包括王皇后。王皇后这下才如梦初醒：好家伙，敢情本宫竟然让一个出身卑微，曾当过尼姑的宫女给耍了，不整死你，本宫不配当高祖皇帝的外孙女！